Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 367,370 | T→G | 7.3% | intergenic (‑53/+21) | PP_5442 ← / ← PP_0306 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 367,370 | 0 | T | G | 7.3% | 141.3 / 4.7 | 55 | intergenic (‑53/+21) | PP_5442/PP_0306 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/25); new base G (2/2); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.82e-01 |
TGCAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGTTTTGTC > NC_002947/367223‑367519 | tGCAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGctct < 1:665180/150‑1 (MQ=255) gAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATc > 1:1282489/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGc > 2:22374/1‑146 (MQ=255) aGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGc < 1:22374/146‑1 (MQ=255) aGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCgaga > 2:1348710/1‑150 (MQ=255) gggCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCTCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGaa < 2:822227/150‑1 (MQ=255) gCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACgcgcaa > 2:153193/1‑148 (MQ=255) cTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGa < 2:550164/150‑1 (MQ=255) tGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAgg < 1:1348710/150‑1 (MQ=255) gCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTa > 1:731532/1‑120 (MQ=255) gCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTa < 2:731532/120‑1 (MQ=255) gCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGa > 2:773686/1‑126 (MQ=255) gCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGa < 1:773686/126‑1 (MQ=255) ttAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCt > 1:463146/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGAt < 1:2264/150‑1 (MQ=255) ctcGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCATGGCTAATTAAATAGCGAGAAACGCGCCTAGGTCGCCTTTGAtcttct > 2:156472/1‑150 (MQ=255) tcGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTtctc > 1:577101/1‑150 (MQ=255) aaTATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCAtt < 2:463146/150‑1 (MQ=255) ttCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTcaca > 1:1276857/1‑150 (MQ=255) cAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGAGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTg > 1:514373/1‑150 (MQ=255) aGGCTCGTATCGTCCATGTGGCCTTGCTTCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGc > 1:550281/1‑150 (MQ=255) gTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACgcgc < 2:551923/104‑1 (MQ=255) gTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACgcgc > 1:551923/1‑104 (MQ=255) tATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGAtcttct < 2:773356/124‑1 (MQ=255) tATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGAtcttct > 1:773356/1‑124 (MQ=255) tCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGaa < 1:4362/150‑1 (MQ=255) gTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGt > 2:1256800/1‑150 (MQ=255) aTGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAAcgcg < 1:342776/94‑1 (MQ=255) aTGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAAcgcg > 2:342776/1‑94 (MQ=255) gCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGc > 1:829081/1‑150 (MQ=255) aTTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACaa < 1:175696/118‑1 (MQ=255) aTTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACaa > 2:175696/1‑118 (MQ=255) aTTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGAc > 2:455275/1‑142 (MQ=255) aTTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAAGCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGAc < 1:455275/142‑1 (MQ=255) atggatgCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAg < 1:152717/81‑1 (MQ=255) atggatgCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAg > 2:152717/1‑81 (MQ=255) aTGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAgcg < 2:1276857/150‑1 (MQ=255) ccAGAACCGGGGACCAGCGCGCTCTGGTGACCAGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCGTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGAt < 1:153193/150‑1 (MQ=255) cAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGAt > 2:1415257/1‑78 (MQ=255) cAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGAt < 1:1415257/78‑1 (MQ=255) gAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGa > 2:1121847/1‑150 (MQ=255) ccGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCAt < 1:145420/81‑1 (MQ=255) ccGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCAt > 2:145420/1‑81 (MQ=255) ccGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGAcgc > 2:1126522/1‑150 (MQ=255) cGGGTACAAGCGCGCTCTGGTGCCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAGCGCGCCGGCGGCGGCTTGGAGCGTCTCAGTCACAAGGTCACGTGCAGCGTNGAANTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGAcgcg < 1:1237343/150‑1 (MQ=255) gggTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCgg < 1:1121847/150‑1 (MQ=255) gggTACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCt > 2:1057535/1‑66 (MQ=37) gggTACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCt < 1:1057535/66‑1 (MQ=37) tACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGAc > 1:455510/1‑106 (MQ=255) tACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGAc < 2:455510/106‑1 (MQ=255) cAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTggag < 1:1126522/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTagag < 2:920627/150‑1 (MQ=255) gcgcgcTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGAtctt > 2:119232/1‑66 (MQ=255) gcgcgcTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGAtctt < 1:119232/66‑1 (MQ=255) gcgcgcTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGa > 2:126176/1‑126 (MQ=255) gcgcgcTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGa < 1:126176/126‑1 (MQ=255) ttctGGTACCCGGCATCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGTTTTGt < 2:123747/149‑1 (MQ=255) ctctGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGTTTTGt < 1:156472/150‑1 (MQ=255) tctGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAATGCGCCGAGGGCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGGAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGTTTTGTc > 1:281194/1‑150 (MQ=255) tctGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGTTTTGTc < 1:1256800/150‑1 (MQ=255) | TGCAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGGATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGTTTTGTC > NC_002947/367223‑367519 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |