Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,068,948 | T→A | 7.7% | I36N (ATT→AAT) | aroP‑I → | aromatic amino acid transport protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,068,948 | 0 | T | A | 7.7% | 161.7 / 4.7 | 52 | I36N (ATT→AAT) | aroP‑I | aromatic amino acid transport protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/22); new base A (2/2); total (28/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.82e-01 |
ATAACAGCAACAACACTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCGGCAGCTTCAGCCACTTCGCCCACCAA > NC_002947/1068800‑1069093 | aTAACAGCAACAACACTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCAtt > 1:1295366/1‑150 (MQ=255) cAGCAACAACACTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCAATGccc < 2:72108/150‑1 (MQ=255) aGCAACAACACTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCa < 2:152346/150‑1 (MQ=255) caacaaCACTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGa < 2:1158812/150‑1 (MQ=255) aacaacACTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGAc < 1:397120/150‑1 (MQ=255) aacaacACTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGAc < 2:1295366/150‑1 (MQ=255) acTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGa < 1:1275563/143‑1 (MQ=255) acTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGa > 2:1275563/1‑143 (MQ=255) tCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTggc > 1:1088654/1‑150 (MQ=255) tAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAACACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCGGAAGAATCGCCATCTACAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTCGGCATAGCCCAGATCATTCAGTTGGCCGGCGCCTc > 1:505190/1‑150 (MQ=255) aaGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCg > 1:47906/1‑150 (MQ=255) ggACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCgtg > 2:1327210/1‑150 (MQ=255) ggACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCAATGCCCAgga > 2:188394/1‑123 (MQ=255) ggACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCAATGCCCAgga < 1:188394/125‑3 (MQ=255) aaGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTgg > 1:913497/1‑144 (MQ=255) aaGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTgg < 2:913497/144‑1 (MQ=255) aaGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACg > 1:758209/1‑150 (MQ=255) aGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGc < 2:41273/150‑1 (MQ=255) aCCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGCGCATTGTCCTGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTCCGCCa < 2:990555/150‑1 (MQ=255) ccGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGa > 1:107805/1‑150 (MQ=255) gCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGc > 2:1008481/1‑150 (MQ=255) gTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCtt < 1:1342340/150‑1 (MQ=255) gTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCtt > 1:524226/1‑150 (MQ=255) ttACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGTGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTc > 1:1360370/1‑150 (MQ=255) ttACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTc < 1:1209742/150‑1 (MQ=255) gcgcGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGAt < 2:505190/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATc < 1:856708/150‑1 (MQ=255) gttGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATgcg > 1:576163/3‑150 (MQ=255) aagaaTCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAg > 1:533798/1‑150 (MQ=255) aTCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTg > 2:151521/1‑101 (MQ=255) aTCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTg < 1:151521/101‑1 (MQ=255) aTCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTgg > 2:747133/1‑150 (MQ=255) ccATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGa > 2:1189169/1‑150 (MQ=255) tatCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGc > 2:463078/1‑112 (MQ=255) tatCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGc < 1:463078/112‑1 (MQ=255) tCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACAATATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATTCGCCAGCTGGGTGAAAagg > 1:87440/1‑150 (MQ=255) cAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAAtggtg < 2:1360370/150‑1 (MQ=255) cAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAAtggtg < 1:1008481/150‑1 (MQ=255) cAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAAtggtg < 1:381162/150‑1 (MQ=255) tGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAAtggtggtgg < 2:1088654/150‑1 (MQ=255) cgcTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGc < 1:808328/150‑1 (MQ=255) gcTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGcc < 1:148134/150‑1 (MQ=255) gcTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGGGAGATGGTGGTGTAAGAGcc > 2:1070148/1‑150 (MQ=255) cGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGc > 1:1213887/1‑150 (MQ=255) gCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCGGc > 2:540874/1‑150 (MQ=255) tCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCGGCAGCt > 1:941745/1‑150 (MQ=255) gTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATAATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCGGCAGCTTCa < 1:1327210/150‑1 (MQ=255) gttCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCg < 2:1200304/131‑1 (MQ=255) gttCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCg > 1:1200304/1‑131 (MQ=255) tcTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCGGCAGCTTCAACAACTTCGCcca > 1:771780/2‑150 (MQ=255) tcTGGGCAATGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCGGCAGCTTCAGCCACTTCGCcca > 2:836114/2‑150 (MQ=255) tGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCGGCAGCTTCAGCCACTTCGCccacc > 2:862739/1‑150 (MQ=255) ggCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCGGCAGCTTCAGCCACTTCGCCCACCaa > 1:1089859/1‑150 (MQ=255) | ATAACAGCAACAACACTGCCTCACTGAGCTAAAGGACACTTCATGCAAGACCAGAGCACGCCCGAGCGGTTACAGCGCGGGCTGAAGAATCGCCATATCCAGCTGATCGCGCTGGGCGGGGCCATCGGTACCGGGTTGTTCCTGGGCATTGCCCAGACCATCCAGTTGGCCGGCCCCTCCGTGTTGCTGGGCTACGCCATCGCCGGCCTGATGGCCTTCCTGATCATGCGCCAGCTGGGTGAAATGGTGGTGGAAGAGCCGGTCGCCGGCAGCTTCAGCCACTTCGCCCACCAA > NC_002947/1068800‑1069093 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |