Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,097,807 | T→C | 10.5% | L289L (TTG→CTG) | PP_5348 → | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,097,807 | 0 | T | C | 10.5% | 109.5 / 3.3 | 41 | L289L (TTG→CTG) | PP_5348 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/19); new base C (2/2); total (20/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 |
GGGATCGCCCTGTTGACCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGCCAGGTCGCGGAGCAATTGACGTTGGT > NC_002947/6097666‑6097956 | gggATCGCCCTGTTGACCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGttt < 1:487807/150‑1 (MQ=255) tCGCCCTGTTGACCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCGGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTg > 1:601110/1‑150 (MQ=255) tCGCCCTGTTGACCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTg < 2:357604/150‑1 (MQ=255) gTTGACCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCa > 2:192813/1‑149 (MQ=255) gTTGACCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCa < 1:192813/149‑1 (MQ=255) gTTGACCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCAt > 2:848886/1‑150 (MQ=255) gACCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTCAAGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTTCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATAcg > 2:873044/1‑150 (MQ=255) aCCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTg > 1:860125/1‑129 (MQ=255) aCCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTg < 2:860125/129‑1 (MQ=255) aCGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAAc < 1:848886/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGATACTGCTGTAGCGTAGCTGGTGCTGTTTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGctc > 1:885058/1‑150 (MQ=255) ccTGGACTTCGCTACCGGGATGCAGAATGAATGACCGGTCGAGGTGCTACCGCTGTACCGTAGCTCGTGCGTGGTGCCCGCCACGGCCAGATGGCAGTACCCGATCGGCAGAGCGTGGCGTGGGTTCAGACGCGGCGAACGTGCTCTTAt > 2:1021483/1‑150 (MQ=255) aaTTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAgcg < 1:139164/150‑1 (MQ=255) aCCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCttgtt < 1:879695/150‑1 (MQ=255) gggATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGaa < 1:873044/150‑1 (MQ=255) gggATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGATGCAACGTAGTTGGTGTGCGGTTCAGGGCTAGGCCAATCGGCAGTCACCGGTGGCGTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGaa > 1:387481/1‑150 (MQ=255) gCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCGGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGttt < 2:601110/150‑1 (MQ=255) tGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGATACTGCCCTTATCATCGCGCCTGTTGaagctcgga > 2:13546/1‑143 (MQ=255) tGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGttttt > 2:530881/1‑150 (MQ=255) aaGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAAc > 1:189698/1‑142 (MQ=255) aaGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAAc < 2:189698/142‑1 (MQ=255) aaGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCg > 1:900829/1‑150 (MQ=255) ggAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCggg < 2:900829/150‑1 (MQ=255) aaTTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCCTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGa > 2:214464/1‑150 (MQ=255) cGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTgc < 1:1021483/150‑1 (MQ=255) cTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGGTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACt > 1:75325/1‑150 (MQ=255) aCCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGc < 1:1264547/150‑1 (MQ=255) tACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCg > 1:92464/1‑150 (MQ=255) gCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCCTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAg < 1:214464/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCgggg < 2:92464/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTAATATAGGCGCGCTTGTTGAACTTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCgggg < 1:530881/150‑1 (MQ=255) aaggccaagCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCg > 2:686065/1‑150 (MQ=255) aggccaagCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGc < 2:885058/150‑1 (MQ=255) caagCGGCAGTCACCGGTGGCCCTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGCCa > 2:1282714/1‑148 (MQ=255) caagCGGCAGTCACCGGTGGCCCTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGCCa < 1:1282714/148‑1 (MQ=255) aagCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGCCAGGt > 1:911940/1‑150 (MQ=255) cAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGCCAGGTCGCGGa < 1:686065/150‑1 (MQ=255) gTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGCCAGGTCGCGGAGc > 1:1190554/1‑150 (MQ=255) tCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATa < 2:1158351/105‑1 (MQ=255) tCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATa > 1:1158351/1‑105 (MQ=255) ggTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGCCAGGTCGCGGAGCAATTGa < 2:1190554/150‑1 (MQ=255) ttGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGCCAGGTCGCGGAGCAATTGACGTTGGt > 1:925551/1‑150 (MQ=255) | GGGATCGCCCTGTTGACCCGTCACGCCGTCAACCTGGAATTGGCTACCGGGATGCTGAAGGAATTACCGGTCGAGGAGCTACCGCTGTACCGTAGCTGGTGCGTGGTGCAGGCCAAGGCCAAGCGGCAGTCACCGGTGGCCTTGGCGTTTCTTGCATTCATACGCGGCGAACGTGCTCTTATCAGCGCGCTTGTTGAACGTTTTTCGGGGAAGTTGCCGCCGACGACTGCCATACCGTGAGTGCTTGCAGCTCGGGGTAGTCCGCCAGGTCGCGGAGCAATTGACGTTGGT > NC_002947/6097666‑6097956 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |