| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,172,360 | G→A | 9.2% | G216G (GGC→GGT) | fadD‑I ← | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,172,360 | 0 | G | A | 9.2% | 137.7 / 3.2 | 52 | G216G (GGC→GGT) | fadD‑I | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/28); new base A (3/2); total (22/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCACGCT > NC_002947/5172214‑5172509 | gCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTAccgccg > 1:1019225/1‑150 (MQ=255)gCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGCGGTAccaccg > 2:1017984/1‑150 (MQ=255) cATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCgg < 1:206864/150‑1 (MQ=255) 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1:1408164/1‑150 (MQ=255) gTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTg > 2:157260/1‑150 (MQ=255) aGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCt < 1:210569/150‑1 (MQ=255) gCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCa < 1:562927/137‑1 (MQ=255) gCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCa > 2:562927/1‑137 (MQ=255) cccATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTg < 1:46929/150‑1 (MQ=255) 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ccTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTa > 1:819291/1‑137 (MQ=255) ggCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATcttctt < 1:1374768/150‑1 (MQ=255) gCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCttcttc < 2:1320930/150‑1 (MQ=255) cGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCAGGTCGTTGTCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACt > 1:1101505/1‑150 (MQ=255) ggtACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGAt < 2:1019225/150‑1 (MQ=255) gccgGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCACGCt < 1:730826/150‑1 (MQ=255) | GCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCACGCT > NC_002947/5172214‑5172509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |