| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,777,620 | T→G | 7.0% | K671Q (AAG→CAG) | PP_5065 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,777,620 | 0 | T | G | 7.0% | 210.6 / 5.3 | 71 | K671Q (AAG→CAG) | PP_5065 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/32); new base G (2/3); total (36/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GTTTGCTCAGGCGGGCAGCGCAAAAAATGTGCGCATCAACGAATCATCCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTTCATCAGGTCGCCTTGAAAAGGGCCCGATGGGCGTCGCCTGCATGTCTTCGCC > NC_002947/5777474‑5777767 | gTTTGCTCAGGCGGGCAGCGCAAAAAATGTGCGCATCAACGAATCATCCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAg < 2:755099/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGGGCAGCGCAAAAAATGTGCGCATCAACGAATCATCCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTGAAGGcactg < 1:579426/150‑3 (MQ=255) aGCGCAAAAAATGTGCGCATCAACGAATCATCCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACCCAGGGCCGTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAg < 1:1034335/150‑1 (MQ=255) aaaaaaTGTGCGCATCAACGAATCATCCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATa > 2:1133863/1‑150 (MQ=255) aTGTGCGCATCAACGAATCATCCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCACGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATtgt < 2:321327/150‑1 (MQ=255) aTCAACGAATCATCCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGa > 1:839538/1‑150 (MQ=255) gAATCATCCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGcc < 1:539539/150‑1 (MQ=255) tcatcCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTGAAGGcactg > 2:1414984/1‑111 (MQ=255) tcatcCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTGAAGGcactg < 1:1414984/113‑3 (MQ=255) tCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACAcc < 2:1319120/108‑1 (MQ=255) tCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACAcc > 1:1319120/1‑108 (MQ=255) tCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCttt < 1:1133863/150‑1 (MQ=255) acCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCtt > 1:831688/1‑128 (MQ=255) acCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCtt < 2:831688/128‑1 (MQ=255) ccAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACtt > 1:277228/1‑150 (MQ=255) cAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTg > 2:1077/1‑150 (MQ=255) gCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTGAAGGcactgg < 2:604894/95‑4 (MQ=255) gCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTGAAGGcactgg > 1:604894/1‑92 (MQ=255) ccccGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCg < 1:753712/97‑1 (MQ=255) ccccGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCg > 2:753712/1‑97 (MQ=255) ccccGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTa < 2:658078/150‑1 (MQ=255) ccccGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTa < 2:839538/150‑1 (MQ=255) ccGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCAACTTTTCCACTTGCAGGTAgc < 2:558106/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAgcgc > 1:688535/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCgg < 1:2103/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGcat > 2:983281/1‑150 (MQ=255) ggCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGcc > 1:115620/1‑102 (MQ=255) ggCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGcc < 2:115620/102‑1 (MQ=255) gATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCAtcatca > 2:584963/1‑150 (MQ=255) gATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCAtcatca < 2:688535/150‑1 (MQ=255) tCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCaaa > 2:795285/1‑150 (MQ=255) gAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAg > 1:609449/1‑149 (MQ=255) gAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAg < 2:609449/149‑1 (MQ=255) gAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGa > 2:479697/1‑150 (MQ=255) gAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGa < 1:1077/150‑1 (MQ=255) acaacTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACt > 2:1288299/1‑150 (MQ=255) aacTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCa < 2:1181061/115‑1 (MQ=255) aacTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCa > 1:1181061/1‑115 (MQ=255) cTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGc < 1:1324004/150‑1 (MQ=255) cTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGc > 2:1411530/1‑150 (MQ=255) tGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACGTGCCGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCt > 1:154414/1‑150 (MQ=255) gtgCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCCCGGTAAAGTGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTtcatca < 2:405099/150‑1 (MQ=255) tgCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTTCATCAg > 1:641075/1‑150 (MQ=255) tgCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTTCATCAg < 1:479697/150‑1 (MQ=255) gcgcATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGAGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCa > 2:588332/1‑110 (MQ=255) gcgcATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGAGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCa < 1:588332/110‑1 (MQ=255) cgcACTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTCGCGGCTGCGCCAGTGCCTTCAGGTACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCCCCTTTTCCCCTTTCCGGTAGCGCCCGGGCATCATCACAGACTCCGCTTCATCAGGt < 2:412843/150‑1 (MQ=255) gCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCa > 1:433152/1‑88 (MQ=255) gCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCa < 2:433152/88‑1 (MQ=255) ccTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTa > 2:649242/1‑97 (MQ=255) ccTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTa < 1:649242/97‑1 (MQ=255) cTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCaaa > 2:1371994/1‑115 (MQ=255) cTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCaaa < 1:1371994/115‑1 (MQ=255) ttCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGAGATAATTGTGCTCTTGAACGGCCGTCACATTTTCACCTTCAAGGTAGCGCCCGGGCATAATCAAAAACTCCGGTTAATCAGGTCGCGTTGAAAAGGGGCCg > 1:169680/1‑150 (MQ=255) ccGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTTCATCAGGTCGCCTTGAAAAGGGCCCGATg < 1:983281/150‑1 (MQ=255) cGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTTCATCAGGTCGCCTTGAAAAGGGCCCGATgg < 1:795285/150‑1 (MQ=255) acTGGCGCAGGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTTCATCAGGTCGCCTTGAAAAGGGCCCGATGGGc > 1:335168/2‑150 (MQ=255) 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cTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTTCATCAGGTCGCCTTGAAAAGGGCCCGATGGGCGTCGCCTGCATGTCTTCGcc > 2:232417/1‑150 (MQ=255) cTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTTCATCAGGTCGCCTTGAAAAGGGCCCGATGGGCGTCGCCTGCATGTCTTCGcc > 1:1009551/1‑150 (MQ=255) | GTTTGCTCAGGCGGGCAGCGCAAAAAATGTGCGCATCAACGAATCATCCTCGACACCCAGTCGCCCCGCCAGCGCCTGGCGATCGAACAACTGTCCTGTGCGCATTTCACGCACGGCCTTCCCGCCTGGCGCCTGCGCCAGTGCCTTCAGGCACACCTCGGTAAAGCGATAATTGTGCCCTTGAACGGCCGTCACCTTTTCCACTTGCAGGTAGCGCCCGGGCATCATCAAAGACTCCGCTTCATCAGGTCGCCTTGAAAAGGGCCCGATGGGCGTCGCCTGCATGTCTTCGCC > NC_002947/5777474‑5777767 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |