Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,176,885 | T→G | 7.0% | Q383P (CAG→CCG) | PP_4553 ← | ECF family RNA polymerase sigma‑70 factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,176,885 | 0 | T | G | 7.0% | 162.0 / 4.7 | 57 | Q383P (CAG→CCG) | PP_4553 | ECF family RNA polymerase sigma‑70 factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/24); new base G (2/2); total (31/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 |
AACCCGCTAACGCGTTGATTTAGCAGGCACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAAGCCAGCCTCCGGCCCATCCCGCTTC > NC_002947/5176740‑5177031 | aaCCCGCTAACGCGTTGATTTAGCAGGCACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCa < 2:650829/150‑1 (MQ=255) cGCTAACGCGTTGATTTAGCAGGCACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGcc > 1:586531/1‑150 (MQ=255) cgcgTTGATTTAGCAGGCACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCAcgc < 2:586531/150‑1 (MQ=255) gTTGATTTAGCAGGCACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGcc > 1:1262865/1‑150 (MQ=255) ggCACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAg > 2:1298084/1‑126 (MQ=255) ggCACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAg < 1:1298084/126‑1 (MQ=255) ggCACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGt > 1:1299442/1‑150 (MQ=255) cACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGAGCGTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTcc < 1:114670/150‑1 (MQ=255) cTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGc < 2:717485/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCCGCTGGCaa > 1:894982/1‑150 (MQ=255) gAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCaa < 2:78287/150‑1 (MQ=255) aGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAAt < 1:704198/150‑1 (MQ=255) gCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATg < 2:953185/150‑1 (MQ=255) gggCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGGAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGGCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGcc > 1:467366/1‑149 (MQ=255) tGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCg < 2:201068/150‑1 (MQ=255) cccATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGgc < 2:1262865/150‑1 (MQ=255) aGCGGCCGGCCCCCCCATCATACGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGACAGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGcc > 2:215215/1‑150 (MQ=255) ccccccATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCa > 1:1227841/1‑150 (MQ=255) ccccATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTATTGCACCTTGCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCCgg > 1:1386787/1‑150 (MQ=255) ccATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTg > 2:1071350/1‑150 (MQ=255) ttCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATCGTc > 2:266567/1‑150 (MQ=255) tAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTgg > 2:821578/1‑104 (MQ=255) tAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTgg < 1:821578/104‑1 (MQ=255) tGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTcc > 1:1189415/1‑150 (MQ=255) gCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGc < 2:1151992/118‑1 (MQ=255) gCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGc > 1:1151992/1‑118 (MQ=255) aaCGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATg < 2:1016334/100‑1 (MQ=255) aaCGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATg > 1:1016334/1‑100 (MQ=255) gccgcTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCcgcg > 1:571241/1‑150 (MQ=255) gcTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCa < 2:571241/150‑1 (MQ=255) gctatGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGGAACTCGCCGCCTGCCGCATGGGCCAGGTGATAGTCGAGAACCTCACGCCACGCCAGact > 1:428317/3‑148 (MQ=255) tatGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATcc > 2:5849/1‑150 (MQ=255) gccgccGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCCCACGCCGCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCtt > 2:1262203/1‑150 (MQ=255) gccgccGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCtt < 1:1071350/150‑1 (MQ=255) gccgccGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCtt < 2:1299442/150‑1 (MQ=255) cgccgTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCa > 1:1263091/1‑64 (MQ=255) cgccgTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCa < 2:1263091/64‑1 (MQ=255) gccgTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATa < 1:492626/115‑1 (MQ=255) gccgTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATa > 2:492626/1‑115 (MQ=255) ttCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTACCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGt > 1:257755/1‑91 (MQ=255) ttCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTACCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGt < 2:257755/91‑1 (MQ=255) cAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTccc < 2:1139179/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTcc < 1:669725/119‑1 (MQ=255) gcgcCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTcc < 1:669675/119‑1 (MQ=255) gcgcCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTcc > 2:669725/1‑119 (MQ=255) gcgcCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTcc > 2:669675/1‑119 (MQ=255) cgcCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCaa < 1:5849/150‑1 (MQ=255) aaGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAAGCCAGCCTCCGGc > 2:1126183/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAAGCCAGCCTCCGGCCCa > 1:499417/1‑150 (MQ=255) gaggcgcGTGCGGCCTGGCAGCAGGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGa > 1:134906/4‑123 (MQ=255) gaggcgcGTGCGGCCTGGCAGCAGGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGa < 2:134906/120‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAagccagc < 1:544812/138‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAagccagc > 2:544812/1‑138 (MQ=255) aGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAAGCCAGCCTCCGGCCCATcc > 1:1298687/1‑150 (MQ=255) gcgcGTGCGGCCTGGCAGCAGGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAAGCCAGCCTCCGGCCCa < 2:793971/146‑1 (MQ=255) gcgcGTGCGGCCTGGCAGCAGGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAAGCCAGCCTCCGGCCCa > 1:793971/1‑146 (MQ=255) gcCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAAGCCAGCCTCCGGCCCATCCCGc > 1:1158975/1‑150 (MQ=255) tgctgcCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAAGCCAGCCTCCGGCCCATCCCGCTTc < 1:215215/150‑1 (MQ=255) | AACCCGCTAACGCGTTGATTTAGCAGGCACCCTGAGGGAGCGGGCTTGCCCATGAAGCGGCCGGCCCCCCCATCATTCGATAGCCTGCAAACGCCGCTCGATATGCCGCCGTTCAGGCGCCTGCCGGGTCAAGGCCAGCGCCTGCTGCCAGGCCGCACGCGCCTCTTGCACCTGTCCCAGCTGGCAATGCAACTCGGCGCGTGCCGCATGTGCCAGGTGATAGTCCAGCAACTCCCCCCGCGCCAGAATCCCTTCGACTTCCCGCAAGCCAGCCTCCGGCCCATCCCGCTTC > NC_002947/5176740‑5177031 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |