Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,779,856 | A→G | 8.7% | N2501N (AAT→AAC) | pvdJ ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,779,856 | 0 | A | G | 8.7% | 123.9 / 2.2 | 46 | N2501N (AAT→AAC) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/23); new base G (2/2); total (21/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
TCATCGCCCAGACTGATCCGCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCATCGCGGGCGACCCAGTAGGCCACCAACT > NC_002947/4779710‑4780004 | tCATCGCCCAGACTGATCCGCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTg < 2:1028763/150‑1 (MQ=255) aTCGCCCAGACTGATCCGCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGCTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGc > 1:1014179/1‑150 (MQ=255) tCGCCCAGACTGATCCGCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCa < 1:280921/150‑1 (MQ=255) cccAGACTGATCCGCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTc < 2:637865/150‑1 (MQ=255) gACTGATCCGCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCg > 1:99427/1‑150 (MQ=255) tGATCCGCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCa < 1:341182/150‑1 (MQ=255) tCCGCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGc > 1:258326/1‑150 (MQ=255) gCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCAt > 1:647307/1‑129 (MQ=255) gCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCAt < 2:647307/129‑1 (MQ=255) gCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGGGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGt > 2:798772/1‑150 (MQ=255) cGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGa < 2:172932/150‑1 (MQ=255) cGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGa < 2:840603/150‑1 (MQ=255) aCGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGc < 2:412458/150‑1 (MQ=255) cAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCAc > 1:946455/1‑150 (MQ=255) aGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCAcc < 1:1356908/150‑1 (MQ=255) ccTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCcaca < 2:457692/150‑1 (MQ=255) tCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGt < 2:258326/150‑1 (MQ=255) tCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGTTCACAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCg > 1:1314758/1‑150 (MQ=255) cTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCAt > 2:138285/1‑150 (MQ=255) aaTTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGccc < 1:263022/150‑1 (MQ=255) aTTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCg < 1:138285/150‑1 (MQ=255) tgctgcAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCa < 2:1373475/93‑1 (MQ=255) tgctgcAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCa > 1:1373475/1‑93 (MQ=255) tgcAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTg > 1:329285/1‑150 (MQ=255) acgacgTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCAc > 2:257943/1‑150 (MQ=255) gacgTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGc > 2:941973/1‑150 (MQ=255) cGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTc < 2:329285/150‑1 (MQ=255) ggTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCg < 2:99427/150‑1 (MQ=255) gTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCAc > 1:1276194/1‑150 (MQ=255) tAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACg > 2:358363/1‑150 (MQ=255) ctgctgAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTgcg > 1:200147/1‑150 (MQ=255) ctgAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCAt < 1:358363/150‑1 (MQ=255) cTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTgcg < 2:946455/150‑1 (MQ=255) cGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGa < 2:1276194/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAgg > 1:46958/1‑150 (MQ=255) cGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCGTTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCAt > 1:735531/1‑149 (MQ=255) cGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCGTTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCAt > 1:734524/1‑149 (MQ=255) cGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCGTTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCAt < 2:734524/149‑1 (MQ=255) cGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCGTTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCAt < 2:735531/149‑1 (MQ=255) aaTGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCATCGCgg < 1:257943/150‑1 (MQ=255) tGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCATCGCGGGc < 2:200147/150‑1 (MQ=255) tCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCATCGCGGGCGACCCAGTAg < 1:55892/150‑1 (MQ=255) gCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCATCGCGGGCGACCCAGTAGGcca > 1:72456/1‑150 (MQ=255) gCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCATCGCGGGCGACCCAGTAGGCCACCaa > 2:980971/1‑150 (MQ=255) cATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCATCGCGGGCGACCCAGTAGGCCACCAACt > 2:674061/1‑150 (MQ=255) cATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCATCGCGGGCGACCCAGTAGGCCACCAACt < 2:1314758/150‑1 (MQ=255) | TCATCGCCCAGACTGATCCGCTCGACGCCCAGCACCTCGCTCCAGACCTGCGCCAATTGCTGCTGCAACGACGTTTCCGGTGCCTGGTAGCGCTGCTGAGCGGTGCTCGGGTCCGGTGCCGGCAATGCTTTGCGGTCGAGCTTGCCATTGGCAGTCAGCGGCAGGCTGTCGAGCCTCACCCACAGTGCCGGCACCATGTAGCCCGGAAGGCTGGCACGCAGATAGTCGGCCAGCACGCTGCGCATCTCGGCTGCGGCGACCGAGGCATCGCGGGCGACCCAGTAGGCCACCAACT > NC_002947/4779710‑4780004 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |