Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,998,219 | G→T | 9.5% | intergenic (‑71/‑145) | PP_4405 ← / → PP_4406 | sensory box protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,998,219 | 0 | G | T | 9.5% | 153.0 / 4.0 | 53 | intergenic (‑71/‑145) | PP_4405/PP_4406 | sensory box protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/24); new base T (2/3); total (25/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 |
GCTGATCAAATCGAACAAGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTGGTACCTGCCAACGAGATTTCCAAGGAGGAAACATGAT > NC_002947/4998074‑4998368 | gCTGATCAAATCGAACAAGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCg > 1:833520/1‑150 (MQ=255) tGATCAAATCGAACAAGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGc < 1:991678/150‑1 (MQ=255) cAAATCGAACAAGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCTCGCGGCaatc < 1:805884/150‑3 (MQ=255) aaTCGAACAAGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCTCGCGGCaatcaa < 1:635042/150‑5 (MQ=255) aaTCGAACAAGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAgatg > 2:1218512/1‑150 (MQ=255) aaCAAGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGcc < 2:1061907/150‑1 (MQ=255) aCAAGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTGATGGGCGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCt < 1:374776/150‑1 (MQ=255) aaGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTAt > 2:387199/1‑150 (MQ=255) tgtgCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACAGGAACGTTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACg < 1:784785/150‑1 (MQ=255) cAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCg > 2:1142529/1‑126 (MQ=255) cAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCg < 1:1142529/126‑1 (MQ=255) gCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCat < 1:1199874/150‑1 (MQ=255) cTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGGCGCGAGCGGTAAGATGAGGCCTATCACGGGCAAGCata > 2:1224886/1‑150 (MQ=255) tGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCatat > 1:735161/1‑150 (MQ=255) gTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATg > 2:507389/1‑150 (MQ=255) aCTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCTCGCGGCaatc < 1:1405571/120‑3 (MQ=255) aCTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCTCGCGGCaatc > 2:1405571/1‑118 (MQ=255) ccGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGATGTCGACAGTGGTATCCGCGACCACCAGCGTGAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGt < 1:387199/150‑1 (MQ=255) tGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACggg > 1:700699/1‑113 (MQ=255) tGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACggg < 2:700699/113‑1 (MQ=255) ggTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCAc > 1:517951/1‑109 (MQ=255) ggTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCAc < 2:517951/109‑1 (MQ=255) tCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCTCGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACg > 1:911817/1‑150 (MQ=255) ttGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGcccacc > 2:1004453/1‑122 (MQ=255) ttGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGcccacc < 1:1004453/122‑1 (MQ=255) gACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGa > 1:480127/1‑79 (MQ=255) gACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGa < 2:480127/79‑1 (MQ=255) tCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCaa < 1:1027292/83‑1 (MQ=255) tCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCaa > 2:1027292/1‑83 (MQ=255) tCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGAt < 1:1218512/150‑1 (MQ=255) aTGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGAttt > 1:490066/1‑150 (MQ=255) tctcCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGc > 1:402888/1‑150 (MQ=255) tGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTg > 2:742161/1‑150 (MQ=255) cAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTGGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCTCGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCAt < 2:911817/150‑1 (MQ=255) cAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCACCCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGa < 2:833520/150‑1 (MQ=255) tGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGAtttt > 2:1364264/1‑150 (MQ=255) tGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATAGCCACTAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGAtttt > 2:985199/1‑150 (MQ=255) gcgcTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTg < 1:507389/150‑1 (MQ=255) tCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGccca < 2:176827/80‑1 (MQ=255) tCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGccca > 1:176827/1‑80 (MQ=255) cGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTg < 1:742161/150‑1 (MQ=255) gATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTgg > 2:1083307/1‑150 (MQ=255) gggCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTGGTACCTGc > 2:917234/1‑150 (MQ=255) tGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGc > 1:876659/1‑89 (MQ=255) tGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGc < 2:876659/89‑1 (MQ=255) ccGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTGGTACCTGCCAACga < 1:1083307/150‑1 (MQ=255) ccGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTGGTACCTGCCAACga < 2:735161/150‑1 (MQ=255) ccGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTGGTACCTGCCAACga < 1:917234/150‑1 (MQ=255) gtgtTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGcccac > 1:959399/1‑56 (MQ=255) gtgtTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGcccac < 2:959399/56‑1 (MQ=255) gtgtTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTGGTACCTGCCAACGAGATTTCCaa < 2:402888/150‑1 (MQ=255) tgtTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCa < 2:1423890/46‑1 (MQ=255) gtTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTGGTACCTGCCAACGAGATTTCCAagg > 2:887573/1‑150 (MQ=255) gAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCGCACCCCCGTGCAACCGAAATAGCACCAACGCCCTGATTTCGACCGGGACACCGCTGGCCTAGAGTTTGCGCTTGTTACCTGCCAACGAAATTCTCAACGAGGaaaagtggt > 2:255659/1‑144 (MQ=255) | GCTGATCAAATCGAACAAGGTGTGCAATTGCTGTTCACTGAAGCCGGCAGGTACCGGCCTGGTGTCTTGACTCATGGACGCTCTCCCTGATGCCCAGCAACTGCGCTCCGATCAAGGGGCTGCCGACAGTGGTGTTGATTGCCGCGAGCGGCAAGATGATGCCTATCACGGGCAAGCATATGCCCACCCACGTGCAACCGAAATAGTGCCAACGCCCTGATTTCGACCGGCACAGCGCTGGCATGGATTTTGCGCTTGGTACCTGCCAACGAGATTTCCAAGGAGGAAACATGAT > NC_002947/4998074‑4998368 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |