| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 45,680 | C→G | 9.5% | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I ← / ← PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 45,680 | 0 | C | G | 9.5% | 177.3 / 7.7 | 60 | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I/PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/32); new base G (2/4); total (24/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATAGACCTGGCA > NC_002947/45534‑45825 | cTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGAAGTTGGGGAGCCGCCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGc > 1:690168/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGcc < 1:613827/150‑1 (MQ=255) ttCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGcc > 1:555364/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGcc 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1:544487/1‑150 (MQ=255) aGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATtgttctgttc > 1:700863/1‑150 (MQ=255) ggggAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAAt < 1:176026/150‑1 (MQ=255) ccGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTa < 2:737528/117‑1 (MQ=255) ccGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATAGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTa > 1:737528/1‑117 (MQ=255) ctGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACtt < 2:690168/150‑1 (MQ=255) ttcgttgtCTAATCTCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGNATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACttgtt < 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1:1012774/1‑150 (MQ=255) tAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGt < 1:323288/150‑1 (MQ=255) tAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGt < 1:256462/150‑1 (MQ=255) aTTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAg > 1:407542/1‑143 (MQ=255) aTTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAg < 2:407542/143‑1 (MQ=255) aTTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGccc > 1:721151/1‑150 (MQ=255) 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gTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAgg > 1:1148072/1‑150 (MQ=255) ggCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGtcatca > 1:730193/1‑150 (MQ=255) cGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAAc < 2:1423556/150‑1 (MQ=255) taaAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGc < 2:697918/119‑1 (MQ=255) taaAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGc > 1:697918/1‑119 (MQ=255) taaAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGtcatc < 1:1289971/142‑1 (MQ=255) 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gCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAg > 2:945494/1‑123 (MQ=255) gCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAg < 1:945494/123‑1 (MQ=255) | CTTCTGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATAGACCTGGCA > NC_002947/45534‑45825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |