Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,967,946 | A→C | 10.5% | V63G (GTC→GGC) | glnK ← | NRII(GlnL/NtrB) phosphatase activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,967,946 | 0 | A | C | 10.5% | 153.4 / 10.1 | 57 | V63G (GTC→GGC) | glnK | NRII(GlnL/NtrB) phosphatase activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/24); new base C (3/3); total (30/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
GCGTCGGTATCGGTTTCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGCGACTCGCGCACGTCGTC > NC_002947/5967802‑5968094 | gcgTCGGTATCGGTTTCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCg > 1:1037056/1‑150 (MQ=255) gTCGGTATCGGTTTCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGTCGCCATCGAt < 2:1012536/150‑1 (MQ=255) gTCGGTATCGGTTTCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGAt < 2:1037056/150‑1 (MQ=255) aTCGGTTTCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCAc > 1:158053/1‑150 (MQ=255) aTCGGTTTCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCAc > 2:817643/1‑150 (MQ=255) gTTTCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGa < 2:1063552/133‑1 (MQ=255) gTTTCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGa > 1:1063552/1‑133 (MQ=255) tttCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTgg < 2:316217/150‑1 (MQ=255) cGCCGGTACGGATGTGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCa < 1:771085/150‑1 (MQ=255) ggATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGa < 2:583638/150‑1 (MQ=255) gATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACca < 1:445485/146‑1 (MQ=255) gATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACca > 2:445485/1‑146 (MQ=255) tCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATAtt < 2:1301458/150‑1 (MQ=255) cAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACcgcg > 2:377279/1‑150 (MQ=255) accacGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGc > 1:178406/1‑150 (MQ=255) ccacGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCt > 2:575857/1‑150 (MQ=255) cacGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTc > 2:1172474/1‑150 (MQ=255) aaTCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGtgtg < 1:377279/150‑1 (MQ=255) aTCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTgg < 1:575857/150‑1 (MQ=255) ccGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCCTCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTc > 1:408822/1‑150 (MQ=255) tCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGc > 2:772780/1‑150 (MQ=255) aCCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGccg > 2:590259/1‑150 (MQ=255) cGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGccgac > 1:785792/1‑150 (MQ=255) tCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGccgaccga > 1:508494/1‑150 (MQ=255) cGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGGGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCtt > 1:300815/1‑150 (MQ=255) ggTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCttt < 1:590259/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCttt < 1:817643/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCttt < 2:158053/150‑1 (MQ=255) gtgtTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTc > 1:865583/1‑72 (MQ=255) gtgtTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTc < 2:865583/72‑1 (MQ=255) gCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTg > 1:821480/1‑144 (MQ=255) gCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTg < 2:821480/144‑1 (MQ=255) tGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTcggtgacggtga > 2:1239823/1‑150 (MQ=255) tGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTcggtgacggtga < 2:178406/150‑1 (MQ=255) gATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGAt < 1:772780/150‑1 (MQ=255) cTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTgg < 1:733194/57‑1 (MQ=255) cTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTgg > 2:733194/1‑57 (MQ=255) cTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCt < 1:1239823/150‑1 (MQ=255) ttCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCttt < 1:994876/126‑1 (MQ=255) ttCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCttt > 2:994876/1‑126 (MQ=255) ttCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTg > 2:102734/1‑150 (MQ=255) ccGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCttt < 2:850931/117‑1 (MQ=255) ccGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCttt > 1:850931/1‑117 (MQ=255) gATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCa > 2:291238/1‑68 (MQ=255) gATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCa < 1:291238/68‑1 (MQ=255) aGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCTATTTCCGAc < 2:508494/150‑1 (MQ=255) gTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACCTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAg > 1:299040/1‑150 (MQ=255) tCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGc < 1:102734/150‑1 (MQ=255) tCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGCGAc < 2:1191256/147‑1 (MQ=255) tCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGCGAc > 1:1191256/1‑147 (MQ=255) tCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGCGACTcg > 2:344028/1‑150 (MQ=255) agaTCGATGTCGCCATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTcggtga < 2:1310840/110‑1 (MQ=255) agaTCGATGTCGCCATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTcggtga > 1:1310840/3‑112 (MQ=255) gaTCGATGTCGCCATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCttt > 1:251950/2‑100 (MQ=255) gaTCGATGTCGCCATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCttt < 2:251950/99‑1 (MQ=255) gaTCGATGTCGCCATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGCGACTcgc > 1:162716/2‑150 (MQ=255) gACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGCGACTCGCGCACgtcgtc > 2:189585/1‑150 (MQ=255) gACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGCGACTCGCGCACgtcgtc < 1:344028/150‑1 (MQ=255) gACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGCGACTCGCGCACgtcgtc > 2:292401/1‑150 (MQ=255) | GCGTCGGTATCGGTTTCGCCGGTACGGATGCGGATCGCCTGCTCCAGATTCACCACGAAAATCTTGCCGTCACCGATCTTGCCGGTGTTGGCTGCCTTGGTGATGGCTTCGATTACCCGATCAAGGTCTTTGTCATCGATGGCGACATCGATCTTCACCTTGGGCAGGAAATCGACCACATATTCAGCACCGCGATACAGCTCGGTGTGGCCCTTCTGCCGACCGAAACCTTTGACTTCGGTGACGGTGATGCCCTGCACGCCGATTTCCGACAGCGACTCGCGCACGTCGTC > NC_002947/5967802‑5968094 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |