| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,350,540 | C→T | 7.4% | intergenic (+29/+53) | PP_4704 → / ← PP_4705 | hypothetical protein/glyoxalase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,350,540 | 0 | C | T | 7.4% | 157.1 / 2.8 | 54 | intergenic (+29/+53) | PP_4704/PP_4705 | hypothetical protein/glyoxalase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/19); new base T (2/2); total (33/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTGCGTGCGCCGTCACCA > NC_002947/5350394‑5350689 | cTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑Tg < 1:621545/150‑1 (MQ=255) gTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTa > 2:1323889/1‑150 (MQ=255) ggtgacggcgcacgcagcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTAc > 2:731697‑M1/124‑150 (MQ=255) gACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGc > 2:587981/1‑137 (MQ=255) gACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGc < 1:587981/137‑1 (MQ=255) aaGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCtgtg > 2:861421/1‑150 (MQ=255) aGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTgg < 1:125165/150‑1 (MQ=255) cgcacgcagcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGa > 2:1249711‑M1/116‑150 (MQ=255) cAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGc < 1:659021/150‑1 (MQ=255) aaGCTTGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCg < 1:340934/150‑1 (MQ=255) ggAAGTCGACTAGGTGTACTTCATTGATACTAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGAGATGACCGGGTAGTGTCACCGATGTGCCTGGATACAGAGTCATCCCCTCTGGCGGGACAGCCCCGCGAGGC‑C‑TGCGCGCTATCTGTGGGAGGGGGCGt > 2:681911/1‑150 (MQ=255) gcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGt > 2:782840‑M1/108‑150 (MQ=255) tgtACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGc < 1:1323889/150‑1 (MQ=255) tACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCa > 1:762406/1‑150 (MQ=255) ccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCtgtg > 1:363118‑M1/91‑122 (MQ=255) ccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCtgtg < 2:363118‑M1/32‑1 (MQ=255) gccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTgg < 1:451920‑M1/33‑1 (MQ=255) gccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTgg > 2:451920‑M1/88‑120 (MQ=255) aTCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACgg > 2:1396755/1‑150 (MQ=255) tCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGc > 1:180035/1‑100 (MQ=255) tCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGc < 2:180035/100‑1 (MQ=255) tCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACggg > 1:1344005/1‑150 (MQ=255) tCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACggg < 2:606593/150‑1 (MQ=255) gCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCCCTGcc > 1:141852/1‑150 (MQ=255) cTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGcccc > 2:1254468/1‑150 (MQ=255) tCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTTGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCg > 1:336708/1‑150 (MQ=255) cAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGa < 1:1254468/150‑1 (MQ=255) acccggcggtgtcggggcagcggttgttttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCa > 2:903558‑M1/60‑118 (MQ=255) aTGGCCGGGTTGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACAccgcc > 1:1265637/1‑150 (MQ=255) ccGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTCAGCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGt < 2:336708/150‑1 (MQ=255) cacCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCAAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGt < 2:346893/150‑1 (MQ=255) acCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGtt > 1:33114/1‑150 (MQ=255) aTGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAAc < 1:8298/150‑1 (MQ=255) aTGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAAc < 2:1344005/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGtt > 2:618929/1‑150 (MQ=255) cTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGtt > 1:992257/1‑150 (MQ=255) cTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGtt < 2:762406/150‑1 (MQ=255) cGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCccggccg > 2:124273/1‑150 (MQ=255) cGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCccggccg < 2:1210988/150‑1 (MQ=255) tggcctcttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGT‑AGTGCGCAGG‑CCTGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGt > 1:903558‑M1/19‑118 (MQ=255) tCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCt > 1:1149929/1‑95 (MQ=255) tCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCt < 2:1149929/95‑1 (MQ=255) cccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCcagca > 2:1215650/1‑150 (MQ=255) cccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCcagca > 1:217633/1‑150 (MQ=255) ccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCcagcag > 1:125291/1‑150 (MQ=255) ctctGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAgg > 1:58632/1‑150 (MQ=255) cgggcacGCCCGCTCCCACAGGTAG‑TGCGCAGG‑CCTGTGGGGGCGGGCCTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTg < 2:731720‑M1/143‑1 (MQ=255) gggcacGCCCGCTCCCACAGGT‑AGTGCGCAGG‑CCTGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGt < 1:705306‑M1/133‑1 (MQ=255) gggcacGCCCGCTCCCACAGGT‑AGTGCGCAGG‑CCTGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGt > 2:705306‑M1/7‑139 (MQ=255) cAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCg < 1:1031191/112‑1 (MQ=255) cAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCg > 2:1031191/1‑112 (MQ=255) aGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGc > 1:940848/1‑150 (MQ=255) aGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGc > 2:1211884/1‑150 (MQ=255) GCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCtg < 1:851214‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCtgcgtgc > 1:1396755‑M1/1‑150 (MQ=255) ccACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTGCGTGCGcc > 2:1081903/1‑150 (MQ=255) acaGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTGCGTGCGCCGt > 1:711041/1‑150 (MQ=255) aGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTGCGTGCGCCGTCa < 2:58632/150‑1 (MQ=255) c‑c‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTGCGTGCGCCGTCACCa < 1:1215650/150‑1 (MQ=255) | CTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTGCGTGCGCCGTCACCA > NC_002947/5350394‑5350689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |