Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 806,330 | T→C | 9.1% | K335E (AAG→GAG) | PP_0693 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 806,330 | 0 | T | C | 9.1% | 123.7 / 3.0 | 44 | K335E (AAG→GAG) | PP_0693 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/19); new base C (2/2); total (23/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 |
TTCCAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGACT > NC_002947/806181‑806458 | ttCCAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCtt < 2:838279/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCtt < 2:317410/150‑1 (MQ=255) ttCAAGGTCGCGTACCCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCAAGCTCGTTGTGGGCGTCTATGCCTGCAACACGTTGGTCCTCTGGTACCTGATCCTCTTCGGCCAGCTCAAAGCGTTGCtt < 2:14925/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAg > 2:258082/1‑150 (MQ=255) aGGTCGCGTACGAGCACCGCGAGGTCTGCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGc > 2:350036/1‑150 (MQ=255) gTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGTCACTGAACTGCCGTGACTGGTCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTGGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCAc < 2:1002235/150‑1 (MQ=255) cgtcgAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTa < 1:165914/150‑1 (MQ=255) gtcgAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCTAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGc < 1:971519/146‑1 (MQ=255) gtcgAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGc > 2:971519/1‑146 (MQ=255) cACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATAc < 1:1063813/150‑1 (MQ=255) gAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGt > 2:803928/1‑150 (MQ=255) aagACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCAc < 2:892056/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGgc < 1:1179452/150‑1 (MQ=255) aGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGgcgc > 2:730687/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAg > 2:645940/1‑139 (MQ=255) cGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAg < 1:645940/139‑1 (MQ=255) tcgtcgTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGgc < 1:1420910/133‑1 (MQ=255) tcgtcgTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGgc > 2:1420910/1‑133 (MQ=255) ggCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGTAGCAGCTCCTGGGTGCCGCCACg < 2:163420/150‑1 (MQ=255) tCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTgg > 2:1175693/1‑150 (MQ=255) agcagTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCg < 2:862715/90‑1 (MQ=255) agcagTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCg > 1:862715/1‑90 (MQ=255) gcagTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGGGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGc > 1:114720/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCCCCGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTc < 2:114720/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTc > 2:641250/1‑150 (MQ=255) gctgctCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCg < 1:1015079/83‑1 (MQ=255) gctgctCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCg > 2:1015079/1‑83 (MQ=255) gctgctCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGATCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCt > 2:545134/1‑150 (MQ=255) tgctCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTACTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGc > 1:1361337/1‑150 (MQ=255) tCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAgg > 2:166351/1‑138 (MQ=255) tCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAgg < 1:166351/138‑1 (MQ=255) cAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATc < 2:653550/100‑1 (MQ=255) cAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATc > 1:653550/1‑100 (MQ=255) gTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCAc > 1:624202/1‑150 (MQ=255) cTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTc < 1:425133/124‑1 (MQ=255) cTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTc > 2:425133/1‑124 (MQ=255) cTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTa > 1:1193020/1‑150 (MQ=255) tCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCg < 1:258082/150‑1 (MQ=255) tcgcaaaGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGAc < 1:350036/144‑1 (MQ=255) tCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGAc < 2:624202/150‑1 (MQ=255) cGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGACt > 1:314745/1‑150 (MQ=255) tgtcGGTGCTCAAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGc > 2:346671/4‑117 (MQ=255) tgtcGGTGCTCAAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGc < 1:346671/114‑1 (MQ=255) gtcGGTGCTCAAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCa > 2:294101/3‑72 (MQ=255) gtcGGTGCTCAAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCa < 1:294101/70‑1 (MQ=255) cTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTggg < 1:1392895/74‑1 (MQ=255) cTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTggg > 2:1392895/1‑74 (MQ=255) | TTCCAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGACT > NC_002947/806181‑806458 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |