Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 986,238 | C→G | 9.3% | A78G (GCC→GGC) | PP_0852 → | Cro/CI family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 986,238 | 0 | C | G | 9.3% | 162.0 / 8.1 | 54 | A78G (GCC→GGC) | PP_0852 | Cro/CI family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/18); new base G (3/2); total (34/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.77e-01 |
TCTCAAGCCGAGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCTGTGGTCGGTG > NC_002947/986093‑986387 | tctcAAGCCGAGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGGCGCG‑AGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGgccgcc < 1:260490/150‑1 (MQ=255) tcAAGCCGAGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCt > 2:740151/1‑150 (MQ=255) tcAAGCCGAGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCt > 1:558693/1‑150 (MQ=255) aaGCCGAGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTgg < 2:680919/150‑1 (MQ=255) aGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATg < 2:558693/150‑1 (MQ=255) gCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAACCCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTc < 1:796319/150‑1 (MQ=255) gCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTc > 1:960878/1‑150 (MQ=255) cccGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCAGCCCTGGTAGATGCCTTCg > 2:938329/1‑150 (MQ=255) ccGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCACCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGa > 1:666687/1‑150 (MQ=255) aCCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGAt < 1:1165481/131‑1 (MQ=255) aCCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGAt > 2:1165481/1‑131 (MQ=255) cTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGt > 2:933011/1‑150 (MQ=255) aCTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGAt > 1:948804/1‑126 (MQ=255) aCTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGAt < 2:948804/126‑1 (MQ=255) tCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACg > 2:1200183/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACg > 2:580930/1‑150 (MQ=255) gTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGGCGGCCTGGTCGa < 1:375744/118‑1 (MQ=255) gTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGGCGGCCTGGTCGa > 2:375744/1‑118 (MQ=255) ccACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGa > 1:838257/1‑150 (MQ=255) cACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGAc > 1:752247/1‑150 (MQ=255) cACGTGGAAACCGGCGCCTTCCACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGAc < 2:943868/150‑1 (MQ=255) aCGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTG‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCATTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACg > 1:374097/1‑150 (MQ=255) cGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGAACAGGCCGCCCTCATACACATCTTCTACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGt < 1:740151/150‑1 (MQ=255) ggAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTg > 2:10244/1‑97 (MQ=255) ggAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTg < 1:10244/97‑1 (MQ=255) ggAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCa > 1:1036599/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCt < 2:752247/150‑1 (MQ=255) ggCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTg > 1:345152/1‑150 (MQ=255) cTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCg > 1:1160985/1‑150 (MQ=255) ttCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGt > 1:1145503/1‑150 (MQ=255) tCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTa < 1:933011/150‑1 (MQ=255) cGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTAt < 2:1068449/150‑1 (MQ=255) gACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTg > 1:1355030/1‑141 (MQ=255) gACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTg < 2:1355030/141‑1 (MQ=255) ttcccGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGc > 1:1274100/3‑150 (MQ=255) gggCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCtgtg > 2:118453/1‑150 (MQ=255) gCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCg < 1:909936/150‑1 (MQ=255) aTACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGt > 1:1073869/1‑150 (MQ=255) tttC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTc > 1:988286/1‑150 (MQ=255) ttC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCg > 1:610318/1‑150 (MQ=255) gTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAata < 2:960878/150‑1 (MQ=255) gCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCATGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATcc > 1:1244038/1‑150 (MQ=255) aTTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTgcgc > 1:322609/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGcgcg > 2:1075292/1‑150 (MQ=255) tGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGaa > 2:1308767/1‑98 (MQ=255) tGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGaa < 1:1308767/98‑1 (MQ=255) gATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCt < 2:610318/150‑1 (MQ=255) gACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAAGATCCTGCACGGCGTCCGCCTGCTGTTGCtggtt < 2:838257/150‑2 (MQ=255) ccTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGc > 2:797872/1‑150 (MQ=255) atctaCCAGGGCGGCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCt > 2:1056493/5‑150 (MQ=255) gACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCtgtg > 1:18594/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCtg < 2:1017933/147‑1 (MQ=255) aCCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCtg > 1:1017933/1‑147 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTGGTCGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGc > 1:987345/1‑76 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTGGTCGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGc < 2:987345/76‑1 (MQ=255) ccgccCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCTGTGGTCggtg < 2:988286/150‑1 (MQ=255) | TCTCAAGCCGAGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTC‑GCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCTGTGGTCGGTG > NC_002947/986093‑986387 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |