| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,477,164 | A→T | 13.5% | intergenic (+29/+83) | PP_4813 → / ← PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,477,164 | 0 | A | T | 13.5% | 98.5 / 6.9 | 37 | intergenic (+29/+83) | PP_4813/PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/19); new base T (2/3); total (15/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCC > NC_002947/5477015‑5477302 | gcagACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTa > 1:1148009/1‑150 (MQ=255) gACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAc < 1:203183/150‑1 (MQ=255) ccTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTTTACCCg > 1:54647/1‑150 (MQ=255) cTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGc > 1:1265849/1‑150 (MQ=255) ccAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATTTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGATAAACCCGCTcc < 2:428983/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTTTACCCGcgaatag < 2:54647/150‑7 (MQ=255) gCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTTTACCCGcgaatag < 1:511699/150‑7 (MQ=255) ccGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACgg < 2:1148009/150‑1 (MQ=255) tGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGGCGCAGGGGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGCACGGGATc < 1:192441/150‑1 (MQ=255) tGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATc < 1:108639/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCgcgc < 2:893724/150‑1 (MQ=255) tGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGa < 2:1265849/150‑1 (MQ=255) tGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGa > 1:670594/1‑150 (MQ=255) ggTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAg < 2:670594/150‑1 (MQ=255) gtTGCCGGAATGCGTGGCGCTGCGGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTTCCGCAGGCGTTGGTCAGTTATCAATAGTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGGGATCGCGCTTAGCGTAGGAGCgg < 1:216504/150‑1 (MQ=38) gCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 1:1173015/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATa > 2:1192506/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATa < 2:404625/150‑1 (MQ=255) tgctgGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCg > 1:562676/1‑150 (MQ=255) 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ttGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGc > 1:1000967/1‑122 (MQ=255) ttGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGc < 2:1000967/122‑1 (MQ=255) cGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGcc > 2:1399394/1‑150 (MQ=255) cGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGcc > 2:1255960/1‑150 (MQ=255) gCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 2:717974/57‑1 (MQ=255) gCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg > 1:717974/1‑57 (MQ=255) gCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATc < 2:1414019/122‑1 (MQ=255) gCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATc > 1:1414019/1‑122 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCAt > 2:605392/1‑95 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCAt < 1:605392/95‑1 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTccccc > 2:280976/1‑113 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTccccc < 1:280976/113‑1 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAAGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGcc > 1:1329049/1‑150 (MQ=255) | GCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAGCTTCTGGATCTCGCCCAGCC > NC_002947/5477015‑5477302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |