| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,769,888 | C→G | 8.2% | V3142L (GTT→CTT) | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,769,888 | 0 | C | G | 8.2% | 149.7 / 5.1 | 49 | V3142L (GTT→CTT) | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/26); new base G (2/2); total (21/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
GATGGTCGACTTCTGGATCAGGTCACGCAGGCGCAGGGTAAAGCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAGCGGCATCCGCTCCAAAACCATCAGC > NC_002947/4769745‑4770036 | gATGGTCGACTTCTGGATCAGGTCACGCAGGCGCAGGGTAAAGCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAg < 1:1366658/150‑1 (MQ=255) aCTTCTGGATCAGGTCACGCAGGCGCAGGGTAAAGCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCt < 1:989733/150‑1 (MQ=255) ggTCACGCAGGCGCAGGGTAAAGCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATgcgcg > 1:4872/1‑150 (MQ=255) aCGCAGGCGCAGGGTAAAGCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCATGCCAGATgcgccgtat > 2:1013008/1‑145 (MQ=255) cccaggcgcaggGTAAAGCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATg < 2:315479/148‑1 (MQ=255) tAAAGCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGtt < 1:509575/150‑1 (MQ=255) gCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCAtt < 1:1139831/150‑1 (MQ=255) gCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCAtt > 1:934187/1‑150 (MQ=255) cGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCt > 2:576151/1‑102 (MQ=255) cGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCt < 1:576151/102‑1 (MQ=255) tttCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCCCATCGCCGTCCGGCTCTAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGc < 1:674146/150‑1 (MQ=255) cAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCcac < 1:1013008/150‑1 (MQ=255) gCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACAt < 1:905224/150‑1 (MQ=255) gCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACAt > 1:832606/1‑150 (MQ=255) cACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCa < 2:1287427/103‑1 (MQ=255) cACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCa > 1:1287427/1‑103 (MQ=255) cACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGtt > 1:1068352/1‑150 (MQ=255) cGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCa > 1:481502/1‑150 (MQ=255) gggCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGAt < 2:704434/112‑1 (MQ=255) gggCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGAt > 1:704434/1‑112 (MQ=255) gggCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCAc < 2:489997/150‑1 (MQ=255) gggCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCAc < 1:129309/150‑1 (MQ=255) ttGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAAc < 2:42844/150‑1 (MQ=255) gCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGt < 1:680690/107‑1 (MQ=255) gCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGt > 2:680690/1‑107 (MQ=255) gCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCgcag < 2:832606/150‑1 (MQ=255) cATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCgcagg > 1:59487/1‑150 (MQ=255) cATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTAGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCgcagg < 1:172903/150‑1 (MQ=255) tGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCgcaggca < 2:1068352/150‑1 (MQ=255) aTCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTg < 2:1249396/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCg > 1:155811/1‑150 (MQ=255) aagaagTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTTCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCAc < 1:178096/100‑1 (MQ=255) aagaagTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTTCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCAc > 2:178096/1‑100 (MQ=255) ggacgtGCTCAAGGTTGAGCAGGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAg > 2:759223/6‑136 (MQ=255) ggacgtGCTCAAGGTTGAGCAGGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAg < 1:759223/131‑1 (MQ=255) cGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAGCGGCATCCGCTCCa < 2:481502/150‑1 (MQ=255) ccTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCtt > 2:648942/1‑118 (MQ=255) ccTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCtt < 1:648942/118‑1 (MQ=255) gtGCTCAAGGTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGTTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTgg < 1:1321978/124‑1 (MQ=255) gtGCTCAAGGTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGTTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTgg > 2:1321978/2‑125 (MQ=255) cTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAGCGGCATCCGCTCCAAAAc < 2:934187/150‑1 (MQ=255) cTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAGCGGCATCCGCTCCAAAAc > 1:1322023/1‑150 (MQ=255) cTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTgg > 2:1186007/1‑122 (MQ=255) cTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTgg < 1:1186007/122‑1 (MQ=255) tCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTgggg < 1:765122/123‑1 (MQ=255) tCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTgggg > 2:765122/1‑123 (MQ=255) cAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAGCGGCATCCGCTCCAAAACCATCa < 2:184890/150‑1 (MQ=255) aaCCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAGCGGCATCCGCTCCAAAACCATCAg > 1:281294/1‑150 (MQ=255) aCCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAGCGGCATCCGCTCCAAAACCATCAGc > 1:273902/1‑150 (MQ=255) | GATGGTCGACTTCTGGATCAGGTCACGCAGGCGCAGGGTAAAGCCGATTTTTTTCAGCCCACGGGCCTTGGCCACCACCTGCATGCTGAGGATCGAATCGCCGCCCAGCTCGAAGAAGTTGTCGGTGATACCGACCTGCTCAACCTTGAGCACGTCCTGCCAGATGCGCGCGATGGCCAGCTCCAGTTCATTGCGCGGTGCCACATGTTCACGCAACGCCTGCATCGCAGGCAGCGCGTTGCGATCGAGCTTGCCGTTGGGGCTAAGCGGCATCCGCTCCAAAACCATCAGC > NC_002947/4769745‑4770036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |