| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,998,988 | G→A | 7.9% | intergenic (+97/‑208) | PP_4406 → / → PP_4407 | hypothetical protein/gamma‑aminobutyrate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,998,988 | 0 | G | A | 7.9% | 140.0 / 2.0 | 50 | intergenic (+97/‑208) | PP_4406/PP_4407 | hypothetical protein/gamma‑aminobutyrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/24); new base A (2/2); total (24/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
CCAAGGTGGACGGCGGCCTGGATGAAGAGCAACAAGCAGCACGCCCGGTATGAGGGTGTGGCAGCGGCCGGTAAGAATAGCGCCGCGGTTCGTCCAAGGCGCCCCAGCCTGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATGGCTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTATTGTCCAGGGTGGCAGGCTGGTAGCTATTTGCCACGCGTGGACGCAGGC > NC_002947/4998839‑4999131 | ccAAGGTGGACGGCGGCCTGGATGAAGAGCAACAAGCAGCACGCCCGGTATGAGGGTGTGGCAGCGGCCGGTAAGAATAGCGCCGCGGTTCGTCCAAGGCGCCCCAGCCTGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATgg < 1:301837/150‑1 (MQ=255) tGGACGGCGGCCTGGATGAAGAGCAACAAGCAGCACGCCCGGTATGAGGGTGTGGCAGCGGCCGGTAAGAATAGCGCCGCGGTTCGTCCAAGGCGCCCCAGCCTGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATGGCTTCGt < 1:137932/150‑1 (MQ=255) gACGGCGGCCTGGATGAAGAGCAACAAGCAGCACGCCCGGTATGAGGGTGTGGCAGCGGCCGGTAAGAATAGCGCCGCGGTTCGTCCAAGGCGCCCCAGCCTGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATGGCTTCGTCa < 2:116328/150‑1 (MQ=255) 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ccAGCCTGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATGGCTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTATTGTCCAgg > 1:464845/1‑150 (MQ=255) ccAGCCTGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATGGCTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTATTGTCCAgg > 1:210667/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATGGCTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTATTGTCCAggg > 1:236118/1‑150 (MQ=255) tGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATGACTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTATTGTCCAGGGTGGCa < 1:1277511/150‑1 (MQ=255) tGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATGACTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTATTGTCCAGGGTGGCa < 1:1277564/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgCATGGCTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTATTGTCCAGGGTGGCAGGCTGGTAGCTATTTGCCACGCGTGGACGCAGgc < 1:675609/150‑1 (MQ=255) tGGCTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTa < 2:632283/97‑1 (MQ=255) tGGCTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTa > 1:632283/1‑97 (MQ=255) | CCAAGGTGGACGGCGGCCTGGATGAAGAGCAACAAGCAGCACGCCCGGTATGAGGGTGTGGCAGCGGCCGGTAAGAATAGCGCCGCGGTTCGTCCAAGGCGCCCCAGCCTGATCGTCGTCCGGTGGCGTCGACGTTCAGGTGGTGCATGGCTTCGTCAACTGCAACGCTACCGGCGCCATCACCGGTCTCAGGAAAAATCGGCAGGATGTTGTGCAGAGAATTCGTTTGAGGTCCTTGGCCTTATTGTCCAGGGTGGCAGGCTGGTAGCTATTTGCCACGCGTGGACGCAGGC > NC_002947/4998839‑4999131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |