Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,034,080 | T→C | 8.8% | V38V (GTT→GTC) | PP_0892 → | phospholipase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,034,080 | 0 | T | C | 8.8% | 156.5 / 4.5 | 59 | V38V (GTT→GTC) | PP_0892 | phospholipase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/28); new base C (3/2); total (29/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 |
CGGTTAGCGCGGTGCTGATCTTCACTGCGCGCTGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCTTCAACAGCGCGTTGCGTCAGC > NC_002947/1033931‑1034225 | ccgTTAGCGCGGTGCTGATCTTCACTGCGCGCTGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCTCTGCCTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGtt < 1:145898/148‑1 (MQ=255) cGGTTAGCGCGGTGCTGATCTTCACTGCGCGCTGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGtt < 2:621798/150‑1 (MQ=255) cTGATCTTCACTGCGCGCTGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTa > 1:1092251/1‑150 (MQ=255) tCACTGCGCGCTGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTc < 2:736716/150‑1 (MQ=255) tCACTGCGCGCTGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTc < 1:959799/150‑1 (MQ=255) aCTGCGCGCTGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGa < 1:515934/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGCTGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAg > 2:275683/1‑150 (MQ=255) tGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCTTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTTGAAGCCGGTGc > 1:101054/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCtgt < 2:107482/150‑1 (MQ=255) gCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGcc > 1:1267633/1‑150 (MQ=255) gCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGCCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGc < 1:161222/150‑1 (MQ=255) ccGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCg > 1:934422/1‑150 (MQ=255) cGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGGGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCgg > 2:1211875/1‑150 (MQ=255) ttCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTc < 1:275683/150‑1 (MQ=255) ccaggCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGAcg > 1:1422396/4‑150 (MQ=255) ccTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGAcg > 1:250970/1‑150 (MQ=255) tGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCa < 2:250970/150‑1 (MQ=255) cAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTCGCCATAACATCTGGTGCGGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGTTTGTCGACGCGCTGGAGCAGGc > 1:247446/1‑150 (MQ=255) aGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGGGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGccc < 1:1211875/150‑1 (MQ=255) aGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGCTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGccc < 1:141788/150‑1 (MQ=255) ttCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCgg > 2:1343935/1‑150 (MQ=255) aaCTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCggcgtg < 1:871308/150‑1 (MQ=255) ttATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCgtgc > 2:592813/1‑150 (MQ=255) aTCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCgtgcgg < 2:1202666/150‑1 (MQ=255) aTCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCgtgcgg < 2:1092251/150‑1 (MQ=255) tCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCgtgcggg > 2:289187/1‑150 (MQ=255) caCGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCgtgcgggtg > 2:975799/2‑150 (MQ=255) gCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGggtgcggt < 1:1343935/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGggtgcggt < 1:289187/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGggtgcggt < 2:1156504/150‑1 (MQ=255) cTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCggcgtggc < 1:578232/134‑1 (MQ=255) cTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCggcgtggc > 2:578232/1‑134 (MQ=255) gTTCTTTCCGCGCATGTTACGTTCTATCATGCGGCCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGtt < 1:1142574/150‑1 (MQ=255) ttCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCggt < 1:820014/95‑1 (MQ=255) ttCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTc > 1:242785/1‑150 (MQ=255) ttCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTc > 2:1117622/1‑150 (MQ=255) ttCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGACTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCggt > 2:820014/1‑95 (MQ=255) tttCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGCCCCGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGAt < 1:312911/150‑1 (MQ=255) tCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGa < 1:452369/150‑1 (MQ=255) cgcgCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGAt < 2:764791/146‑1 (MQ=255) cgcgCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGAt > 1:764791/1‑146 (MQ=255) gcgcATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGCGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCGCCCCGGCTTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTa > 2:666359/1‑150 (MQ=255) ggCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGc < 2:934422/150‑1 (MQ=255) gATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGTCCGGTGCATGTGCCGGGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCtt > 1:392421/1‑150 (MQ=255) cATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCTTCaa < 2:1422396/150‑1 (MQ=255) gCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCTTCAACAg > 1:1048373/1‑150 (MQ=255) gCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCggtggt > 1:950113/1‑65 (MQ=255) gCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCggtggt < 2:950113/65‑1 (MQ=255) ccGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGc < 2:282062/136‑1 (MQ=255) ccGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGc > 1:282062/1‑136 (MQ=255) cGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAg > 2:520290/1‑55 (MQ=255) cGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAg < 1:520290/55‑1 (MQ=255) agctCCAGGTCAACCTGGAACTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGa > 2:340785/4‑115 (MQ=255) agctCCAGGTCAACCTGGAACTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGa < 1:340785/112‑1 (MQ=255) aGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCTTCAACAGCGCGTTGc < 2:1391221/150‑1 (MQ=255) aGTCCCAGGGTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGTGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCTTCAACAGCGCGTTGc < 2:140533/150‑1 (MQ=255) gctCCAGGTCAACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCggcgtggcgt < 1:861395/91‑1 (MQ=255) gctCCAGGTCAACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCggcgtggcgt > 2:861395/3‑93 (MQ=255) ctCCAGGTCAACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCTTCAACAGCGCGTTGCGt > 1:813049/2‑150 (MQ=255) aGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCTTCAACAGCGCGTTGCGTCAgc > 1:520690/1‑150 (MQ=255) aGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCTTCAACAGCGCGTTGCGTCAgc > 1:808694/1‑150 (MQ=255) | CGGTTAGCGCGGTGCTGATCTTCACTGCGCGCTGACATGGCGGGGCCGGTCTTCCCCTGGCGGGATGGCAATCAGTTCGAACTGCTTATCGACGGCCCTGCGTTCTTTCCGCGCATGCTCCTGGCGATCATGCGTGCCGAGTTCCAGGTTGACCTGGAGCTGTACCTGGTCGAGGCCGGTGCCTGTGCCGAGGCGGTGGTCGACGCGCTGGAGCAGGCTGCCCGGCGTGGCGTGCGGGTGCGGTGCCTGTTCGATGACTACGGTTCATTGGCCTTCAACAGCGCGTTGCGTCAGC > NC_002947/1033931‑1034225 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |