Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,730,173 | G→A | 9.6% | T439T (ACC→ACT) | lpdG ← | dihydrolipoyl dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,730,173 | 0 | G | A | 9.6% | 169.3 / 7.2 | 64 | T439T (ACC→ACT) | lpdG | dihydrolipoyl dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/28); new base A (4/2); total (33/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
GGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGCC > NC_002947/4730028‑4730319 | ggCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGc < 1:352080/150‑1 (MQ=255) gCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGaa < 1:1128323/150‑1 (MQ=255) cgccgTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTc > 2:1165824/1‑150 (MQ=255) ccgTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTACCgccttacc < 2:20964/150‑8 (MQ=255) cgTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCat > 1:494615/1‑150 (MQ=255) gTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCatt < 1:494722/150‑1 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGt < 2:166291/129‑1 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGt > 1:166291/1‑129 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcgattgc < 1:254771/150‑1 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGAAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTCGTGCCGAATTCCattgcgattgc > 2:247231/1‑150 (MQ=255) aTTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCct < 2:283584/150‑1 (MQ=255) ttACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCACTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGt > 2:663113/1‑150 (MQ=255) cGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCg > 1:734626/1‑150 (MQ=255) ggTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGtcggg < 2:1422837/150‑5 (MQ=255) ttGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCa < 1:1206071/150‑1 (MQ=255) ggTGAATGGCGGCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATg > 2:141254/2‑150 (MQ=255) ggTGAATGGCGGCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATg > 1:888294/2‑150 (MQ=255) gAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGc > 2:1207317/1‑150 (MQ=255) gAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGc < 2:494615/150‑1 (MQ=255) cgccATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGt < 1:820383/150‑1 (MQ=255) aTTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCa > 2:714547/1‑119 (MQ=255) aTTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCa < 1:714547/119‑1 (MQ=255) aTTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAac > 1:840426/1‑150 (MQ=255) aTTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAac > 1:564035/1‑150 (MQ=255) cACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACAcc > 2:1181083/1‑150 (MQ=255) aCCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATgg > 2:851613/1‑131 (MQ=255) aCCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATgg < 1:851613/131‑1 (MQ=255) tgctTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGcggtc > 2:838905/1‑150 (MQ=255) ctTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGcggtcgg > 1:619218/1‑150 (MQ=255) aTGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCtt < 2:840426/150‑1 (MQ=255) cAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGc > 1:613943/1‑150 (MQ=255) aCGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCAt < 2:888294/150‑1 (MQ=255) gACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACCAGTGCCGag > 2:80040/1‑55 (MQ=255) gACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACCAGTGCCGag < 1:80040/56‑2 (MQ=255) ggTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTg > 2:469337/1‑43 (MQ=255) ggTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTg < 1:469337/43‑1 (MQ=255) ggTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCtt > 2:539124/1‑150 (MQ=255) gTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTg > 2:581216/1‑132 (MQ=255) gTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTg < 1:581216/132‑1 (MQ=255) gATGGCTGAAGACCATCATGCTCAGATTCTTGTCACTGGTGCCGAATTCTATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGTCgc < 1:1119290/150‑2 (MQ=255) gATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCa > 1:733335/1‑75 (MQ=255) gATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCa < 2:733335/75‑1 (MQ=255) ggCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAac < 2:619218/150‑1 (MQ=255) gAAGACCATCCTGCCCTGCTACACGGCAATTGTGCGTTATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACAGCTTGGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAaccacc < 1:247231/150‑1 (MQ=255) aaGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCGCGTTTTCATCTTAAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCg < 2:1058969/150‑1 (MQ=255) catcatGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGcggtcg < 2:1247131/109‑1 (MQ=255) catcatGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGcggtcg > 1:1247131/1‑109 (MQ=255) catcatGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTc > 2:949248/1‑150 (MQ=255) catcatGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTc < 1:663113/150‑1 (MQ=255) atcatGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCg > 2:1348330/1‑150 (MQ=255) tcatGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGt > 1:1222822/1‑150 (MQ=255) catGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGtt < 1:1165824/150‑1 (MQ=255) tGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTgg < 1:838905/150‑1 (MQ=255) tGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTgg < 1:141254/150‑1 (MQ=255) ccAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTTCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAg > 2:841933/1‑150 (MQ=255) ccAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGAc > 2:90320/1‑121 (MQ=255) ccAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGAc < 1:90320/121‑1 (MQ=255) ccAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAg > 2:894102/1‑150 (MQ=255) aGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAac < 1:826794/130‑1 (MQ=255) aGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAac > 2:826794/1‑130 (MQ=255) gaattCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCAt > 1:1367358/5‑150 (MQ=255) ttCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCg < 1:1044144/129‑1 (MQ=255) ttCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCg > 2:1044144/2‑130 (MQ=255) ttCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAAACCCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTGGTTGTCAGCCATCGc > 1:668868/2‑150 (MQ=255) tCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCa > 1:807906/1‑150 (MQ=255) aCTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCAGGGGGGGCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGcc < 2:1107321/150‑1 (MQ=255) | GGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGCC > NC_002947/4730028‑4730319 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |