Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,978,158 | T→A | 14.8% | D9V (GAC→GTC) | PP_5240 ← | two‑component system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,978,158 | 0 | T | A | 14.8% | 134.3 / 15.1 | 54 | D9V (GAC→GTC) | PP_5240 | two‑component system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/23); new base A (4/4); total (27/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.24e-01 |
CCCCGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCT > NC_002947/5978010‑5978301 | ccccGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTCGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCAtcgtcgtc < 1:1247507/150‑1 (MQ=255) ccGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTcga > 1:1154290/1‑150 (MQ=255) ccGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTcga > 1:1258378/1‑150 (MQ=255) ccGGCATTTTAAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTcga > 2:54442/1‑150 (MQ=255) cGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTcgac > 1:960788/1‑150 (MQ=255) ttCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGAATCGTCGTCGACGATGcct < 2:668336/150‑3 (MQ=255) ggTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGACGACGATGcctcggt < 1:818115/150‑7 (MQ=255) tCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGNCAGTGGCGNAGCCAGGAANGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCGGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACGCct > 1:472725/1‑150 (MQ=255) ccAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCctc > 2:1247333/1‑150 (MQ=255) ccAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCctc < 2:1154290/150‑1 (MQ=255) gCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGc < 2:387931/150‑1 (MQ=255) gCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGc < 2:210391/150‑1 (MQ=255) aaCACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTc > 1:1158435/1‑150 (MQ=255) acaGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCAt < 1:1255249/147‑1 (MQ=255) acaGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCAt > 2:1255249/1‑147 (MQ=255) aGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGACGACGATGcct > 1:610515/1‑129 (MQ=255) aGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGACGACGATGcct < 2:610515/131‑3 (MQ=255) gCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATg < 2:133569/127‑1 (MQ=255) gCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATg > 1:133569/1‑127 (MQ=255) ggAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCgaggag > 1:536984/1‑150 (MQ=255) gCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTtgt < 2:1158435/150‑1 (MQ=255) gTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGc < 1:1247333/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATgcg > 1:160094/1‑109 (MQ=255) gCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATgcg < 2:160094/109‑1 (MQ=255) cccGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATg < 2:1258378/150‑1 (MQ=255) aaaCGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGGTCCGAGGAGGGTGTGCATGGCCGCAAGc > 1:557322/1‑150 (MQ=255) tcGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCagcgagc < 2:1350527/150‑1 (MQ=255) tcGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCagcgagc > 1:1350527/1‑150 (MQ=255) aaaCCCGGCCGAGCGCCGCGGGTTGGCCAGGCTTGTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGCCGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCgg < 2:472725/149‑1 (MQ=255) ccgAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCAt < 2:960788/150‑1 (MQ=255) gcagcaGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGtt < 1:54442/150‑1 (MQ=255) agcagGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGAc > 2:1213076/1‑86 (MQ=255) agcagGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGAc < 1:1213076/86‑1 (MQ=255) agcagGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCgag < 2:1389101/97‑1 (MQ=255) agcagGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCgag > 1:1389101/1‑97 (MQ=255) agcagGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCa > 2:834574/1‑150 (MQ=255) gcagGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCat < 2:992953/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCga < 1:603799/87‑1 (MQ=255) gCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCga > 2:603799/1‑87 (MQ=255) ccAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGttctt > 1:931278/1‑150 (MQ=255) cAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGttcttc > 1:1009625/1‑150 (MQ=255) aGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCCGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTtcttct > 2:899209/1‑150 (MQ=255) aGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGGCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCATGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTtcttct > 2:1157297/1‑150 (MQ=255) ggCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTcttctt < 2:903581/150‑1 (MQ=255) gCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCagcagc > 1:925794/1‑114 (MQ=255) gCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCagcagc < 2:925794/114‑1 (MQ=255) gcACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCtt > 1:830791/1‑150 (MQ=255) gggtgtgCATCGTCGACGACGATGCCCACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGt > 1:1240023/7‑123 (MQ=255) gggtgtgCATCGTCGACGACGATGCCCACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGt < 2:1240023/117‑1 (MQ=255) cGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACTCCGCTGCTCGTGCGCCGCTCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGCGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGTGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGgtc < 1:1289725/150‑1 (MQ=255) cGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGgtc < 1:515849/150‑1 (MQ=255) aGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGgtcgt < 1:583978/150‑1 (MQ=255) cATCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATc < 2:70520/112‑1 (MQ=255) cATCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATc > 1:70520/1‑112 (MQ=255) aTCGTCGACGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCAcc > 1:335556/1‑150 (MQ=255) tcgtcgtcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCAt < 1:533727/109‑1 (MQ=255) tcgtcgtcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCAt > 2:533727/1‑109 (MQ=255) tcgtcgtcgACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCt > 1:1013493/1‑150 (MQ=255) | CCCCGGCATTTTCAGGTCCAGCAACACACAGCCCGCCTCGCCCGCCAGTGGCGAAGCCAGGAATGCGTGCCCGGCGGAAAACGACAAGGTCTCGAACCCCGCCGAGCGCAGCAGGTTGGCCAGGCTTTTGCGCACCGAGGCATCGTCGTCGACGATGCACACCCCTCTGCTCATGCGCCGCCCAGGCTCGCAGACCGCGCTCCGAGGAGGTTGTGCATGGCCGCAAGCTCCAGCAGCGAGCGGGACTGCATCTTGTTCATGATGTTCTTCTTGTGCACCTTGGTCGTCACCT > NC_002947/5978010‑5978301 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |