Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,399,561 | G→A | 7.0% | L125F (CTC→TTC) | PP_3878 ← | minor capsid protein C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,399,561 | 0 | G | A | 7.0% | 161.1 / 2.5 | 58 | L125F (CTC→TTC) | PP_3878 | minor capsid protein C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/30); new base A (2/2); total (25/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
TTCAGTGCAAGCAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGG > NC_002947/4399412‑4399709 | ttCAGTGCAAGCAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAg > 2:1384141/1‑150 (MQ=255) ttCAGTGCAAGCAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAg < 2:216425/150‑1 (MQ=255) gCAAGCAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAAt < 1:1345009/150‑1 (MQ=255) aaGCAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAAtgt > 2:252589/1‑150 (MQ=255) gCAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATgtgt > 1:580710/1‑150 (MQ=255) aGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAAGGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGGCAATGTCGAGCACAATGTGTTc < 2:635573/150‑1 (MQ=255) aaTCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTc > 2:944523/1‑144 (MQ=255) aaTCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTc < 1:944523/144‑1 (MQ=255) aaTCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCAt < 1:1066531/150‑1 (MQ=255) aTCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATg < 1:131998/150‑1 (MQ=255) tCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCATGGTCGAACACATtgtgc > 2:500535/1‑139 (MQ=255) tCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCATGGTCGAACACATtgtgc < 1:500535/140‑2 (MQ=255) gTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTc > 2:1232704/1‑150 (MQ=255) aaCCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAg > 1:269687/1‑150 (MQ=255) aaCCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACAATGGGGTCAg > 1:874458/1‑150 (MQ=255) ccccTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATggg > 2:47133/1‑142 (MQ=255) ccccTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATggg < 1:47133/142‑1 (MQ=255) ccccTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGa > 2:163215/1‑150 (MQ=255) ccccTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACAATGGGGTCAGTGa < 2:874458/150‑1 (MQ=255) ccTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTg < 2:1324648/147‑1 (MQ=255) ccTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTg > 1:1324648/1‑147 (MQ=255) tGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGc < 1:252589/150‑1 (MQ=255) cGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTAtt < 1:163215/150‑1 (MQ=255) ccATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCa < 2:580710/150‑1 (MQ=255) ccATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCa > 2:481748/1‑150 (MQ=255) cATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAg > 2:475254/1‑150 (MQ=255) aTGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAAt > 2:661029/1‑113 (MQ=255) aTGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAAt < 1:661029/113‑1 (MQ=255) tGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAggg < 1:1352457/150‑1 (MQ=255) gAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGgc > 2:508322/1‑150 (MQ=255) gTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGgctgc < 1:989511/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCa > 1:1256664/1‑150 (MQ=255) ccGGTGATTGGGTTGATCTTGGTCGCAGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCGGGGCTGTCAATGTCGACCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGCCCt < 2:511514/150‑1 (MQ=255) ttGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGGGTCTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGCCCtgaataag < 2:1046523/150‑8 (MQ=255) tGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCt < 1:475254/150‑1 (MQ=255) tttGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTAtt < 1:110185/120‑1 (MQ=255) tttGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTAtt > 2:110185/1‑120 (MQ=255) gATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGAt < 2:961177/108‑1 (MQ=255) gATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGAt > 1:961177/1‑108 (MQ=255) cTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGt < 2:269687/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGtctc < 1:508322/150‑1 (MQ=255) cccGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGt < 2:357375/150‑1 (MQ=255) ccGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGcc > 1:1177043/1‑119 (MQ=255) ccGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGcc < 2:1177043/119‑1 (MQ=255) tGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGt < 1:1232704/150‑1 (MQ=255) gTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTg < 1:761934/150‑1 (MQ=255) ccgccgCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGc < 1:481748/150‑1 (MQ=255) gccAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTGACTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGGAATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGAcg > 2:625676/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCcgc > 2:1400394/1‑150 (MQ=255) cgcCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGaa < 2:1256664/150‑1 (MQ=255) cGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGc > 1:267082/1‑150 (MQ=255) cgcTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGa < 1:1205868/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACg < 2:1065043/150‑1 (MQ=255) gTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCcac < 2:267082/150‑1 (MQ=255) aTGTCGCGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACAccc > 2:420126/1‑150 (MQ=255) tCGAACACATTGTGCTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCa < 1:21235/123‑1 (MQ=255) tCGAACACATTGTGCTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCa > 2:21235/1‑123 (MQ=255) gAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACgg > 1:1415121/1‑128 (MQ=255) gAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACgg < 2:1415121/128‑1 (MQ=255) aGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTgg > 2:563190/1‑150 (MQ=255) | TTCAGTGCAAGCAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGG > NC_002947/4399412‑4399709 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |