| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,298,936 | T→A | 9.7% | intergenic (+47/+44) | PP_3770 → / ← PP_3771 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,298,936 | 0 | T | A | 9.7% | 121.3 / 3.7 | 41 | intergenic (+47/+44) | PP_3770/PP_3771 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/18); new base A (2/2); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
CCTGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAGCA > NC_002947/4298790‑4299080 | ccTGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTg > 1:225943/1‑150 (MQ=255) tGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGc < 2:516212/150‑1 (MQ=255) aaCGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCTACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCtttt > 1:254228/1‑150 (MQ=255) 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gccAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAGCa < 2:254228/150‑1 (MQ=255) | CCTGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGCTTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAGCA > NC_002947/4298790‑4299080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |