| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 476,701 | G→T | 6.8% | Q330H (CAG→CAT) ‡ | tsaD → | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 476,701 | 0 | G | T | 6.8% | 183.2 / 2.5 | 59 | Q330H (CAG→CAT) ‡ | tsaD | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/24); new base T (2/2); total (33/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
TGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGAT > NC_002947/476559‑476838 | tGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAg < 1:463945/143‑1 (MQ=255)tGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAg > 2:463945/1‑143 (MQ=255) aggaCATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGc < 1:478417/150‑1 (MQ=255) aTGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATg > 2:98719/1‑150 (MQ=255) aTGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATg > 1:1157918/1‑150 (MQ=255) aTGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATg < 1:616798/150‑1 (MQ=255) aTGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATg > 2:535876/1‑150 (MQ=255) cTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGaa < 1:144221/150‑1 (MQ=255) tCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAAc > 1:354333/1‑150 (MQ=255) 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tCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGt < 1:273832/150‑1 (MQ=255) gTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATgg < 2:796642/102‑1 (MQ=255) gTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATgg > 1:796642/1‑102 (MQ=255) aaTGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCgcgc > 1:52105/1‑150 (MQ=255) gatgatCGCCTACGCCGGTTGGCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCaaa < 2:731317/150‑1 (MQ=255) gatgatCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCaaa < 1:1057087/150‑1 (MQ=255) 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2:855652/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGTTGCCAGCGCCTACTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGTCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCa < 2:939993/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGTCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGAAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAgg > 1:807546/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAgg < 2:293396/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAgg < 1:990979/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCAGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGgt < 1:293340/150‑1 (MQ=255) 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tGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGc > 1:961965/1‑150 (MQ=255) cGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCG‑AGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGAt < 2:1088778/150‑1 (MQ=255) gATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGCTGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGAt < 1:1161817/150‑1 (MQ=255) gccAGCGTGCCTGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGaa < 2:621991/60‑1 (MQ=38) gccAGCGTGCCTGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGaa > 1:621991/3‑62 (MQ=38) gccAGCGTGCCTGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGaa > 1:975664/3‑62 (MQ=38) gccAGCGTGCCTGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGaa < 2:975664/60‑1 (MQ=38) aGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCa < 1:1334288/129‑1 (MQ=255) aGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCa > 2:1334288/1‑129 (MQ=255) | TGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGT‑TCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGAT > NC_002947/476559‑476838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |