| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,248,947 | C→G | 6.1% | G375A (GGC→GCC) | PP_3724 ← | acyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,248,947 | 0 | C | G | 6.1% | 205.8 / 3.7 | 65 | G375A (GGC→GCC) | PP_3724 | acyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/35); new base G (2/2); total (28/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
AGGCAACAGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTGCTCGAG > NC_002947/4248802‑4249092 | aggcaACAGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCcgc > 1:543194/1‑150 (MQ=255) gcaACAGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCgcgg > 2:640948/1‑150 (MQ=255) aaaCAGTTCGGGGAAAGCCTAGGTGACGAAGCCGATCTGGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGATCGCATTCCTTGCGTTTTCCGGTAAACGCCGCCGGGCATTCCAGCACCACCATCGCCGCGCCCgcggc < 2:334738/149‑1 (MQ=255) 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gACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCAt < 2:250626/150‑1 (MQ=255) gAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCg > 1:333503/1‑150 (MQ=255) aaGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGt > 1:251993/1‑150 (MQ=255) gCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTg > 2:609422/1‑150 (MQ=255) gCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTg < 1:1393567/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAgtgg < 2:251993/150‑1 (MQ=255) aGTACAGCCCCAGCAGCAGGTAGCATTCCTTGGGTTCGCCGGTAAACNCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGGATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCACGAGATGGCAgtgg > 1:691261/1‑150 (MQ=255) cAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGaa < 2:491688/150‑1 (MQ=255) agcagcagGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGt < 1:1093354/150‑1 (MQ=255) agcagcagGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGt < 2:376981/150‑1 (MQ=255) cagGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGtt < 1:640948/150‑1 (MQ=255) tCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGAcc > 1:541294/1‑150 (MQ=255) ttCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGtt < 2:541294/150‑1 (MQ=255) tCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTg < 2:75373/150‑1 (MQ=255) cTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGc > 1:221537/1‑150 (MQ=255) ttGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGAc > 2:412099/1‑140 (MQ=255) ttGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGAc < 1:412099/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTgg > 1:287720/1‑129 (MQ=255) ttCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTgg < 2:287720/129‑1 (MQ=255) cGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATgg < 2:771403/105‑1 (MQ=255) cGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATgg > 1:771403/1‑105 (MQ=255) 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cagcaccagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCAc > 1:235564/1‑150 (MQ=255) cagcaccagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCCGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCAc > 1:484939/1‑150 (MQ=255) cagcaccagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGAGTTGTCGAGCATGCGTTGCATGGCGGCTTCAGGTCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCAc > 1:1032495/1‑150 (MQ=255) gcaccagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCGGTGCCGCCACCt > 2:102437/1‑150 (MQ=255) accagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTc > 2:575300/1‑41 (MQ=255) accagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTc < 1:575300/41‑1 (MQ=255) gcggcgccgcGGGCGCGGCGATGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTgg < 2:192442/90‑1 (MQ=38) 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cgcgCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTGCTCGAg < 2:1100078/150‑1 (MQ=255) | AGGCAACAGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTGCTCGAG > NC_002947/4248802‑4249092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |