| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,008,239 | T→G | 8.2% | S157A (TCG→GCG) | norM → | multidrug resistance protein NorM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,008,239 | 0 | T | G | 8.2% | 164.4 / 6.2 | 61 | S157A (TCG→GCG) | norM | multidrug resistance protein NorM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/24); new base G (2/3); total (34/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
ATCTTGAACCTGTGCTGCTGCTTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATGGGTATCGGTCTGGTCACCGCAGTGGTGTCGAT > NC_002947/6008096‑6008375 | aTCTTGAACCTGTGCTGCTGCTTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTAGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGTCCTTCATGGCATTTCTTCGGTTCA‑CCAGCGCGCGGGGTCGAGCGAccc < 1:1046345/150‑1 (MQ=255) aaCCTGTGCTGCTGCTTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGa > 2:1030651/1‑150 (MQ=255) ccTGTGCTGCTGCTTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATg < 1:239576/150‑1 (MQ=255) cTGTGCTGCTGCTTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATgg < 2:480745/150‑1 (MQ=255) tgctgctgcTTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCAATCTGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGtca < 1:1314670/150‑1 (MQ=255) tgctgctgcTTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCCGACTCGAGCTTTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGtca < 1:1314664/150‑1 (MQ=255) tgctgctTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGtcgtca < 1:3062/150‑1 (MQ=255) tgctgctTTTCGGGCAGAAGCCCAAGAACGTGGCCGTGGCGGCCGACTTGCGCACCCTGGTGCCACTGTCCCTGCTCGGTTATCTTACCTTCCTGGCCGTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCTCTCGACCCCGGTGATGGtcatca < 2:666011/150‑1 (MQ=255) gctgctTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAg > 2:1413778/1‑150 (MQ=255) ctgctTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGt < 1:553252/150‑1 (MQ=255) ctgctTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGt < 2:1339268/150‑1 (MQ=255) ttttCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCGGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGt > 1:743365/1‑150 (MQ=255) tttCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGtt > 1:1211934/1‑150 (MQ=255) gCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCAc > 2:1163773/1‑150 (MQ=255) gCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCAc > 2:1038341/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTg > 2:645944/1‑150 (MQ=255) ccGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCg < 1:1020126/116‑1 (MQ=255) ccGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCg > 2:1020126/1‑116 (MQ=255) cGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCaa > 2:1290297/1‑150 (MQ=255) cGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGACCTGTGCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCaa > 1:36785/1‑150 (MQ=255) gTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTg < 2:801867/150‑1 (MQ=255) tCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGAGCGAcccagc < 2:1306957/103‑4 (MQ=255) tCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGAACTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGAGCGAcccagc > 1:1306957/1‑100 (MQ=255) cgccgAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGc > 2:1356250/1‑150 (MQ=255) cgAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGCGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACt > 2:229043/1‑150 (MQ=255) gAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTg > 1:584594/1‑150 (MQ=255) ctcACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGaa < 1:229043/150‑1 (MQ=255) ctcACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGCCCTTCCGTGGATTTAGCCGTCGC‑CTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGaa < 1:677972/150‑1 (MQ=255) ccccTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGc < 1:645944/149‑1 (MQ=255) aCCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGAACGCGCAGGTTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGc > 1:728028/1‑150 (MQ=255) aCCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGAGCGAcccagc < 1:51245/85‑4 (MQ=255) aCCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGAGCGAcccagc > 2:51245/1‑82 (MQ=255) ctgcCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTc > 1:707000/1‑150 (MQ=255) tgcCACTGGCCCTGCCCGGTGATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACTGGGCACTGATGGAAGGCATGTTCg > 2:434413/1‑150 (MQ=255) cACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGa < 2:571755/69‑1 (MQ=255) cACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGa > 1:571755/1‑69 (MQ=255) ccTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCaa > 2:931036/1‑150 (MQ=255) cGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGtt < 1:671/81‑1 (MQ=255) cGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGtt > 2:671/1‑81 (MQ=255) cGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGc < 1:747329/136‑1 (MQ=255) cGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGc > 2:747329/1‑136 (MQ=255) cGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTggg > 2:308831/1‑150 (MQ=255) tCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCCTCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGAt > 1:666908/1‑150 (MQ=255) cTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATg > 2:828354/1‑150 (MQ=255) cTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCCTGCCCAAGCTGGGCCTGATg < 1:1038341/150‑1 (MQ=255) tGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATgg < 1:1030651/150‑1 (MQ=255) gACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATggg > 2:322926/1‑150 (MQ=255) aCCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATGGGt < 1:1290297/150‑1 (MQ=255) cctCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAg < 2:552232/111‑1 (MQ=255) cTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAg > 1:552232/1‑113 (MQ=255) cTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATGGGTAt > 1:1029505/1‑150 (MQ=255) tGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATGGGTATCGGTc > 1:706023/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATGGGTATCGGTCTg > 2:826636/1‑150 (MQ=255) ccTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGGTGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATGGGTATCGGTCTgg > 2:277007/1‑150 (MQ=255) gTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGc > 2:120680/1‑125 (MQ=255) gTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGc < 1:120680/125‑1 (MQ=255) gCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATGGGTATCGGTCTGGTCACCGCAg < 2:992558/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTTGCACTGATCGAAGGCATGTTAGGCTTGCCCAATCTGGGCCTGATGGGTATCGGTCTGGTCACCGCAGTGGTGTc > 1:1387019/1‑150 (MQ=255) cgcgcTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATGGGTATCGGTCTGGTCACCGCAGTGGTGTCGAt < 1:1163773/150‑1 (MQ=255) tCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATgg < 1:709663/110‑1 (MQ=255) tCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATgg > 2:709663/1‑110 (MQ=255) | ATCTTGAACCTGTGCTGCTGCTTTTCGGGCAGAAGCCCGAGAACGTGGCCTCGGCCGCCGAATTTCTCACCCTGCTGCCACTGGCCCTGCCCGGTTATCTGACCTTCATGGCCTTGCGTGGCTTCA‑CCAGCGCGCTGGGTCGCTCGACCCCGGTGATGGTCATCAGTTTGTTCGGCACGGTGCTCAACTACCTGTTCAACGTGGCACTGATCGAAGGCATGTTCGGCTTGCCCAAGCTGGGCCTGATGGGTATCGGTCTGGTCACCGCAGTGGTGTCGAT > NC_002947/6008096‑6008375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |