Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,090,100 | C→G | 11.3% | S36C (TCC→TGC) ‡ | gudP → | glucarate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,090,100 | 0 | C | G | 11.3% | 149.6 / 10.9 | 53 | S36C (TCC→TGC) ‡ | gudP | glucarate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/26); new base G (3/3); total (24/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 |
CGTGAGCCCGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCAT > NC_002947/4089953‑4090244 | cGTGAGCCCGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCa < 1:1215761/150‑1 (MQ=255) cccGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTGGAGCCTGc < 2:533436/150‑1 (MQ=255) acaAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGaaa < 2:1395770/150‑1 (MQ=255) caAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTGGAGCCTGcgata < 2:920983/148‑5 (MQ=255) caAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTGGAGCCTGcgata > 1:920983/1‑144 (MQ=255) aaaaaTAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCATGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGa > 1:400234/1‑150 (MQ=255) aaaaaTAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACATGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGa > 2:290952/1‑150 (MQ=255) gTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTg < 1:605019/150‑1 (MQ=255) tATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGt > 1:1172873/1‑150 (MQ=255) ccAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAAccc > 1:804688/1‑150 (MQ=255) cAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTtat < 2:1172873/150‑1 (MQ=255) cAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTtat < 2:470886/150‑1 (MQ=255) aGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTatat < 1:481911/150‑1 (MQ=255) cTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCtttt > 1:445990/1‑150 (MQ=255) gAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGc < 2:615226/150‑1 (MQ=255) aaCGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCtt < 2:804688/150‑1 (MQ=255) tGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCa < 1:319866/82‑1 (MQ=255) tGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCa > 2:319866/1‑82 (MQ=255) gATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCa < 1:546070/74‑1 (MQ=255) gATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCa > 2:546070/1‑74 (MQ=255) cTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCCTGGATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCt < 1:1085197/150‑1 (MQ=255) gTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGTTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCgg > 2:1046609/1‑92 (MQ=255) gTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGTTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCgg < 1:1046609/92‑1 (MQ=255) cACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGcc < 1:909287/128‑1 (MQ=255) cACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGcc < 1:909316/128‑1 (MQ=255) cACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGcc > 2:909287/1‑128 (MQ=255) cACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGcc > 2:909316/1‑128 (MQ=255) cACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACt < 1:290952/150‑1 (MQ=255) aCGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTc > 1:929412/1‑150 (MQ=255) gATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGa > 1:422867/1‑150 (MQ=255) aCTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTtata > 2:1084657/1‑84 (MQ=255) aCTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTtata < 1:1084657/84‑1 (MQ=255) cTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTTGCGGGCCGGGTTCCTTGTGGCTGGCTACTCGATCGCtt > 2:784981/1‑150 (MQ=255) gACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTTGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTcc < 1:218534/150‑1 (MQ=255) gACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTcc < 2:929412/150‑1 (MQ=255) gACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTcc > 2:7824/1‑150 (MQ=255) aCCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCtgg > 2:210417/1‑121 (MQ=255) aCCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCtgg < 1:210417/121‑1 (MQ=255) gcgcgACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGa > 2:416586/1‑150 (MQ=255) gcgACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAAc < 2:1225769/150‑1 (MQ=255) gACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGTCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTCCTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGt < 1:551389/150‑1 (MQ=255) cATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTa < 1:7824/150‑1 (MQ=255) cATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTa > 2:1181416/1‑150 (MQ=255) tttctgCAGGCTGGAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCt > 1:653211/6‑150 (MQ=255) cTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGCCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCt < 2:422867/150‑1 (MQ=255) tATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCtt < 1:416586/150‑1 (MQ=255) ctgCAGGCTGGAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCa > 2:978845/3‑150 (MQ=255) gCAGGCTGGAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGc < 1:978845/150‑1 (MQ=255) gCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTc > 2:695296/1‑69 (MQ=255) gCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTc < 1:695296/69‑1 (MQ=255) aGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATTACTGCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCAt > 1:1026394/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCtggt < 2:782685/96‑1 (MQ=255) tCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCtggt > 1:782685/1‑96 (MQ=255) | CGTGAGCCCGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCAT > NC_002947/4089953‑4090244 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |