| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 503,596 | T→A | 11.3% | F208L (TTT→TTA) ‡ | PP_0414 → | polyamine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 503,596 | 0 | T | A | 11.3% | 176.3 / 12.9 | 62 | F208L (TTT→TTA) ‡ | PP_0414 | polyamine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/22); new base A (4/3); total (37/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
GCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTG > NC_002947/503450‑503740 | gCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGAc > 2:1183822/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtgg > 2:417785/1‑150 (MQ=255) cAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtg < 1:611497/150‑1 (MQ=255) ggggTTCAACTTCAATCTGGTGCGGGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTACCACCTCGTCAAACGAggtggcaaa < 2:368450/150‑5 (MQ=255) gggTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGgtggtggtg > 1:899173/1‑150 (MQ=255) ggTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGa < 1:573297/150‑1 (MQ=255) aaCTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCCCCTCTGCTGGCGTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTg < 1:1163764/150‑1 (MQ=255) aCTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGt > 1:1110374/1‑150 (MQ=255) aCTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTACCACCTCGTCAAACGAggtggc > 2:196443/1‑138 (MQ=255) aCTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTACCACCTCGTCAAACGAggtggc < 1:196443/139‑2 (MQ=255) tACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtaa > 2:1035094/1‑137 (MQ=255) tACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAggtggtaa < 1:1035094/139‑3 (MQ=255) tCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCgc > 2:192678/1‑150 (MQ=255) tgcgtgcgGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCgccgggc < 1:417785/150‑1 (MQ=255) gcCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCa > 2:327923/1‑150 (MQ=255) ccAGCGTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCaa < 1:638004/150‑1 (MQ=255) ccAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCaa < 2:1110374/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACt > 2:442855/1‑150 (MQ=255) tGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGc < 2:183631/150‑1 (MQ=255) 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2:1127020/150‑1 (MQ=255) ctgGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGc < 2:899173/150‑1 (MQ=255) tgGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCg > 2:1009014/1‑150 (MQ=255) tgGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCg > 1:1030018/1‑150 (MQ=255) gccgGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTcgcg > 1:1419538/1‑150 (MQ=255) ggTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑aa < 1:192678/150‑1 (MQ=255) cccTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCa < 1:419365/129‑1 (MQ=255) cccTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCa > 2:419365/1‑129 (MQ=255) ccTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAg > 1:561349/1‑67 (MQ=255) ccTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAg < 2:561349/67‑1 (MQ=255) cTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGc > 2:1295374/1‑150 (MQ=255) ccGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTc > 1:568140/1‑84 (MQ=255) ccGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTc < 2:568140/84‑1 (MQ=255) tGCGCCCGGTCTCATCTCGGGAGCTCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGc < 1:280038/150‑1 (MQ=255) gcCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCcgc > 2:418768/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCa > 2:1273971/1‑85 (MQ=255) ccGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCa < 1:1273971/85‑1 (MQ=255) tCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCga < 2:1191175/118‑1 (MQ=255) tCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCga > 1:1191175/1‑118 (MQ=255) aTCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGAcc > 2:694094/1‑150 (MQ=255) tcGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTg > 1:327771/1‑150 (MQ=255) tcGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACAAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTg > 1:762824/1‑150 (MQ=255) gggAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCt < 2:1382448/150‑1 (MQ=255) ggAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTg > 1:454716/1‑150 (MQ=255) gCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGAtt < 2:214787/150‑1 (MQ=255) tGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCTGACTATTGCTGCGGCGGGGACCTTGCTGATTGCGt > 2:74816/1‑150 (MQ=255) tGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGt < 2:1030018/150‑1 (MQ=255) tttgcctttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTtc > 2:1394303/1‑150 (MQ=255) tttgcctttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGAGGTA‑TCTGGA‑GTTTGCGCGGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTtc > 2:1106822/1‑150 (MQ=255) tcctttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCg < 1:1207699/149‑1 (MQ=255) ccaccACCTCGTCAAACGAGGTGGCGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGgt < 1:419415/145‑1 (MQ=255) ccaccACCTCGTCAAACGAGGTGGCGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGgt > 2:419415/4‑148 (MQ=255) gccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGGACTTCCTGATTGCCTTCTTTGtgttt > 2:227208/1‑149 (MQ=255) accACCTCGTCAAACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGtgttg > 1:353658/2‑150 (MQ=255) ccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGtgttgt > 1:1011138/1‑150 (MQ=255) ccACCTCGTCAAACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGG‑AAGCGCAG‑CCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGtgttgt > 2:37983/1‑150 (MQ=255) aCCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGttgttg > 2:458624/1‑150 (MQ=255) tCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTATTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgctg > 1:749556/1‑150 (MQ=255) | GCGACGCTGCAGGGGTTCAACTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGA‑G‑AACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTG > NC_002947/503450‑503740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |