Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,609,045 | G→C | 8.7% | R202G (CGC→GGC) | waaA ← | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic acid transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,609,045 | 0 | G | C | 8.7% | 138.5 / 5.2 | 46 | R202G (CGC→GGC) | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic acid transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/18); new base C (2/2); total (26/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 |
GATCAAGGCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCA > NC_002947/5608896‑5609194 | gATCAAGGCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCAcgcg > 1:32011/1‑150 (MQ=255) tCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGt < 1:1272037/150‑1 (MQ=255) gggTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCAc < 2:892125/150‑1 (MQ=255) gggTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCAc > 1:1296011/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACg > 1:545738/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCCCTGAGCGCGTGCaa > 1:1232541/1‑134 (MQ=255) tGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCCCTGAGCGCGTGCaa < 2:1232541/135‑2 (MQ=255) ggcAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTg > 2:240455/1‑150 (MQ=255) gcAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTgg < 2:1102918/150‑1 (MQ=255) aGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTc > 1:62009/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTc < 2:785978/150‑1 (MQ=255) cgccCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACgg > 1:190064/1‑150 (MQ=255) cccAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGt > 1:1325661/1‑99 (MQ=255) cccAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGt < 2:1325661/99‑1 (MQ=255) ccAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACg > 2:1340429/1‑112 (MQ=255) ccAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACg < 1:1340429/112‑1 (MQ=255) cAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAg < 2:32011/150‑1 (MQ=255) aaCTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAgg > 2:84454/1‑150 (MQ=255) gTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTc > 1:152664/1‑131 (MQ=255) gTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTc < 2:152664/131‑1 (MQ=255) aCGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACgcgc < 1:656346/79‑1 (MQ=255) aCGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACgcgc > 2:656346/1‑79 (MQ=255) aTGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCa < 2:999231/150‑1 (MQ=255) ccTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCAt > 1:698884/1‑150 (MQ=255) cTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAgg > 2:1346745/1‑132 (MQ=255) cTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAgg < 1:1346745/132‑1 (MQ=255) cTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATc > 2:1424310/1‑150 (MQ=255) cTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCACTTCGAATTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGTCCTCGGTTTCGGTCTGCACTGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATc < 2:472861/150‑1 (MQ=255) gcgcgTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGc > 1:616918/1‑150 (MQ=255) gTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCggg > 1:1356385/1‑150 (MQ=255) cTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGc > 1:310950/1‑150 (MQ=255) ttCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGTACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCaaa > 2:1181545/1‑150 (MQ=255) ttCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCaaa > 1:777512/1‑150 (MQ=255) tcgATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAgcgc < 2:1356385/150‑1 (MQ=255) tcgATGGTCAGGTCGAACTTGATCAAGCCGGTGACTTGGACGCGCTCAGGGCGGGCAGCCAGGTCACAAAGGCACTGGGCCGCGGCATCCGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGCGTCAATGTGGCAAAgcgc > 1:1169815/1‑150 (MQ=255) aTGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCa > 2:1037396/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATa > 1:1295353/1‑150 (MQ=255) gTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAg < 2:1295353/150‑1 (MQ=255) gAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGc > 1:535417/1‑150 (MQ=255) cTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGa < 2:777512/150‑1 (MQ=255) cTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGa < 1:1181545/150‑1 (MQ=255) ttGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGGTCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCgcg > 2:160291/1‑148 (MQ=255) gATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAgcg > 2:1103587/1‑150 (MQ=255) tCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCCCCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCt < 2:310950/150‑1 (MQ=255) cGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACa > 1:1100552/1‑150 (MQ=255) ggTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACaa < 2:616918/150‑1 (MQ=255) gtGCACGCCCTGAGCGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCgg < 2:1063954/96‑1 (MQ=255) gtGCACGCCCTGAGCGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCgg > 1:1063954/2‑97 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTg < 1:1103587/150‑1 (MQ=255) gcTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATCAGGACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCa > 1:435985/1‑150 (MQ=255) gcTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGccc > 1:849199/1‑149 (MQ=255) | GATCAAGGCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCA > NC_002947/5608896‑5609194 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |