Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,614,854 | C→A | 7.7% | D393E (GAC→GAA) | PP_4085 → | rhs family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,614,854 | 0 | C | A | 7.7% | 148.6 / 2.6 | 52 | D393E (GAC→GAA) | PP_4085 | rhs family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/22); new base A (2/2); total (28/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.82e-01 |
GTGGAGCTGGCCCGCGTCCCACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCAATCTCAATTGCCTCGACCTGCTGTACGACGAACAAGGGCGCCTG > NC_002947/4614705‑4615001 | gTGGAGCTGGCCCGCGTCCCACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGAc > 1:400222/1‑150 (MQ=255) cTGGCCCGCGTCCCACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAg > 1:1179000/1‑150 (MQ=255) gCCCGCGTCCCACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGAcc > 2:1301318/1‑150 (MQ=255) ccGCGTCCCACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGTGGACGGCCAGACCGt > 1:504195/1‑150 (MQ=255) cgcgTCCCACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGtt > 1:1079193/1‑150 (MQ=255) cgTCCCACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGTGGACGGCCAGACCGTTGt < 2:504195/150‑1 (MQ=255) ccACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGTCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGaa < 2:343933/150‑1 (MQ=255) ccACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGaa < 2:1079193/150‑1 (MQ=255) cacaTCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGTCTGGCCGTCCTCCAGCTGGAAGAAGGc < 2:936548/134‑1 (MQ=38) cacaTCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGTCTGGCCGTCCTCCAGCTGGAAGAAGGc > 1:936548/1‑134 (MQ=38) cacaTCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAg > 1:1089950/1‑150 (MQ=255) tCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCaa > 1:450327/1‑150 (MQ=255) gCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTTGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAg < 1:616012/150‑1 (MQ=255) ggTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAggg > 2:391671/1‑150 (MQ=255) gTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGTGc < 2:386039/150‑1 (MQ=255) gCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGATGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTa > 2:1052421/1‑150 (MQ=255) tgGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCt < 2:344388/143‑1 (MQ=255) tgGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCt > 1:344388/1‑143 (MQ=255) tgGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCgg < 2:400222/150‑1 (MQ=255) cATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGa < 1:965631/150‑1 (MQ=255) gACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATAcc > 2:1240287/1‑150 (MQ=255) aaCGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGAc < 1:391671/150‑1 (MQ=255) aCCGACTGGACCTCAGCCGCATCAGAGGCGGTGATGTCTTCATCCATGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATc < 2:434662/150‑1 (MQ=255) aCCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATAc < 1:850747/136‑1 (MQ=255) aCCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATAc > 2:850747/1‑136 (MQ=255) ccGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACgg > 2:777794/1‑84 (MQ=255) ccGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACgg < 1:777794/84‑1 (MQ=255) gACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGa > 1:1869/1‑150 (MQ=255) gACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTATTCCAGATGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCCAAGATATTAATTAAGGGCATTATCGGGGCTTCGATACCGACCCGCTTAATCCGa > 2:1142793/1‑150 (MQ=255) aCTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTc > 2:1297241/1‑150 (MQ=255) ggCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTAt > 1:1000116/1‑108 (MQ=255) ggCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTAt < 2:1000116/108‑1 (MQ=255) gccgccTCAGTGCCGGTAATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATAACTGCAGGGCTTTCGCGGACGCGCTGAACCGGTCTGCTGAAGCCGAAACGCTCACGGc > 2:726964/1‑150 (MQ=255) ccgccTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGCACGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCt < 1:726964/150‑1 (MQ=255) ccTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGAt < 1:1301318/150‑1 (MQ=255) tCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCa < 2:1179000/150‑1 (MQ=255) cAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAg < 1:804634/150‑1 (MQ=255) tGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCt > 2:1388633/1‑150 (MQ=255) cTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAg > 1:756173/1‑77 (MQ=255) cTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAg < 2:756173/77‑1 (MQ=255) cTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCaa > 1:912897/1‑150 (MQ=255) cTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCaa > 2:803349/1‑150 (MQ=255) gACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCAATCTCAATTGCCTCGAc < 2:1299173/150‑1 (MQ=255) aCGGCTTGGCCTCATTCACGCTGGAGGACGGCCAGACCGCTGTCGAAGATGTCAATGAAGGGCGTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCAATCTCAATTGCCTCGAcc > 2:1086873/1‑150 (MQ=255) tctGGCCGTCCTCCAGCTGGAAGAAGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCAATCTCAATTGCCTCGACctgct > 1:670469/3‑150 (MQ=255) ttGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGaaa < 1:1116996/96‑1 (MQ=255) ttGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGaaa > 2:1116996/1‑96 (MQ=255) ccTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCg > 1:472849/1‑75 (MQ=255) ccTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCg < 2:472849/75‑1 (MQ=255) aGCTGGAGGACCGCCCGACCGGTTTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCAATCTCAATTGCCTCGACCTGCTGTACGACGAACAAg > 2:1060029/1‑150 (MQ=255) aGCTGGAAGAAGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCAATCTCAATTGCCTCGACCTGCTGTACGACGAACAAg < 2:670469/150‑1 (MQ=255) aggaCGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCAATCTCAATTGCCTCGACCTGCTGTACGACGAACAAGGGCGcc < 1:1052421/150‑1 (MQ=255) gaCGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCAATCTCAATTGCCTCGACCTGCTGTACGACGAACAAGGGCGCCTg > 2:379917/1‑150 (MQ=255) | GTGGAGCTGGCCCGCGTCCCACATCCTCAAGGCGGTACGCTGTGGATCTACATCGACAACGACGGTAACCGACTGGAACTGGGCCGCCTCAGTGCCGGTGATGCCTTCATCAGTGCCGTGGACGGCTTGGCCTTCTTCCAGCTGGAGGACGGCCAGACCGTTGTCGAAGATATCAATGAAGGGCTTTATCGGGTCTTCGATACCGACCCGCTGAATCCGAAACGCTCACGGCTGATCAGGCTCGGCGACCGCAATCTCAATTGCCTCGACCTGCTGTACGACGAACAAGGGCGCCTG > NC_002947/4614705‑4615001 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |