| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,906,205 | T→C | 6.4% | T218A (ACC→GCC) ‡ | spuF ← | spermidine/putrescine ABC transporter ATP binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,906,205 | 0 | T | C | 6.4% | 177.0 / 2.5 | 64 | T218A (ACC→GCC) ‡ | spuF | spermidine/putrescine ABC transporter ATP binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/28); new base C (2/2); total (33/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
GACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTG > NC_002947/5906065‑5906353 | gACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGACCATGGccca < 2:1274797/150‑3 (MQ=255) aCCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATACAGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTc > 1:727366/1‑150 (MQ=255) cTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGt > 2:826451/1‑150 (MQ=255) tCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTgg < 1:720120/150‑1 (MQ=255) tCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTgg < 2:271170/150‑1 (MQ=255) tCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTgg < 1:41126/150‑1 (MQ=255) aaCAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTc > 2:104925/1‑150 (MQ=255) aaCAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTc > 1:175793/1‑150 (MQ=255) gTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCAt > 2:218364/1‑150 (MQ=255) ttGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTgg < 2:161758/141‑1 (MQ=255) ttGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTgg > 1:161758/1‑141 (MQ=255) aCGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCGCCATCACg > 1:182778/1‑150 (MQ=255) ccGATGAACTGGCAGACCAGGCGGGTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGtt < 2:958392/150‑1 (MQ=255) aTGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTaca > 2:62892/1‑150 (MQ=255) cTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTgg < 2:1070050/124‑1 (MQ=255) cTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTgg > 1:1070050/1‑124 (MQ=255) tCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCAcg > 2:484779/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCGATGTTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCgat > 2:1230254/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCgat < 2:989331/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCgat < 1:402775/150‑1 (MQ=255) gcggcTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGc < 1:1401151/96‑1 (MQ=255) gcggcTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGc > 2:1401151/1‑96 (MQ=255) cggcTGGTAGGCTTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGAtc < 1:218364/150‑1 (MQ=255) cggcTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGAtc < 2:175793/150‑1 (MQ=255) gTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGAccagctcc > 1:1006928/1‑150 (MQ=255) tcGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGt > 1:583576/1‑94 (MQ=255) tcGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGt < 2:583576/94‑1 (MQ=255) gTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTTTTCTTGGTCGTGGGGCACCATCACGCAGGTTACACCAACGCGCTCGATGATCTAGAccagctccagctc > 2:1337425/1‑149 (MQ=255) tGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTGGATGAGCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCt > 1:360630/1‑150 (MQ=255) tGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCt < 1:62892/150‑1 (MQ=255) cACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCCGGTGCCTGGTGGAAATCAGCTGGAACATGGGCATGGCCTATGCCTGGCCGTGGGTCACAATCACGCAGGTTCCACCCACGCGCTCTATGATCTCGACCAGCTAAATCTGCATCTGCGa > 1:178897/1‑150 (MQ=255) cACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTaca > 1:451996/1‑106 (MQ=255) cACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTaca < 2:451996/106‑1 (MQ=255) cACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCgg > 2:471356/1‑149 (MQ=255) cACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGa > 1:661337/1‑150 (MQ=255) aCTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCCGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACTCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGaa > 1:94839/1‑150 (MQ=255) gCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCAGCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCa < 1:478605/150‑1 (MQ=255) cGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCt > 1:1031390/1‑150 (MQ=255) tcttgccGACCCAGCCCAGGTCCAACCTGGCCATGCACCTGGCCGTTTGCATGGCCTCTTCCTGTTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGt < 2:727366/144‑1 (MQ=255) tCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGt < 1:826451/150‑1 (MQ=255) cGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTg < 2:623652/58‑1 (MQ=255) cGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTg > 1:623652/1‑58 (MQ=255) aGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATc < 2:1273918/119‑1 (MQ=255) aGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATc > 1:1273918/1‑119 (MQ=255) gCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTc > 2:286069/1‑133 (MQ=255) gCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTc < 1:286069/133‑1 (MQ=255) gCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCAt > 1:619556/1‑150 (MQ=255) aGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGc > 2:231906/1‑150 (MQ=255) tgGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGagca > 1:1211591/1‑150 (MQ=255) ggCGATGCGCTCGGCCATGGTCATGGCCGCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGagcag < 2:178897/150‑1 (MQ=255) aggcggTGGGCCATGATCAAAGCCTTTTCCTTGTGGGTGCTGACCATGACGCAGGTGACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGACCTCAGTTTCGTGTCCAGTGCACCCACTGGCTCGTCCatcaccagc < 2:182778/148‑1 (MQ=255) aagaggCCATGACCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGagc > 1:1347971/5‑140 (MQ=255) aagaggCCATGACCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGagc < 2:1347971/136‑1 (MQ=255) tGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTa < 1:484779/150‑1 (MQ=255) gaggCCATGACCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTa > 2:456186/3‑150 (MQ=255) gCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAggg < 1:104925/150‑1 (MQ=255) cATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGgcg > 2:288417/1‑150 (MQ=255) tGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTc > 2:118019/1‑101 (MQ=255) tGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTc < 1:118019/101‑1 (MQ=255) tGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAgg > 1:484453/1‑145 (MQ=255) tGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAgg < 2:484453/145‑1 (MQ=255) ggTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCtt < 1:231906/150‑1 (MQ=255) gTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTg < 1:923183/150‑1 (MQ=255) gTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTg < 2:1031390/150‑1 (MQ=255) | GACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTG > NC_002947/5906065‑5906353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |