| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,418,374 | A→T | 11.2% | S249T (TCG→ACG) | PP_4758 ← | MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,418,374 | 0 | A | T | 11.2% | 150.7 / 6.2 | 53 | S249T (TCG→ACG) | PP_4758 | MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/21); new base T (4/2); total (29/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACCGACCTGCATGTCACTGAGGTCGCCCATACGCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAACACAAAGAAGCACAGCGCCAC > NC_002947/5418230‑5418518 | aaCCGACCTGCATGTCACTGAGGTCGCCCATACGCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTAAGCAGGTTCCAGGCCGACGGcc < 2:1216188/150‑1 (MQ=255) aCCGACCTGCATGTCACTGAGGTCGCCCATACGCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCt > 2:318958/1‑150 (MQ=255) tGAGGTCGCCCATACGCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCt > 2:1202094/1‑150 (MQ=255) gTCGCCCATACGCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGc < 2:899164/144‑1 (MQ=255) gTCGCCCATACGCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGc > 1:899164/1‑144 (MQ=255) gCCCATACGCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCAAGATCTGGCGCTTCGTCAGCATTTTTCAGGCCTACTGCCTTACCGCGCCGATGGCCTCACgcgc > 2:666799/1‑150 (MQ=255) cccATACGCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCt > 2:1419837/1‑150 (MQ=255) gCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTgctgct > 1:56392/1‑150 (MQ=255) gCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGAt > 2:578620/1‑150 (MQ=255) gCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGAt < 1:578620/150‑1 (MQ=255) tGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTCCCCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGAtgg > 1:944641/1‑150 (MQ=255) aGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCg > 2:1392575/1‑150 (MQ=255) gAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAg < 1:1419837/150‑1 (MQ=255) gcATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGc > 2:1030438/1‑150 (MQ=255) gATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGc > 2:656787/1‑150 (MQ=255) gATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCtt > 2:715253/1‑95 (MQ=255) gATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCtt < 1:715253/95‑1 (MQ=255) gATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTtg > 1:1401678/1‑96 (MQ=255) gATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTtg < 2:1401678/96‑1 (MQ=255) ccgAACTAGATCAGGCACAACAGCACTATCGGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTg < 2:793000/148‑1 (MQ=255) aGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTgg > 1:1268822/1‑150 (MQ=255) gAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGc < 1:551211/150‑1 (MQ=255) gAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGc < 2:1268822/150‑1 (MQ=255) aGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCt < 2:56392/150‑1 (MQ=255) cAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTAc > 2:990970/1‑128 (MQ=255) cAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTAc < 1:990970/128‑1 (MQ=255) ggCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGcc < 2:1328238/51‑1 (MQ=255) ggCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGcc > 1:1328238/1‑51 (MQ=255) ggCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGcc < 2:326043/51‑1 (MQ=255) ggCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGcc > 1:326043/1‑51 (MQ=255) cAGAACAGCACGATCTGGCGGTCATTGAGCAGGTTACAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTtc < 2:944641/150‑1 (MQ=255) aGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTtcgag > 2:70594/1‑147 (MQ=255) aGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTtcgag < 1:70594/147‑1 (MQ=255) aGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCAACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACgcgc > 1:964753/1‑68 (MQ=255) aGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCAACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACgcgc < 2:964753/68‑1 (MQ=255) gCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTtcgagtcga < 1:208262/150‑1 (MQ=255) gCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTtcgagtcga < 1:1202094/150‑1 (MQ=255) gCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTtcgagtcga > 2:386426/1‑150 (MQ=255) ggTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAaca > 1:409711/1‑150 (MQ=255) ttGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCagaa > 1:885812/1‑140 (MQ=255) ttGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCagaa < 2:885812/140‑1 (MQ=255) gAGCAGGTCCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTTGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCATGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAACACAaagaa < 2:704107/150‑1 (MQ=255) gTTCCAGGCTGTCGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTTGCGCTCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCAACTTGGCGTTCTGTGGGATCTCGGAGGTCCATAGTAACACAAAGAAGCACAg > 2:866195/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAACACAAAGAAGCACAgc < 1:1392575/150‑1 (MQ=255) ggtcAGGCCGTCGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGc > 1:928066/4‑104 (MQ=255) ggtcAGGCCGTCGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGc < 2:928066/101‑1 (MQ=255) ggtcAGGCCGTCGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAACACAaagaa < 2:1133921/140‑1 (MQ=255) ggtcAGGCCGTCGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAACACAaagaa > 1:1133921/4‑143 (MQ=255) tcAGGCCGTCGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAACACAAAGAAGCACAgcgc > 1:874908/2‑150 (MQ=255) ccAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTg < 1:131113/100‑1 (MQ=255) ccAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTg > 2:131113/1‑100 (MQ=255) aGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAACACAAAGAAGCACAGCGCCa > 2:800111/1‑150 (MQ=255) ggCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAACACAAAGAAGCACAGCGCCAc > 2:1333916/1‑150 (MQ=255) | AACCGACCTGCATGTCACTGAGGTCGCCCATACGCTTGATGATGCTGGGCAGCCAGAAGGTGGCGGCATAGATGGTCAGCTGGATGCAGAAGTAGATCAGGCAGAACAGCACGATCTGGCGGTCCTTGAGCAGGTTCCAGGCCGACGGCCTGACCGCGCCGATGGCCTCACGCGCTTGCTGCTCGCGGTCGATGGTGGCGACCAGCGCGTCCTGCTCGGCCTTACTCAGCCACTTGGCGTCCTGCGGCTTCGAGTCGAGCCAGAAGAACACAAAGAAGCACAGCGCCAC > NC_002947/5418230‑5418518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |