| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,171,910 | C→A | 6.1% | A150S (GCG→TCG) | glmS ← | L‑glutamine/D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,171,910 | 0 | C | A | 6.1% | 253.4 / 3.4 | 80 | A150S (GCG→TCG) | glmS | L‑glutamine/D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/45); new base A (2/3); total (32/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
AGCGCCAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGC > NC_002947/6171765‑6172056 | aGCGCCAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCgccg‑cc < 2:286833/150‑1 (MQ=255) gcCAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCACAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTa > 1:388198/1‑150 (MQ=255) ccAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTaa < 1:1247857/150‑1 (MQ=255) cAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATCTGGGGTTCGGTACTACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAg < 2:37456/150‑1 (MQ=255) cAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAg < 2:1204723/150‑1 (MQ=255) cAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAg < 2:848720/150‑1 (MQ=255) cAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAg > 1:187578/1‑150 (MQ=255) aGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAgg < 2:12149/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAgg < 1:1273452/150‑1 (MQ=255) tacgcgcGCCAAGAATTTCTCTCCAAGGCCCAGGCCGATACCCAGCGGGCTCCCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTc < 2:945009/144‑1 (MQ=255) gCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAgg > 2:1250486/1‑150 (MQ=255) cAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTc > 2:516891/1‑150 (MQ=255) cAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTc > 1:881921/1‑150 (MQ=255) ggAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTg < 1:510776/150‑1 (MQ=255) aGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGaa < 1:612661/150‑1 (MQ=255) gTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAAt < 2:467701/150‑1 (MQ=255) tcGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCTGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGctc > 2:1196912/1‑150 (MQ=255) tcGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGctc < 2:197339/150‑1 (MQ=255) tcGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGctc < 2:197351/150‑1 (MQ=255) cAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCa > 2:1068789/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCa > 2:1068676/1‑150 (MQ=255) aaGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAg < 1:1068676/150‑1 (MQ=255) aaGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAg < 1:1068789/150‑1 (MQ=255) aGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGGTCCCTCGGCGTGCTGCCACCAGGTGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGACAGGCCGTAAGCGACGTGCTCGGCCATCAGTTCCT‑GTTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAgg < 1:247900/150‑1 (MQ=255) ggCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAggg < 2:627014/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCATCAgtgagt > 1:212733/1‑145 (MQ=255) ggCCGATAACCAGCGGGCTACCGCTGCGTGCTTCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTgtggt < 2:225501/150‑1 (MQ=255) ggCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTACGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTgtggt < 1:99747/150‑1 (MQ=255) cGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGACGCCCTTAAg > 2:694334/1‑110 (MQ=255) cGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGACGCCCTTAAg < 1:694334/110‑1 (MQ=255) gATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGAt > 1:1290985/1‑150 (MQ=255) aTAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATc < 2:1290985/150‑1 (MQ=255) ccAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCAAGGCCGTAAGCGCCGGGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGt < 1:50792/150‑1 (MQ=255) cAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTg > 2:767879/1‑150 (MQ=255) cAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGACGCCCTTAAg > 1:244016/1‑103 (MQ=255) cAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGACGCCCTTAAg < 2:244016/103‑1 (MQ=255) gCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGa < 2:388198/150‑1 (MQ=255) ggCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGa < 1:1227587/150‑1 (MQ=255) ggCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGa < 1:1250486/150‑1 (MQ=255) tACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAg > 2:1025635/1‑139 (MQ=255) tACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAg < 1:1025635/139‑1 (MQ=255) cACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACtt > 2:29343/1‑150 (MQ=255) cTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAgg < 1:630868/135‑1 (MQ=255) cTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAgg > 2:630868/1‑135 (MQ=255) gctgcCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCg < 1:301163/150‑1 (MQ=255) cGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGa > 2:1025802/1‑141 (MQ=255) cGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGa < 1:1025802/141‑1 (MQ=255) tgctTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAg < 1:516891/150‑1 (MQ=255) ggcctGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAg > 2:756044/5‑150 (MQ=255) ctTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGcc > 1:1364528/1‑150 (MQ=255) ttGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGAc > 2:422425/1‑110 (MQ=255) ttGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGAc < 1:422425/110‑1 (MQ=255) ttGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGAGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCg < 2:710412/120‑1 (MQ=255) ttGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGAGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCg > 1:710412/1‑120 (MQ=255) gCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAgg < 2:187578/150‑1 (MQ=255) cACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGc > 2:84455/1‑150 (MQ=255) cACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGc > 2:33223/1‑150 (MQ=255) aCTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGcc > 2:285606/1‑150 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AGCGCCAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCAGGCGCTTCACCGCCG‑CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGC > NC_002947/6171765‑6172056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |