| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,902,716 | G→A | 5.9% | V196M (GTG→ATG) ‡ | PP_4310 → | hydantoin racemase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,902,716 | 0 | G | A | 5.9% | 201.4 / 2.6 | 69 | V196M (GTG→ATG) ‡ | PP_4310 | hydantoin racemase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/35); new base A (2/2); total (32/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
GCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTAGAG > NC_002947/4902568‑4902861 | gCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGt < 1:370952/150‑1 (MQ=255) gaactggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCg < 1:1275722/150‑1 (MQ=255) gaactggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCg > 1:128069/1‑150 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt < 1:411858/150‑1 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATCGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt > 2:1351800/1‑150 (MQ=255) gaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGgtggtg > 2:623454/1‑150 (MQ=255) aaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCACGCCggtgcgtt < 1:1191861/150‑5 (MQ=255) gCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGAt > 1:160536/1‑150 (MQ=255) 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ccGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGgtgt > 2:1359575/1‑149 (MQ=255) cGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGa < 1:22910/150‑1 (MQ=255) cGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGa < 2:121745/150‑1 (MQ=255) gCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAg < 2:617303/150‑1 (MQ=255) ggCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGc > 1:765446/1‑150 (MQ=255) 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cGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCCTGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGa < 1:1169142/119‑1 (MQ=255) cGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGa > 2:1169142/1‑119 (MQ=255) tGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGa < 2:1280207/150‑1 (MQ=255) gacgacAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGgt < 2:782454/96‑1 (MQ=255) gacgacAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGgt > 1:782454/1‑96 (MQ=255) gacAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCgg < 2:587482/82‑1 (MQ=255) gacAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCgg > 1:587482/1‑82 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATTGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTgc < 2:160536/150‑1 (MQ=255) gAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCCCGTCCAAAGTgcgc > 1:131443/1‑150 (MQ=255) aGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGAATCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCa < 1:313262/150‑1 (MQ=255) gATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTa > 1:506774/1‑150 (MQ=255) tCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATg > 1:655859/1‑150 (MQ=255) tGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCCCGTCCAAAGTGCGCACCTATGCg > 2:248040/1‑150 (MQ=255) gCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGa > 1:488505/1‑150 (MQ=255) gTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCAc < 1:767510/150‑1 (MQ=255) ttGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGCGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACg > 2:919864/1‑150 (MQ=255) aTGGCCGGGCTGAACGAGCAGATTCGCCAGCGCATCGGCCTGCTGGTGCTGGATGGTGTGAGAGCAGCGGTGATCATTTCCGACTCGCTGATGCGCATGGTTTTGAGCAGGTCCAAAGTGGGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGaaa > 2:202623/1‑150 (MQ=255) tGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGa < 2:96686/60‑1 (MQ=255) tGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGa > 1:96686/1‑60 (MQ=255) ccGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCAAGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCGACGGGCGAAGAAAgtgg > 2:662753/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGc > 2:261201/1‑103 (MQ=255) cGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGc < 1:261201/103‑1 (MQ=255) gggCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGAAGCCCCGGGCGAAGAAAttggtc < 2:765446/150‑2 (MQ=255) gCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTggg > 1:284183/1‑150 (MQ=255) ggACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTg < 2:1065594/150‑1 (MQ=255) gAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCg > 2:308752/1‑150 (MQ=255) cAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGAGCCTGGGTTTGAGCACGTCACATCTTCCTACGTATTCTTGGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATg < 1:248040/150‑1 (MQ=255) gCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCg > 1:1047742/1‑150 (MQ=255) aaCGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGcc > 1:43225/1‑150 (MQ=255) caccACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAgtggtg < 2:392687/124‑1 (MQ=255) caccACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAgtggtg > 1:392687/4‑127 (MQ=255) accACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGc > 1:93037/3‑150 (MQ=255) cACCGGCGCGACGATGCTTGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGATGGTGAGCGTGGGTTTGAGCCCGTCCAAAGTGCGCACCTATCAGACGCCACGGGCCAAATGAGTGGTGAGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTa < 1:1169624/150‑1 (MQ=255) cGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCTACAGGGACCAGTACCGCATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGGGGGCTGGCCGAGGCGCTTCGGCCGCTagct > 2:597770/1‑148 (MQ=255) cGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTagag < 2:655859/150‑1 (MQ=255) | GCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTAGAG > NC_002947/4902568‑4902861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |