| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,534,041 | A→T | 9.7% | Q89L (CAG→CTG) | cpo → | non‑heme chloroperoxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,534,041 | 0 | A | T | 9.7% | 215.5 / 12.8 | 73 | Q89L (CAG→CTG) | cpo | non‑heme chloroperoxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/34); new base T (3/4); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
CGCAGATGCTGTTCTTCCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGCCGTCCCCCCCTTGATGGTACAAACCCCCGGCAACCCCGGTGGCCTGC > NC_002947/4533894‑4534190 | cgcAGATGCTGTTCTTCCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAgg < 2:1406164/150‑1 (MQ=255) gcAGATGCTGTTCTTCCCCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAggg > 2:238932/1‑150 (MQ=255) tGCTGTTCTTCCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCTACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCg < 2:50494/150‑1 (MQ=255) ggtttgcttcCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGGCGCCCACGACCGGCGGTGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGt > 2:1124706/7‑150 (MQ=255) gCTGTTCTTCCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGt < 2:272952/150‑1 (MQ=255) ttGTTCTTCCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCTGGGTGcccag < 1:239931/149‑4 (MQ=255) gTTCTTCATCGCTGAAGGCTACCGCGCGGTCGCGTACTACCGGCGGGCCCGGGTCCGATGCAGCTAGGTTTGGAACGGCTACGTCATGGACCACTATGCCGGAGACGTAGCGGCCGTGGTCGCCAACCTGGGCACCCCGCGTGccccgga > 2:239931/1‑145 (MQ=255) ttcttcCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCAt > 1:84405/1‑150 (MQ=255) ttcttcCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCAt < 2:639094/150‑1 (MQ=255) ttcttcCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACCGATGCGGCATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCAt > 2:474731/1‑150 (MQ=255) ttcttcCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGCTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCTGGGTGcccaggtg < 1:955131/150‑7 (MQ=255) tcCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCg < 2:84405/150‑1 (MQ=255) tcCCCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCg < 1:238932/150‑1 (MQ=255) tCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCTGGGTGcccag > 1:312020/1‑137 (MQ=255) tCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCTGGGTGcccag < 2:312020/140‑4 (MQ=255) tGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTc > 1:222648/1‑150 (MQ=255) gcgTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACcggcggcg > 2:932989/1‑150 (MQ=255) ggTCGCTCAGGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGa < 1:60737/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGa < 2:393044/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGa < 2:912639/150‑1 (MQ=255) tCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACcggcggcgg < 1:105646/145‑1 (MQ=255) tCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACcggcggcgg > 2:105646/1‑145 (MQ=255) tCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAgg > 1:559306/1‑150 (MQ=255) cccACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAggtgg > 2:276394/1‑150 (MQ=255) gACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTgcgc > 1:656489/1‑150 (MQ=255) gggCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGc > 2:515553/1‑112 (MQ=255) gggCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGc < 1:515553/112‑1 (MQ=255) ccATGGCCGCTCCAGACAGGTATGGAACGGTCACGCCATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTTGGCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGCGGTGCGCTA‑CATAGCCCg > 2:1345744/1‑150 (MQ=255) cATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCTGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCgg > 1:255191/1‑150 (MQ=255) gCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTAcc < 2:657598/150‑1 (MQ=255) gCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTAcc > 1:730546/1‑150 (MQ=255) gCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTAcc > 2:247925/1‑150 (MQ=255) cGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCt > 1:721664/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCCCCCAGGGTGCCGTGCCTGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGaa < 1:800772/150‑1 (MQ=255) ccagGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTAGCCCACCTTGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACaa < 1:1200638/150‑1 (MQ=255) agGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCa < 1:1080210/94‑1 (MQ=255) agGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCa > 2:1080210/1‑94 (MQ=255) agGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAgg < 1:1124706/150‑1 (MQ=255) gAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCt > 2:623052/1‑133 (MQ=255) gAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCt < 1:623052/133‑1 (MQ=255) gAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCaa > 2:569767/1‑150 (MQ=255) cACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCgtg < 2:559306/150‑1 (MQ=255) aTGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTTCGCTA‑CATGCCCCGGTACCCTGAAGACCAGCTGGCCAAGGCCGTGTTGATc > 2:651154/1‑150 (MQ=255) aCCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCgg < 1:932989/150‑1 (MQ=255) aCCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCgg < 1:250386/150‑1 (MQ=255) ccACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGc < 2:656489/150‑1 (MQ=255) ccACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGAACGGGGGCGGCGAGGTGGTACGGTATCCCGTCCTGGT‑CCGTTAGGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGc < 1:247925/150‑1 (MQ=255) cTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTAccc < 2:140421/111‑1 (MQ=255) cTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTAccc > 1:140421/1‑111 (MQ=255) tGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGCCGTccc > 1:1175115/1‑150 (MQ=255) ccGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGCCGTccccc < 1:775821/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGCCGTCCCCCCCTTGATGGTACAAACCCCCGGCAACCCCGGTGGCCt > 2:498468/1‑150 (MQ=255) ccAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGCCGTCCCCCCCTTGATGGTACAAACCCCCGGCAACCCCGGTGGCCt > 1:1304930/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGCCGTCCCCCCCTTGATGGTACAAACCCCCGGCAACCCCGGTGGCCTg > 2:695812/1‑150 (MQ=255) aGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGCCGTCCCCCCCTTGATGGTACAAACCCCCGGCAACCCCGGTGGCCTGc < 1:569767/150‑1 (MQ=255) | CGCAGATGCTGTTCTTCCTCGCTGAAGGCTACCGCGTGGTCGCCCACGACCGGCGGGGCCATGGCCGCTCCAGCCAGGTATGGAACGGCCACGACATGGACCACTATGCCGACGACGTAGCCGCCGTGGTCGCCCACCTGGGCACCCAGGGTGCCGTGCATGTCGGCCACTCGACCGGCGGCGGCGAGGTGGTGCGCTA‑CATGGCCCGGTACCCTGAAGACAAGGTGGCCAAGGCCGTGTTGATCGCGGCCGTCCCCCCCTTGATGGTACAAACCCCCGGCAACCCCGGTGGCCTGC > NC_002947/4533894‑4534190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |