Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,182,769 | A→C | 7.2% | K71Q (AAG→CAG) | PP_4562 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,182,769 | 0 | A | C | 7.2% | 153.7 / 4.5 | 56 | K71Q (AAG→CAG) | PP_4562 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/27); new base C (2/2); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.95e-01 |
CAGCAGCAACACCCTGTTCGCCATCCTGGACAACAAACGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGACACCCGTCCGGGTGGCGAGCAGCTGGAC > NC_002947/5182624‑5182915 | cagcagCAACACCCTGTTCGCCATCCTGGACAACAAACGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGt > 2:616007/1‑150 (MQ=255) gcagcaACACCCTGTTCGCCATCCTGGACAACAAACGCAACCTGTGGAGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGtcc > 2:325281/1‑148 (MQ=255) gcaACACCCTGTTCGCCATCCTGGACAACAAACGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCcca < 2:257771/150‑1 (MQ=255) caACACCCTGTTCGCCATCCTGGACAACAAACGCAACCTTTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAATGTGCtcac < 1:708004/150‑1 (MQ=255) ccTGTTCGCCATCCTGGACAACAAACGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAAttt > 1:806937/1‑150 (MQ=255) gTTCGCCATCCTGGACAACAAACGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCt > 1:390858/1‑150 (MQ=255) gTTCGCCATCCTGGACAACAAACGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCt > 1:465452/1‑150 (MQ=255) tGGACAACAAACGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCAcc < 1:281325/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCaa > 1:382597/1‑150 (MQ=255) aaaCGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCaa > 1:33478/1‑150 (MQ=255) aaCGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCaaa < 1:635966/150‑1 (MQ=255) aCGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAAt > 1:934505/1‑150 (MQ=255) aaCCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGaa < 2:147031/150‑1 (MQ=255) 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1:1221628/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGcc < 2:947299/150‑1 (MQ=255) cGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCGACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAgcgc < 2:1221628/150‑1 (MQ=255) cGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAgcgc < 2:894292/150‑1 (MQ=255) cGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAgcgc > 2:1161683/1‑150 (MQ=255) gACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTc > 2:1418709/1‑75 (MQ=255) gACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTc < 1:1418709/75‑1 (MQ=255) 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1:624530/1‑131 (MQ=255) tgcACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCtgctgc < 2:382597/150‑1 (MQ=255) gCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCGTCACAAGCCCCGATCGACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGacac > 1:526394/1‑150 (MQ=255) gCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGacac < 1:1400361/150‑1 (MQ=255) gCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGACACCCGTCCgg < 2:605492/150‑1 (MQ=255) gCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGACACCCGTCCgg < 1:1102772/150‑1 (MQ=255) tGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGACACCCGTCCGGGTgg < 1:1161683/150‑1 (MQ=255) gAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGCCACCCGGACGGGTgtc < 2:1364582/150‑3 (MQ=255) gggcaCCTTCAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGcc < 2:987637/94‑1 (MQ=255) gggcaCCTTCAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGcc > 1:987637/3‑96 (MQ=255) cagcaCCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGACACCCGTCCGGGTGGCGagcag < 1:907496/150‑1 (MQ=255) agcaCCTGAAGGTGCCCACGAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGACACCCGTCCGGGTGGCGagcagc < 2:934505/150‑1 (MQ=255) gcaCCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGACACCCGTCCGGGTGGCGAGCAGCt < 2:465452/150‑1 (MQ=255) cTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGACACCCGTCCGGGTGGCGAGCAGCTGGAc > 1:886256/1‑150 (MQ=255) | CAGCAGCAACACCCTGTTCGCCATCCTGGACAACAAACGCAACCTGTGGTGGTTCGAAGTGCCGGTGGCACTGCTGGGCAAGGGCCAGGCCGACTGGGTCAACCTGCTGCTGCACACGCCGGAAAGCGATGAGCTGCAGCACCTGAAGGTGCCCACCAATTTCCTCAAGGCTCACCTTGAGCAAATGGAAGTGCGCAAGCCTGGCAAGCGCCGCTCCACCATCAGCCTGGCCCTCAGCGCCGACCGGGACTCGCTGCTGCGCGACACCCGTCCGGGTGGCGAGCAGCTGGAC > NC_002947/5182624‑5182915 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |