Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,731,726 | T→C | 6.1% | N361D (AAT→GAT) | sucB ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase dihydrolipoyltranssuccinylase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,731,726 | 0 | T | C | 6.1% | 191.3 / 2.2 | 65 | N361D (AAT→GAT) | sucB | 2‑oxoglutarate dehydrogenase dihydrolipoyltranssuccinylase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/31); new base C (2/2); total (32/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 |
TTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGTTTGC > NC_002947/4731583‑4731875 | ttAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACATCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGc > 1:180753/1‑150 (MQ=255) gATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATCAATGGCCag < 2:815083/150‑2 (MQ=255) aTGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATCAATGGCCagg < 1:1158849/150‑3 (MQ=255) gTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCgg < 2:1395105/150‑1 (MQ=255) ggCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACAACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGgatga < 2:1110189/150‑1 (MQ=255) ggACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGAtgtt > 2:1036091/1‑150 (MQ=255) aCGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGAtgttgt < 2:617059/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGcc > 2:1216137/1‑150 (MQ=255) agcagGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATc > 1:1137685/1‑120 (MQ=255) agcagGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATc < 2:1137685/120‑1 (MQ=255) ttCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGAtgttg < 2:164199/132‑1 (MQ=255) ttCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGAtgttg > 1:164199/1‑132 (MQ=255) ttCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATggcg > 2:634923/1‑150 (MQ=255) tCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATggcgg > 2:364128/1‑150 (MQ=255) tGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCt > 1:1110717/1‑150 (MQ=255) gATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGAtgttg > 2:656968/1‑127 (MQ=255) gATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGAtgttg < 1:656968/127‑1 (MQ=255) tAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTgcg > 2:164348/1‑150 (MQ=255) gACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGcggcgg < 1:1036091/150‑1 (MQ=255) gACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGcggcgg < 1:700059/150‑1 (MQ=255) aGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGACGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTg < 2:1244070/150‑1 (MQ=255) ggAAGGTTCCCGCGTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGa < 1:425960/150‑1 (MQ=255) ggAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCGGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGa > 2:42668/1‑150 (MQ=255) ggAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGa < 1:164348/150‑1 (MQ=255) ggAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGa < 1:1373923/150‑1 (MQ=255) ttACCGCTTCCTTGCCGCCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGa < 2:130878/144‑1 (MQ=255) ttACCGCTTCCTTGCCGCCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGa > 1:130878/1‑144 (MQ=255) aCCGCTTCCTTGCCGTCGATCGGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCggg < 1:42668/150‑1 (MQ=255) cGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGt > 2:94668/1‑150 (MQ=255) cGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGt > 2:17547/1‑150 (MQ=255) cGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGt < 1:94668/150‑1 (MQ=255) cTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCg < 1:1199106/87‑1 (MQ=255) cTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCg > 2:1199106/1‑87 (MQ=255) cTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGtt > 2:189178/1‑132 (MQ=255) cTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGtt < 1:189178/132‑1 (MQ=255) cttccGATCTGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATAGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACatcatc < 1:1224174/146‑1 (MQ=255) gCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATggcg > 2:359734/1‑103 (MQ=255) gCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATggcg < 1:359734/103‑1 (MQ=255) gCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGt > 1:1370539/1‑150 (MQ=255) gCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGt > 1:510095/1‑150 (MQ=255) ggTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGc < 1:71654/150‑1 (MQ=255) tACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGatgatg < 1:1128848/72‑1 (MQ=255) tACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGatgatg > 2:1128848/1‑72 (MQ=255) aCGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTtgg < 1:1216137/150‑1 (MQ=255) aCAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCga > 2:1163854/1‑81 (MQ=255) aCAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCga < 1:1163854/81‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGCTCGGGGTCGACatcatc < 2:729749/124‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACatcatc > 1:729749/1‑124 (MQ=255) aGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTtggtgatg < 1:563287/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTtggtgatgg > 1:457744/1‑150 (MQ=255) cAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGaa > 2:232824/1‑150 (MQ=255) gTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCTGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGt < 2:112504/150‑1 (MQ=255) gTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGt < 1:634923/150‑1 (MQ=255) aCATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGc < 1:232824/150‑1 (MQ=255) gggCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTc > 1:15190/1‑150 (MQ=255) gAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTtg < 2:1213091/122‑1 (MQ=255) gAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTtg > 1:1213091/1‑122 (MQ=255) ccgatGGCCATCAATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGAAACCTGCGGCGGGGTAAAGAGCGTGGGCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGAt > 1:531341/5‑150 (MQ=255) gatGGCCATCAATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCCAACCGCAGGTGCCACCGTTGGTGATAGTGGAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATgg > 2:472609/3‑150 (MQ=255) cTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGa > 1:153998/1‑150 (MQ=255) cATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGCGAGTGCCACCGTTGGTGATGGGGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGtt > 1:728466/1‑150 (MQ=255) aTTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGt < 2:1055065/96‑1 (MQ=255) aTTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGt > 1:1055065/1‑96 (MQ=255) aTTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGaa < 2:1187392/117‑1 (MQ=255) aTTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGaa > 1:1187392/1‑117 (MQ=255) tGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGTTTGc < 2:634480/150‑1 (MQ=255) | TTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGTTTGC > NC_002947/4731583‑4731875 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |