| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 977,876 | T→A | 5.6% | intergenic (+39/‑141) | cysE → / → iscR | serine acetyltransferase/DNA‑binding transcriptional regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 977,876 | 0 | T | A | 5.6% | 221.7 / 2.2 | 71 | intergenic (+39/‑141) | cysE/iscR | serine acetyltransferase/DNA‑binding transcriptional regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/37); new base A (2/2); total (32/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
ACCAAGATGGGCAGTGACTATTGTGCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTCGGGAATCGCATACTCGCACACATCCTGAAACTCCCGTGGTACCCAATAGCCATGCGACTG > NC_002947/977733‑978025 | aCCAAGATGGGCAGTGACTATTGTGCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCAc > 2:461469/1‑150 (MQ=255) cAAGATGGGCAGTGACTATTGTGCCAAGGAACTGTCAAGC‑AGAAGACGGCATGAGTTCAGCTATGCTGCCCAGGTTGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGc < 1:1385393/150‑1 (MQ=255) cAAGATGGGCAGTGACTATTGTGCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCTCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGc > 1:307705/1‑150 (MQ=255) tGACTATTGTGCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCACACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCt < 2:367018/150‑1 (MQ=255) aCTATTGTGCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTAc > 2:867512/1‑150 (MQ=255) tATTGTGCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTa > 2:469451/1‑147 (MQ=255) tATTGTGCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTa < 1:469451/147‑1 (MQ=255) aTTGTGCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAAt < 2:917323/150‑1 (MQ=255) gtgCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATcgc > 1:1103403/1‑150 (MQ=255) cAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACNNCTTCAGCGAGGCTGNCNANGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGc‑‑gccc > 1:826438/1‑150 (MQ=255) cAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTc > 1:433204/1‑131 (MQ=255) cAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTc < 2:433204/131‑1 (MQ=255) cAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGc‑‑gccc > 2:366624/1‑150 (MQ=255) aaGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGc‑‑gcccg < 2:770835/150‑1 (MQ=255) gAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCt > 1:1039666/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACCCTCAGCCGCAGCGTGTGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTccc < 1:1314866/150‑1 (MQ=255) cTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTccc < 1:936162/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCCACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCt > 2:1194109/1‑150 (MQ=255) gCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGACGTCATGGTGGAATGCGAGGCGTGTCCTCAGGTCCTCCTGCTTCTACAAGCGC‑‑GCCCTCCTCCCTg > 2:514451/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGAt < 1:143135/150‑1 (MQ=255) cGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGAt < 2:642102/150‑1 (MQ=255) cTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGAGc > 1:594732/1‑105 (MQ=255) cTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGAGc < 2:594732/105‑1 (MQ=255) ttGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAAt > 1:424270/1‑150 (MQ=255) ccGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGAGCACACGcccc < 2:129099/110‑1 (MQ=255) ccGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGAGCACACGcccc > 1:129099/1‑110 (MQ=255) ggagg‑aCGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGa < 1:366624/150‑1 (MQ=255) ggagg‑aCGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAATGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGa < 1:453790/150‑1 (MQ=255) gg‑aCGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTa > 1:1307958/1‑150 (MQ=255) acTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCa < 2:1039666/150‑1 (MQ=255) cTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATg < 2:536438/132‑1 (MQ=255) cTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATg > 1:536438/1‑132 (MQ=255) cTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAg > 1:1405351/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGc < 2:60064/106‑1 (MQ=255) ttCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGc > 1:60064/1‑106 (MQ=255) tCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTa < 2:1307958/150‑1 (MQ=255) aGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTa > 1:114657/1‑105 (MQ=255) aGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTa < 2:114657/105‑1 (MQ=255) aGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAgg > 2:1320362/1‑150 (MQ=255) cccAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGtt < 2:1103403/150‑1 (MQ=255) gTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGCCtt > 1:1189769/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTTGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTaaa < 1:558779/150‑1 (MQ=255) 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cAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGc < 2:650894/150‑1 (MQ=255) gcgcGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTc < 2:826438/150‑1 (MQ=255) cgcgACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTCg < 1:504716/150‑1 (MQ=255) gcgATAATCAGACGCCTTGATCGCACCGCACTGAAGTCATGGTAGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCCC‑‑GCCCGCCTCCCTTATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGGCTAATAGTTGACTTAAATGCTCgg < 2:307705/150‑1 (MQ=255) cacTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTCGGGAAt < 2:424270/150‑1 (MQ=255) 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aaGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATc < 2:784846/52‑1 (MQ=255) aaGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATc > 1:784846/1‑52 (MQ=255) aGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGCCTGGCTGGTTACCCG‑‑GTAGTTGCTATGAAAGCAGGAATTATAATAGTCGACTTAAATGTTCTGGAATCGCATACTCGCACACATCCTGAAACTCCCg < 1:324536/150‑1 (MQ=255) aGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTCGTGTATCTCATACTCGCACACATCCTGAAACTCCCg > 2:1225118/1‑150 (MQ=255) aTGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCCGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTCGGGAATCGCATACTCGCACACATCCTGAAACTCCCGTGGTACCCACTa > 1:176590/1‑150 (MQ=255) aTGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTCGGGAATCGCATACTCGCACACATCCTGAAACTCCCGTGGTACCCAATa < 1:1225118/150‑1 (MQ=255) tgtgCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTCGGGAATCGCATACTCGCACACATCCTGAAACTCCCGTGGTACCCAATAGCCATGCgac < 1:1194109/150‑1 (MQ=255) tgCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTCGGGAATCGCATACTCGCACACATCCTGAAACTCCCGTGGTACCCAATAGCCATGCgactg > 1:705355/1‑150 (MQ=255) | ACCAAGATGGGCAGTGACTATTGTGCCAAGGAACTGCCGGCCTTGCCGGAGG‑ACGACTTCAGCGAGGCTGCCCAAGTGGCCCAGCGCGACACTCAGCCGCATTGATCGCGCCGCACTGAAGTCATGGTGGCATGCGGGGCGTGTGCTCACGCCCCTCGTCTGCTACAATCGC‑‑GCCCGCCTCCCTGATGCAATCCCGACTAAAGCAGTAGGTCTAATAGTTGACTTAAATGCTCGGGAATCGCATACTCGCACACATCCTGAAACTCCCGTGGTACCCAATAGCCATGCGACTG > NC_002947/977733‑978025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |