| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 951,487 | T→C | 6.5% | A105A (GCT→GCC) | cyoB → | cytochrome bo terminal oxidase subunit I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 951,487 | 0 | T | C | 6.5% | 179.5 / 2.5 | 61 | A105A (GCT→GCC) | cyoB | cytochrome bo terminal oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/32); new base C (2/2); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
CGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCTTCTACCTGCTGCTGGCAGGCGTGCT > NC_002947/951346‑951633 | cGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGgtgt < 2:860481/150‑1 (MQ=255) aTGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGTAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGtgatc < 2:836573/150‑1 (MQ=255) aTGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGtgatc > 2:1291328/1‑150 (MQ=255) gTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGTCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGtgatcat < 2:451073/150‑1 (MQ=255) tCATGCTGCTGCGCGGCTCTGCCGCCGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGAGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGc < 1:642799/150‑1 (MQ=255) tgctgctgcGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGt < 1:774762/150‑1 (MQ=255) ctgctgcGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTCCTACGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGttc < 1:14109/150‑1 (MQ=255) tgcGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCa < 1:1291328/150‑1 (MQ=255) tgcGCGGCTGTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCa < 1:568992/150‑1 (MQ=255) cTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCt > 1:1073779/1‑150 (MQ=255) ttGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCtga < 2:715308/150‑1 (MQ=255) cGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACAGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGaa > 1:933924/1‑150 (MQ=255) gACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGCCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATTATCTTCATTGCGATGCCGTTCTTGAGGGGACTAATGAAc > 1:1360433/1‑150 (MQ=255) ccATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTgg < 2:1356911/150‑1 (MQ=255) catcatGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGc < 2:1073779/150‑1 (MQ=255) tcatGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCgg < 1:1351397/133‑1 (MQ=255) tcatGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCgg > 2:1351397/1‑133 (MQ=255) tcatGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCgg > 1:1160646/1‑150 (MQ=255) catGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGt > 1:45993/1‑150 (MQ=255) atgatgCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGtt > 1:836384/1‑150 (MQ=255) ccAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCAc < 2:1210765/117‑1 (MQ=255) ccAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCAc > 1:1210765/1‑117 (MQ=255) ccAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGAt > 1:931875/1‑150 (MQ=255) ccAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGAt < 2:774266/150‑1 (MQ=255) agctagctGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATCATCATCTTCATGGCGATGCCGTTTTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCCGTTCGTCTCCAGagcc > 2:1102457/1‑147 (MQ=255) ctggctgCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGt < 1:976394/150‑1 (MQ=255) gCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGt > 2:272796/1‑150 (MQ=255) cGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGa > 2:885801/1‑150 (MQ=255) ggcTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCATGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTc < 1:368726/150‑1 (MQ=255) cTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTccc < 1:125475/150‑1 (MQ=255) cTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTccc < 2:1034608/150‑1 (MQ=255) tCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCg > 1:573347/1‑150 (MQ=255) cGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGtt > 2:491815/1‑150 (MQ=255) gAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTc > 2:1407668/1‑150 (MQ=255) gAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTc < 1:272796/150‑1 (MQ=255) atggCTACCTGCCGCCTGAACACTATTACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCCTCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTcc < 1:21937/148‑1 (MQ=255) aGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCt < 1:334170/150‑1 (MQ=255) tACCTGCCACCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCCCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCAttctt > 2:1274602/1‑80 (MQ=255) tACCTGCCACCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCCCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCAttctt < 1:1274602/80‑1 (MQ=255) ccgccTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCg < 1:542097/69‑1 (MQ=255) ccgccTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCg > 2:542097/1‑69 (MQ=255) ccgccTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTg < 2:1160646/150‑1 (MQ=255) gAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCTTc < 1:1221607/150‑1 (MQ=255) acacTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCg < 1:788368/104‑1 (MQ=255) acacTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCg > 2:788368/1‑104 (MQ=255) acacTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTACCTGAGCTTCTa > 1:579705/1‑150 (MQ=255) tATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCtga > 2:1100040/1‑73 (MQ=255) tATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCtga < 1:1100040/73‑1 (MQ=255) ccAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCTTCTACctgctgct < 1:885801/150‑1 (MQ=255) ccAGATCTTCACCGCCCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCa > 1:735776/1‑90 (MQ=255) ccAGATCTTCACCGCCCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCa < 2:735776/90‑1 (MQ=255) cAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGc < 2:973211/98‑1 (MQ=255) cAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGc > 1:973211/1‑98 (MQ=255) tCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCTTCTACCTGCTGCTGGCAg < 2:573347/150‑1 (MQ=255) ttCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTc < 2:551162/108‑1 (MQ=255) ttCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTc > 1:551162/1‑108 (MQ=255) ttCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCTTCTACCTGCTGCTGGCAGGc > 2:1204573/1‑150 (MQ=255) ttCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGACCGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCTTCTACCTGCTGCTGGCAGGc < 2:836384/150‑1 (MQ=255) aCCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCtt > 1:129917/1‑128 (MQ=255) aCCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCtt < 2:129917/128‑1 (MQ=255) cGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCTTCTACCTGCTGCTGGCAGGCGTGCt > 1:1012420/1‑150 (MQ=255) | CGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCTTCACCGGCCTGATGAACCTGGCGGTTCCTCTGCAGATCGGTGCACGTGACGTTGCCTTCCCGTTCCTGAACTCCCTGAGCTTCTACCTGCTGCTGGCAGGCGTGCT > NC_002947/951346‑951633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |