| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,873,945 | G→C | 5.5% | P198P (CCG→CCC) | PP_5147 → | haloacid dehalogenase‑like family hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,873,945 | 0 | G | C | 5.5% | 229.5 / 3.8 | 73 | P198P (CCG→CCC) | PP_5147 | haloacid dehalogenase‑like family hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/32); new base C (2/2); total (39/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
CCGTGTTTCCGTGAAGGCAAAGTGACGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGAATCACCACAGGCCTTGAGGGCTGCGCTGTACCTGTAG > NC_002947/5873799‑5874092 | ccGTGTTTCCGTGAAGGCAAAGTGACGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCC > 2:650996‑M1/1‑150 (MQ=255) cGTGTTTCCGTGAAGGCAAAGTGACGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCTGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGccc > 2:1028699/1‑150 (MQ=255) gTGAAGGCAAAGTGACGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGc < 1:1267764/150‑1 (MQ=255) gTGAAGGCAAAGTGACGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTATACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACTCGGCCCCGGACCTGc > 2:177202/1‑150 (MQ=255) aaGTGACGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAgg > 1:650996‑M2/1‑148 (MQ=255) aGTGACGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGAAAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCtcggcccgcaggtccggggc < 2:751848‑M1/150‑21 (MQ=255) tGACGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCgg < 1:436376/150‑1 (MQ=255) aCGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCtcggcccgcaggtccggggccggg < 1:1268501‑M1/150‑25 (MQ=255) aGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCgtgggt > 2:1070357/1‑150 (MQ=255) tGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGt > 1:521616/1‑148 (MQ=255) tGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGt < 2:521616/148‑1 (MQ=255) cTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGAtc < 1:1079468/150‑1 (MQ=255) cTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCg < 2:648202/133‑1 (MQ=255) cTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCg > 1:648202/1‑133 (MQ=255) tttGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGc < 2:787167/103‑1 (MQ=255) tttGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGc > 1:787167/1‑103 (MQ=255) tttGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGAt > 1:453894/1‑150 (MQ=255) ttGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGAtt < 1:510957/150‑1 (MQ=255) aTCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAg < 2:453894/150‑1 (MQ=255) 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tCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCGGGCa > 1:986330/1‑150 (MQ=255) gATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCTCGGCCCGCAGGT‑CCGGggccgggtccactgc > 2:1124228‑M2/1‑75 (MQ=255) gATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCTCGGCCC‑GCAGGTCCGGggccgggtccactgc < 1:1124228‑M2/90‑16 (MQ=255) gATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGCCTATTCGCgggtgag > 2:109987/1‑146 (MQ=255) atgaatgaCCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGa < 1:689694/74‑1 (MQ=255) atgaatgaCCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGa > 2:689694/1‑74 (MQ=255) atgaatgaCCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAggc > 1:283867‑M2/1‑74 (MQ=255) atgaatgaCCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAggc < 2:283867‑M2/77‑4 (MQ=255) atcttccGTTGTTGCACCGGGTGACGCATGCAGTGGAAGTGGAACCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCCGTCTTTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:168366/145‑1 (MQ=255) ccTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 2:1238809/1‑150 (MQ=255) cTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTGTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 1:1008988/1‑150 (MQ=255) cTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCCGCCtcggcccgcaggtccggggccgg < 2:31677‑M1/71‑24 (MQ=255) cTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCCGCCtcggcccgcaggtccggggccgg > 1:31677‑M1/1‑48 (MQ=255) tGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcac > 1:699169/1‑150 (MQ=255) 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tGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAg < 2:1199039/83‑1 (MQ=255) tGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAg > 1:1199039/1‑83 (MQ=255) gcagtggcagtgGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGAATCACCACAGGCCTTGAGGGCt > 1:1401084/1‑150 (MQ=255) agtggcaggggACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGAATCACCACAGGCCTTGAGGGCTgc < 1:177202/150‑1 (MQ=255) gcagtggACCCGGCCccggacctgcgggccgaggccgggtccactgccactgcatgcgtcacccgctgcaacaacggcaggtcattcatc < 1:1124228‑M1/90‑76 (MQ=255) gcagtggACCCGGCCccggacctgcgggccgaggccgggtccactgccactgcatgcgtcacccgctgcaacaacggcaggtcattcatc > 2:1124228‑M1/1‑15 (MQ=255) cagtggACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCgg < 1:585877/101‑1 (MQ=255) 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ccGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAggcggggtccactgccactgcatgcgtcacccgctgcaacaacggcag < 2:31677‑M2/71‑49 (MQ=255) ccGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAggcggggtccactgccactgcatgcgtcacccgctgcaacaacggcag > 1:31677‑M2/1‑23 (MQ=255) ccGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAggccgggtccactgccactgcatgcgtcacccgctgcaacaacggcaggtcattcattgagt < 1:1022962‑M2/85‑63 (MQ=255) ccGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAggccgggtccactgccactgcatgcgtcacccgctgcaacaacggcaggtcattcatcgagt > 2:1022962‑M2/1‑23 (MQ=255) ccGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCgtg > 1:824070/1‑37 (MQ=255) ccGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCgtg < 2:824070/37‑1 (MQ=255) ccGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGt < 1:88505/47‑1 (MQ=255) ccGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGt > 2:88505/1‑47 (MQ=255) ccGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCACTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGAATCACCACAGGCCTTGAGGGCTGCGCTGTACCTGTAg < 2:252400/150‑1 (MQ=255) | CCGTGTTTCCGTGAAGGCAAAGTGACGCGGCTGGAGCGCTGGATGCTGGAGAACGGCTTTGATCTTGAGGACAGCTACTTCTACAGCGACTCGATGAATGACCTGCCGTTGTTGCAGCGGGTGACGCATGCAGTGGCAGTGGACCCGGCCCCGGACCTGCGGG‑CCGAGGCGGATAAGCGTGGGTGGCCGGTGATCTCGCTGCGGGATTGAGGTTTTCCCGTGCCGGTCTTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGAATCACCACAGGCCTTGAGGGCTGCGCTGTACCTGTAG > NC_002947/5873799‑5874092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |