Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,744,652 | G→T | 10.0% | G73G (GGC→GGA) | PP_4198 ← | OmpA family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,744,652 | 0 | G | T | 10.0% | 173.7 / 2.7 | 56 | G73G (GGC→GGA) | PP_4198 | OmpA family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/22); new base T (2/4); total (30/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCCTCACGCAAGGCCAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCATCCAGCGCGGCACTGCTGCGCTGAC > NC_002947/4744505‑4744800 | ggCCTCACGCAAGGCCAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAACTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGCACCGGTTcc < 2:1027118/150‑1 (MQ=255) ccTCACGCAAGGCGAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCATGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCTCTGGCTGAGATAAGCATAGTGTTGTACAGCGGAACAGGTGCCGa > 2:234087/1‑150 (MQ=255) ccTCACGCAAGGCCAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGCACCGGTTCCGa > 1:732568/1‑150 (MQ=255) cACGCAAGGCCAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGCACCGGTTCCGATGt < 2:732568/150‑1 (MQ=255) cACGCAAGGCCAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGCACCGGTTCCGATGt < 2:1363095/150‑1 (MQ=255) aCGCAAGGCCAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGCACCGGTTCCGATGtg < 1:1420877/150‑2 (MQ=255) cGCAAGGCCAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCATGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTaa < 1:865547/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCCAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAAc > 1:359331/1‑150 (MQ=255) ccAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACa > 1:1264926/1‑150 (MQ=255) ccAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACa < 2:1103453/150‑1 (MQ=255) gCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGgc < 2:359331/150‑1 (MQ=255) ggcgctggcgctCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTGAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCgg < 2:958336/150‑1 (MQ=255) gctCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCa > 1:283752/1‑150 (MQ=255) ctCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAg > 1:380367/1‑150 (MQ=255) cAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGa > 1:191814/1‑150 (MQ=255) gCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCAcccg > 1:556384/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGgcgc < 1:645037/121‑1 (MQ=255) ggCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCCGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGgcgc > 2:645037/1‑121 (MQ=255) cTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAAtcacgtc > 1:855309/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACAGGTTCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACgcggc > 1:601711/1‑150 (MQ=255) gcCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAAGGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTg < 2:328812/150‑1 (MQ=255) gCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCgca < 1:296402/150‑1 (MQ=255) gCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCCCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAAt > 1:378995/1‑127 (MQ=255) gCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCCCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAAt < 2:378995/127‑1 (MQ=255) cTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCgcag < 2:380367/150‑1 (MQ=255) gCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGcaca > 1:439970/1‑150 (MQ=255) tGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCg < 2:191814/150‑1 (MQ=255) tGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCg > 2:631292/1‑150 (MQ=255) tCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCTGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCACGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCCCCTCgcat > 2:63160/1‑147 (MQ=255) gCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCgcag < 2:251936/134‑1 (MQ=255) gCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCgcag > 1:251936/1‑134 (MQ=255) cAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCtt < 1:796330/150‑1 (MQ=255) agctcGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTg > 1:1037932/3‑150 (MQ=255) tGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCAcccgcc > 1:1385433/1‑95 (MQ=255) tGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCAcccgcc < 2:1385433/95‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGaa > 2:577388/1‑150 (MQ=255) cgcTGGCGGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAg < 2:439970/150‑1 (MQ=255) tgAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACgcgg > 2:1004320/1‑100 (MQ=255) tgAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACgcgg < 1:1004320/100‑1 (MQ=255) tgAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGCAGGCAACgg > 1:66647/1‑150 (MQ=255) tgAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGGGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACgg < 1:719407/150‑1 (MQ=255) gTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGc > 1:1283608/1‑150 (MQ=255) gTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGc > 1:994100/1‑150 (MQ=255) tAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGcc < 1:577388/150‑1 (MQ=255) cATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCAt > 2:247185/1‑150 (MQ=255) cATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCAt > 2:757360/1‑150 (MQ=255) tGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTgc > 2:395253/1‑94 (MQ=255) tGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTgc < 1:395253/94‑1 (MQ=255) gCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGt > 2:261963/1‑133 (MQ=255) gCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGt < 1:261963/133‑1 (MQ=255) aTCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCATCCAGCGCGGCAct > 1:682742/1‑150 (MQ=255) tCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCATCCAGCGCGGCActg > 1:436839/1‑150 (MQ=255) tCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCATCCAGCGCGGCActg > 2:1031456/1‑150 (MQ=255) aCCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCATCCAGCGCGGCACTGCTgcg < 2:855309/150‑1 (MQ=255) gTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCATCCAGCGCGGCACTGCTGCGCTGa < 1:863011/150‑1 (MQ=255) tGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCATCCAGCGCGGCACTGCTGCGCTGAc < 1:631292/150‑1 (MQ=255) | GGCCTCACGCAAGGCCAGCTGCAGGCGCTGGCGCTCCAGGTCGAGCTTGGCCTGGCGCTCCTGGTTCAGCGCCAGCTTGGCATGCTCGCGGGCAATCTCGCTGTAGCGCTGGCTGAGGTAAGCATAATGCCGCACATCGGAACCGGTGCCGATGTAACTGGACAGGCGCTCGGCGCGAGCCAGCGACTCACCCGCCCGAATCACGTCACGCGGCGCGCTGCGCAGCACATCGGAATCATCTTTGACCCCCTGGAAGGCAACGGTGGCCTCATCCAGCGCGGCACTGCTGCGCTGAC > NC_002947/4744505‑4744800 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |