| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,342,601 | T→G | 10.0% | L89R (CTG→CGG) ‡ | PP_3816 → | polyamine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,342,601 | 0 | T | G | 10.0% | 130.2 / 8.2 | 50 | L89R (CTG→CGG) ‡ | PP_3816 | polyamine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/20); new base G (2/3); total (27/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
GTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGCCGTGGCGGTATACGCACTGTTCCTCAAGCTAGGTTACACCGGCACGCTG > NC_002947/4342458‑4342749 | gTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCAGG‑CCCAg < 2:718496/150‑1 (MQ=255) acaGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAgcgc > 1:516445/1‑150 (MQ=255) gtgtTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTg > 1:1053948/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ccAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCAGG‑CCCAgcaac < 2:834023/92‑4 (MQ=255) cAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCAt > 1:652057/1‑150 (MQ=255) aCCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGc < 2:1059653/150‑1 (MQ=255) aCCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGc > 2:1252455/1‑150 (MQ=255) ggAGGGGATGGACGCCCCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCgat < 2:392984/150‑1 (MQ=255) gTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCgatgat > 2:57659/1‑150 (MQ=255) tggaCGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGc < 1:1252455/150‑1 (MQ=255) tggaCGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGc < 1:1069095/150‑1 (MQ=255) cACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGa < 1:1237617/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCCTGAATTGGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCAt < 2:812598/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCAt < 1:57659/150‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCAGG‑CCCAgc < 2:966037/60‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCAGG‑CCCAgc > 1:966037/1‑60 (MQ=255) cAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGc > 1:356744/1‑150 (MQ=255) aGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGcc > 1:1263611/1‑150 (MQ=255) tGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCACTGGCCGCGAGCCGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGCCGTGGCGGTATACGCAc > 1:1168985/1‑150 (MQ=255) caccaTCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGCCGTGGCGGTATACGCACTGTTCCt > 1:64920/1‑150 (MQ=255) ccaTCACAGCCGTGTTGCTGGTGCTG‑CCCAGCGCATTCTCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCAGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGCCGTGGCGGTATACGCACTGTTCCTCa > 2:1417101/1‑150 (MQ=255) 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ggCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGCCGTGGCGGTATACGCACTGTTCCTCAAGCTAGGTTACACCGGCACg > 2:1306073/1‑150 (MQ=255) cTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGCGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGCCGTGGCGGTATACGCACTGTTCCTCAAGCTAGGTTACACCGGCACGCTg > 1:344685/1‑150 (MQ=255) cTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGCCGTGGCGGTATACGCACTGTTCCTCAAGCTAGGTTACACCGGCACGCTg > 1:1003775/1‑150 (MQ=255) | GTCACAGTGGCTGGTGTTCCCGCCACCGGGCTGGACCTTCAAGTGGTACGGCCAGTTTTTCTCCAACCCGGAGTGGATGGACGCCGCACTGGCCAGCCTGAAGGTGGCCGTGCTGACCACCATCGCCGCCGTGTTGCTGGGCCTG‑CCCAGCGCATTCGCCCTGGTGCGTGGCCGCTTCCCGGGCCGCGAGCTGCTGTACGGGCTGTTTACCATGCCGATGATCGTGCCGCTGGTGATCATTGCCGTGGCGGTATACGCACTGTTCCTCAAGCTAGGTTACACCGGCACGCTG > NC_002947/4342458‑4342749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |