Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 986,248 | A→C | 7.5% | V81V (GTA→GTC) | PP_0852 → | Cro/CI family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 986,248 | 0 | A | C | 7.5% | 149.2 / 3.4 | 53 | V81V (GTA→GTC) | PP_0852 | Cro/CI family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/18); new base C (2/2); total (33/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
AGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCTGTGGTCGGTGGTGGCT > NC_002947/986103‑986393 | aGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATg < 2:558693/150‑1 (MQ=255) gCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAACCCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTc < 1:796319/150‑1 (MQ=255) gCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTc > 1:960878/1‑150 (MQ=255) cccGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCAGCCCTGGTAGATGCCTTCg > 2:938329/1‑150 (MQ=255) ccGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCACCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGa > 1:666687/1‑150 (MQ=255) aCCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGAt > 2:1165481/1‑131 (MQ=255) aCCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGAt < 1:1165481/131‑1 (MQ=255) cTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGt > 2:933011/1‑150 (MQ=255) aCTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGAt < 2:948804/126‑1 (MQ=255) aCTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGAt > 1:948804/1‑126 (MQ=255) tCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACg > 2:580930/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACg > 2:1200183/1‑150 (MQ=255) gTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGGCGGCCTGGTCGa > 2:375744/1‑118 (MQ=255) gTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGGCGGCCTGGTCGa < 1:375744/118‑1 (MQ=255) ccACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGa > 1:838257/1‑150 (MQ=255) cACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGAc > 1:752247/1‑150 (MQ=255) cACGTGGAAACCGGCGCCTTCCACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGAc < 2:943868/150‑1 (MQ=255) aCGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTGGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCATTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACg > 1:374097/1‑150 (MQ=255) cGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGAACAGGCCGCCCTCATACACATCTTCTACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGt < 1:740151/150‑1 (MQ=255) ggAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCa > 1:1036599/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCt < 2:752247/150‑1 (MQ=255) ggCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTg > 1:345152/1‑150 (MQ=255) cTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCg > 1:1160985/1‑150 (MQ=255) ttCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGt > 1:1145503/1‑150 (MQ=255) tCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTa < 1:933011/150‑1 (MQ=255) cGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTAt < 2:1068449/150‑1 (MQ=255) gACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTg > 1:1355030/1‑141 (MQ=255) gACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTg < 2:1355030/141‑1 (MQ=255) ttcccGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGc > 1:1274100/3‑150 (MQ=255) gggCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCtgtg > 2:118453/1‑150 (MQ=255) gCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCg < 1:909936/150‑1 (MQ=255) aTACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGt > 1:1073869/1‑150 (MQ=255) tttCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTc > 1:988286/1‑150 (MQ=255) ttCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCg > 1:610318/1‑150 (MQ=255) gTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAata < 2:960878/150‑1 (MQ=255) gCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCATGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATcc > 1:1244038/1‑150 (MQ=255) aTTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTgcgc > 1:322609/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGcgcg > 2:1075292/1‑150 (MQ=255) tGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGaa < 1:1308767/98‑1 (MQ=255) tGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGaa > 2:1308767/1‑98 (MQ=255) gATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCt < 2:610318/150‑1 (MQ=255) gACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAAGATCCTGCACGGCGTCCGCCTGCTGTTGCtggtt < 2:838257/150‑2 (MQ=255) ccTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGc > 2:797872/1‑150 (MQ=255) atctaCCAGGGCGGCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCt > 2:1056493/5‑150 (MQ=255) gACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCtgtg > 1:18594/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCtg < 2:1017933/147‑1 (MQ=255) aCCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCtg > 1:1017933/1‑147 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTGGTCGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGc > 1:987345/1‑76 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTGGTCGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGc < 2:987345/76‑1 (MQ=255) ccgccCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCTGTGGTCggtg < 2:988286/150‑1 (MQ=255) ccTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCTGTGGTCGGtggtgg > 2:555844/1‑150 (MQ=255) cTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCTGTGGTCGGTGGTGGc < 2:1145503/150‑1 (MQ=255) tGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCTGTGGTCGGTGGTGGCt > 2:35858/1‑150 (MQ=255) | AGGTGGCCCGTAAGCTCAACCTCACTGTCAGTTCGTTGAACCACGTGGAAACCGGCGCCTTCGACAAGCTGCCCGGGCATACTTTCGCTCGTGGCTACATTCGCGCCTACGCCAAGCTGATGGACCTCGACCAGGCCGCCCTGGTAGATGCCTTCGACCGCTACACCGGTACCCACGCCAAAGGCAGCGACGTGCATTCGCTGGGCCGTATCGAAGAGCCTGTGCGGTTGTCGCACAATATCCTGCGCGGCGTCAGCCTGCTGTTGCTGGTGGCTGTGGTCGGTGGTGGCT > NC_002947/986103‑986393 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |