Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,521,849 | G→A | 7.7% | intergenic (‑68/‑347) | icd ← / → idh | NADP(+)‑specific isocitrate dehydrogenase/isocitrate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,521,849 | 0 | G | A | 7.7% | 146.9 / 2.0 | 52 | intergenic (‑68/‑347) | icd/idh | NADP(+)‑specific isocitrate dehydrogenase/isocitrate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/24); new base A (2/2); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
GTTAAGCGAATGGTCTGCATTGACGGTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAG > NC_002947/4521710‑4521995 | gTTAAGCGAATGGTCTGCATTGACGGTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCa > 2:1271903/1‑150 (MQ=255) aaGCGAATGGTCTGCATTGACGGTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAgg > 2:303213/1‑150 (MQ=255) gAATGGTCTGCATTGACGGTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATg > 1:894010/1‑150 (MQ=255) ggTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCAtt > 2:1426445/1‑150 (MQ=255) ggTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCAtt > 2:1291473/1‑150 (MQ=255) ggTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTACCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCAtt > 2:413413/1‑150 (MQ=255) gTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATtg > 1:327720/1‑150 (MQ=255) ttttGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATtgctgc < 1:1271903/150‑1 (MQ=255) tGGTGCCGTCGGTCGGAACCGTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTa < 1:1187675/150‑1 (MQ=255) tcggAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCCCAACTCCGCTGCCAGGTCTGGGTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCtt > 1:603611/1‑150 (MQ=255) ggAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTtat > 2:588392/1‑150 (MQ=255) gAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTtata > 1:1344261/1‑150 (MQ=255) tttCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTGCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATgatcata < 2:1310024/150‑7 (MQ=255) tttCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGc < 1:494690/101‑1 (MQ=255) tttCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGc > 2:494690/1‑101 (MQ=255) 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cATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGcc > 1:639497/1‑150 (MQ=255) cTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGc < 1:770501/150‑1 (MQ=255) actactCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGTCATGCGACAACCAGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGAtt > 1:1387514/1‑150 (MQ=255) actactCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACtt > 1:1375066/1‑137 (MQ=255) actactCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACtt < 2:1375066/137‑1 (MQ=255) ctactCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTa < 1:588392/150‑1 (MQ=255) ctactCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTa < 1:1246737/150‑1 (MQ=255) ctactCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTa < 1:1291473/150‑1 (MQ=255) tactCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAg > 1:1280347/1‑150 (MQ=255) cctCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGc < 2:858688/149‑1 (MQ=255) ctCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGcc < 1:1426445/150‑1 (MQ=255) tCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGAGCCACTGAGCCTAAACCACATCTGGCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGCCCGATATCACTTCGCCTTGCTGATTAGccc > 2:458185/1‑150 (MQ=255) gggTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGttt < 2:639497/150‑1 (MQ=255) gtgGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGta > 2:332027/1‑150 (MQ=255) aTCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATtgctgc < 2:972923/72‑1 (MQ=255) aTCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATtgctgc > 1:972923/1‑72 (MQ=255) 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2:1212989/1‑150 (MQ=255) cTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCgggg < 1:1212989/150‑1 (MQ=255) aaCCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTg < 1:1177026/114‑1 (MQ=255) aaCCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTg > 2:1177026/1‑114 (MQ=255) ccACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAAt < 2:325880/150‑1 (MQ=255) acaTCTACCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATcc < 1:413413/150‑1 (MQ=255) aTCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCt > 2:190551/1‑58 (MQ=255) aTCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCt < 1:190551/58‑1 (MQ=255) aTCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCa > 1:966524/1‑150 (MQ=255) tCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAg < 1:121212/150‑1 (MQ=255) | GTTAAGCGAATGGTCTGCATTGACGGTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAG > NC_002947/4521710‑4521995 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |