Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 432,996 | A→T | 8.9% | intergenic (+18/+29) | PP_0355 → / ← glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 432,996 | 0 | A | T | 8.9% | 170.1 / 7.5 | 56 | intergenic (+18/+29) | PP_0355/glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/26); new base T (3/2); total (28/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-01 |
GTGTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCA > NC_002947/432850‑433140 | gtgtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTaaaa < 2:436056/150‑1 (MQ=255) tgtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAAc > 1:942329/1‑150 (MQ=255) gCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTccc > 1:573273/1‑150 (MQ=255) gCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTccc > 1:1353966/1‑150 (MQ=255) cGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcccc < 2:150493/150‑1 (MQ=255) cGACACCGATGTGGAAAGGGCAGTGTTTTTGAGGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTTTTACGGTcccc < 1:314478/150‑1 (MQ=255) acacCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCt > 1:475989/1‑150 (MQ=255) cGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCTGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTcccc > 1:618441/1‑145 (MQ=255) cGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCTGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTcccc < 2:618441/145‑1 (MQ=255) tgtgGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAATAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGgcagca < 2:125851/150‑1 (MQ=255) tgGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGGTGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGa < 1:271164/150‑1 (MQ=255) gAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtg > 2:778593/1‑150 (MQ=255) gCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCtt > 1:1297641/1‑150 (MQ=255) tGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGGCCGGTGTAGGACGTGGGGAGCAAAGAACTGAAAATTGGATGACGC‑GCAAGGGCCATTGTATATCGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACaa < 1:1390993/150‑1 (MQ=255) aTGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTCAACAAAGAACTGAAAATTGGATGCTGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAAccc > 1:1029984/1‑150 (MQ=255) gtgATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGt < 1:1035858/150‑1 (MQ=255) gATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTa < 2:1353966/150‑1 (MQ=255) aTGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTAc > 2:1335455/1‑150 (MQ=255) cTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcccc < 2:879689/113‑1 (MQ=255) cTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcccc > 1:879689/1‑113 (MQ=255) cTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCt < 2:942329/150‑1 (MQ=255) tGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCtt < 2:475989/150‑1 (MQ=255) tGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCtt < 1:5724/150‑1 (MQ=255) ggtggACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcg < 1:778593/150‑1 (MQ=255) gtggACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcgc > 2:611665/1‑150 (MQ=255) tggACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTTCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcgcg < 1:478595/150‑1 (MQ=255) tCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCACTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcgc < 2:483682/143‑1 (MQ=255) tCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCACTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcgc > 1:483682/1‑143 (MQ=255) tGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGAcggcg < 2:573273/150‑1 (MQ=255) cTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGt > 2:577825/1‑150 (MQ=255) cTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGt > 2:1111514/1‑150 (MQ=255) tCAAGCCGGGGGATCGGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAAGTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTAGCGGCGACGGCtgtg > 2:35966/1‑150 (MQ=255) aGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAg < 1:577825/150‑1 (MQ=255) ggTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTAcc < 1:1111514/150‑1 (MQ=255) tGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAAAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCgg < 1:178671/150‑1 (MQ=255) tCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCg > 1:910212/1‑150 (MQ=255) tGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGt < 1:855329/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGtt > 2:628219/1‑98 (MQ=255) gCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGtt < 1:628219/98‑1 (MQ=255) gCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCg > 1:1296588/1‑150 (MQ=255) gTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcccc > 1:103743/1‑56 (MQ=255) gTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcccc < 2:103743/56‑1 (MQ=255) gTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCATACACCCCGTTACGCTCCTTGAACTCTCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGttgcttgc < 1:174840/150‑1 (MQ=255) aaaGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGATCGGTATAACCGGACGGTTGCTGTCCAccgt > 2:792901/1‑148 (MQ=255) tGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTAc < 2:884193/150‑1 (MQ=255) tGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTAc < 2:884200/150‑1 (MQ=255) ttGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTc < 2:1297641/150‑1 (MQ=255) tgaagtgcCAGAGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAg < 1:1059215/144‑1 (MQ=255) gcCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCt > 2:215194/1‑150 (MQ=255) gcCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCAGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCt > 2:700482/1‑150 (MQ=255) aGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGa > 2:470156/1‑150 (MQ=255) aGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCAGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTggg > 1:162985/1‑149 (MQ=255) aGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCa > 2:1307562/1‑119 (MQ=255) aGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCa < 1:1307562/119‑1 (MQ=255) ggggACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGAAAc > 2:366504/1‑150 (MQ=255) gggACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACg > 2:1331332/1‑150 (MQ=255) aCCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCa > 2:254190/1‑150 (MQ=255) | GTGTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGC‑GCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCA > NC_002947/432850‑433140 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |