Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,830,735 | T→A | 13.1% | D167V (GAC→GTC) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,830,735 | 0 | T | A | 13.1% | 116.9 / 10.5 | 46 | D167V (GAC→GTC) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/18); new base A (3/3); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.91e-01 |
CAGCTGACGATCACATCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTCAGCAGCAGTCGC > NC_002947/4830591‑4830884 | cAGCTGACGATCACATCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCg > 1:500939/1‑150 (MQ=255) cTGACGATCACATCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGccc < 1:291891/150‑1 (MQ=255) acaTCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACg > 2:913917/1‑150 (MQ=255) tcgGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCCCGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCGTCTCCCTTGAGCCCGGGTTcc > 2:706121/1‑149 (MQ=255) gTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCa > 1:1271001/1‑150 (MQ=255) tCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCa < 2:500939/150‑1 (MQ=255) aTGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAACGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGcc > 1:305376/1‑150 (MQ=255) cAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGcc > 1:699195/1‑146 (MQ=255) cAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGcc < 2:699195/146‑1 (MQ=255) aaaGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCt < 2:524290/116‑1 (MQ=255) aaaGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCt > 1:524290/1‑116 (MQ=255) gCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCgg < 1:485995/150‑1 (MQ=255) ttGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGCCAGCGCGGTGGAACCGGAGGTCGGAGATGC‑‑GCAGGGGTGGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTc > 1:678639/1‑150 (MQ=255) gCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCaa < 2:1318327/150‑1 (MQ=255) gCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTg > 1:1223207/1‑150 (MQ=255) cTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGACATCGcctt < 2:569145/95‑3 (MQ=255) cTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGACATCGcctt > 1:569145/1‑93 (MQ=255) gTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCcag < 2:215856/150‑1 (MQ=255) gCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGt < 1:706121/150‑1 (MQ=255) accaGGTTGCCATGGCTGAGCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCGAAGCTATCCACTTCCAGCATTTgg < 2:97314/150‑1 (MQ=255) accaGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCAt > 1:11625/1‑133 (MQ=255) accaGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCAt < 2:11625/133‑1 (MQ=255) cATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGTAAGGCTAGGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCATTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTTCCACCAGTTAGGGGGCGttat > 2:307722/1‑148 (MQ=255) aTGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTc > 2:1076704/1‑150 (MQ=255) ccTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCa > 2:774743/1‑150 (MQ=255) ccTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCa < 1:307722/150‑1 (MQ=255) tGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAg < 2:967306/91‑1 (MQ=255) tGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAg > 1:967306/1‑91 (MQ=255) gCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAggg > 1:464317/1‑150 (MQ=255) gCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCggg > 1:875621/1‑97 (MQ=255) gCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCggg < 2:875621/97‑1 (MQ=255) gCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTc < 2:835423/150‑1 (MQ=255) ccTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGACATCGcctt > 1:716892/1‑55 (MQ=255) ccTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGACATCGcctt < 2:716892/57‑3 (MQ=255) ttGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCAt < 2:421154/49‑1 (MQ=255) ttGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCAt > 1:421154/1‑49 (MQ=255) ttGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAgg > 1:334432/1‑150 (MQ=255) ggTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCt < 1:1076704/150‑1 (MQ=255) tGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCAc > 1:1135950/1‑57 (MQ=255) tGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCAc < 2:1135950/57‑1 (MQ=255) aagggCGATGACATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTcag > 1:583421/4‑150 (MQ=255) gggCGATGACATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTcagca < 2:583421/149‑1 (MQ=255) gCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTcagca < 2:850978/148‑1 (MQ=255) gCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTcagca > 1:850978/1‑148 (MQ=255) gATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTcagcagcag > 2:1158896/1‑150 (MQ=255) aTGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTCAGCAGCAGt > 1:1186784/1‑150 (MQ=255) tCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTCAGCAGCAGTcgc < 2:1271001/150‑1 (MQ=255) | CAGCTGACGATCACATCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGT‑GTA‑CTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTCAGCAGCAGTCGC > NC_002947/4830591‑4830884 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |