| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 473,708 | T→A | 12.3% | Q427L (CAG→CTG) | dnaG ← | DNA primase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 473,708 | 0 | T | A | 12.3% | 152.0 / 12.1 | 57 | Q427L (CAG→CTG) | dnaG | DNA primase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/28); new base A (4/3); total (26/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
CTCCTGATGAACGGGGGCATAGTCGTGCTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCGGGTCGGCTTCTACGCCAAGTT > NC_002947/473563‑473855 | cTCCTGACGAACGGGGGCATAGTCGTGCTGCGGCATGTATCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCgg < 1:727563/150‑1 (MQ=255) tCCTGATGAACGGGGGCATAGTCGTGCTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCggg < 2:1417443/150‑1 (MQ=255) tCCTGACGAACGGGGGCATAGTCGTGCTGCGGCATGTCTCCGTAGTCGGGGGTCTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGGAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCggg < 1:492632/150‑1 (MQ=255) ccTGATGAACGGGGGCATAGTCGTGCTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGt < 1:990727/150‑1 (MQ=255) ccTGATGAACGGGGGCATAGTCGTGCTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCAAGGGTCGTAGTCCTGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGt < 1:391692/150‑1 (MQ=255) atgaACGGGGGCATAGTCGTGCTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAg < 2:258120/150‑1 (MQ=255) gggggCATAGTCGTGCTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGt < 2:23675/150‑1 (MQ=255) ggggCATAGTCGTGGTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTg > 2:1063496/1‑150 (MQ=255) gCATAGTCGTGCTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGAtt > 2:854286/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCa < 2:175359/150‑1 (MQ=255) gCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTgc < 1:383592/150‑1 (MQ=255) gCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTAGTAGGCGGTACTTGTTGGCCCTACCGTCTGACCCGTTAGGTGTTGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTgc < 1:739089/150‑1 (MQ=255) aTGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCg < 2:1276007/126‑1 (MQ=255) aTGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCg > 1:1276007/1‑126 (MQ=255) gTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCAt > 2:587248/1‑150 (MQ=255) cGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCa < 1:1297794/150‑1 (MQ=255) ccGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGc > 1:1346821/1‑150 (MQ=255) cGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCt > 2:386806/1‑150 (MQ=255) gtAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGgc < 1:598438/150‑1 (MQ=255) gtcgtAATCGTAGCCAGGGTCGTCGTCCGGTCTGTTGCTGGTGGTCTTCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTc < 2:866936/150‑1 (MQ=255) gtcgtAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTc < 1:854286/150‑1 (MQ=255) cgtAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGa < 1:587248/150‑1 (MQ=255) gtAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTTGCGCCGGGGATCTTTTCGAt > 2:497610/1‑150 (MQ=255) tAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCttt > 2:255596/1‑144 (MQ=255) tAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCttt < 1:255596/144‑1 (MQ=255) tAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATc > 2:288845/1‑150 (MQ=255) tAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATc > 1:206046/1‑150 (MQ=255) gTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAg > 1:954265/1‑96 (MQ=255) gTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAg < 2:954265/96‑1 (MQ=255) gTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACgg > 1:47606/1‑150 (MQ=255) aGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGc < 1:1063496/150‑1 (MQ=255) gTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCaa < 2:1346821/150‑1 (MQ=255) gTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCCGCAGCAGGTCGAg > 2:97747/1‑66 (MQ=38) gTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCCGCAGCAGGTCGAg < 1:97747/66‑1 (MQ=38) tCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGcc > 2:1043302/1‑150 (MQ=255) tggCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCaa > 2:1382585/2‑129 (MQ=255) tggCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCaa < 1:1382585/128‑1 (MQ=255) tgctgGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCgcct > 1:974100/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCCTCTCGATCAACGGTGCGGCCAAGCTCGGCATGTGCgccttgcctt < 2:703250/150‑1 (MQ=255) cGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTc < 2:974100/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTccc < 2:206046/150‑2 (MQ=255) cGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCag > 2:686548/1‑150 (MQ=255) gcgcTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCAt < 2:211542/70‑1 (MQ=255) gcgcTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCAt > 1:211542/1‑70 (MQ=255) gcTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCgcc > 1:56744/1‑135 (MQ=255) gcTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCgcc < 2:56744/135‑1 (MQ=255) gcTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGAAGGGCGTCTTTTAGGTAAAGAGTGTGGCCAAGGGCGTCATATGCGCCTTGCGTTCCagcgag > 2:310928/1‑150 (MQ=255) ttgCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTAGGCACCGGGGACCTGTTCGATCAACGGGGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCgg > 1:169033/1‑150 (MQ=255) ccAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCGGGTCgg > 1:988685/1‑150 (MQ=255) cAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCGGGTCggt < 1:497610/150‑2 (MQ=255) cggcctCGACCCGCAGCAGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATgc > 2:86557/5‑119 (MQ=255) cggcctCGACCCGCAGCAGGGCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATgc < 1:86557/115‑1 (MQ=255) cctCGACCCGCAGCAGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCGGGTCGGc > 2:625592/2‑145 (MQ=255) cctCGACCCGCAGCAGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCGGGTCGGc < 1:625592/144‑1 (MQ=255) ccccGACCCGCAGCAGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCGGGt > 1:1134080/4‑141 (MQ=255) ctCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGa < 1:163047/86‑1 (MQ=255) ctCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGa > 2:163047/1‑86 (MQ=255) gctgcGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCGGGTCGGCTTCTACGCCAAGtt < 1:393941/150‑1 (MQ=255) gctgcGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCGGGTCGGCTTCTACGCCAAGtt > 2:337902/1‑150 (MQ=255) | CTCCTGATGAACGGGGGCATAGTCGTGCTGCGGCATGTCGCCGTAGTCGGGGGTGTAGCTGGCCATGGCGTCGTAATCGTAGCCAGGGTCGTAGTCCGGCATGCTGCTGGTCGCCGGCGCTTGTTGCGCCAGCTGCTCGACCTGCTGCGGGTCGAGGCCGGTGATTTCCTTCAGGCGGTTGCGCATCAGCTGACGCAGGTTGGCGCCGGGGATCTTTTCGATCAACGGTGCGGCCAAGGTCGCCATATGCGCCTTGCCTTCCAGCGAGCGCGGGTCGGCTTCTACGCCAAGTT > NC_002947/473563‑473855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |