| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 94,007 | G→A | 8.0% | G102S (GGC→AGC) | trpI → | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 94,007 | 0 | G | A | 8.0% | 140.0 / 2.9 | 50 | G102S (GGC→AGC) | trpI | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/27); new base A (2/2); total (21/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
GTTCGTCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCAC > NC_002947/93859‑94154 | gTTCGTCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCTGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCggg > 2:1380982/1‑150 (MQ=255) cAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCct > 2:158403/1‑150 (MQ=255) aaGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCctg > 2:705214/1‑150 (MQ=255) ggACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCctgc‑t < 2:670970/150‑1 (MQ=255) gACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCCCGAGCAGcccagca < 1:116331/150‑6 (MQ=255) gCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGcgcg > 1:494259/1‑150 (MQ=255) aTCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGttt > 2:1383820/1‑150 (MQ=255) tCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTa < 1:905084/150‑1 (MQ=255) aCTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTcc > 1:1350246/1‑150 (MQ=255) caGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGc < 2:494259/150‑1 (MQ=255) tGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTggg < 2:393539/150‑1 (MQ=255) ccGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGc < 1:978289/150‑1 (MQ=255) gTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGt < 2:1350246/150‑1 (MQ=255) cgcgATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGAt < 2:617818/150‑1 (MQ=255) ggATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGAttt < 1:504330/149‑1 (MQ=255) aTGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGTGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGc < 1:8739/150‑1 (MQ=255) cAGCGGTGAGGCCTTCGACCTGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGa > 2:59404/1‑150 (MQ=255) aGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGa < 2:1334127/149‑1 (MQ=255) aGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGa > 1:1334127/1‑149 (MQ=255) tGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCCCGAGCAGccca > 2:240405/1‑89 (MQ=255) tGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCCCGAGCAGccca < 1:240405/91‑3 (MQ=255) ggCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCTGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCtt < 1:1380982/150‑1 (MQ=255) ggCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCtt < 2:508696/150‑1 (MQ=255) cTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCa > 1:497169/1‑150 (MQ=255) cGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCt < 1:158403/150‑1 (MQ=255) cGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCt < 2:68163/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGt > 2:502006/1‑150 (MQ=255) ccGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCATCGTG‑GGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTc > 1:449483/1‑150 (MQ=255) gcAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTcggcgg < 2:985385/147‑1 (MQ=255) gcAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTcggcgg > 1:985385/1‑147 (MQ=255) gCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAgg < 2:292237/150‑1 (MQ=255) gCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAgg < 1:600763/150‑1 (MQ=255) cGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAggg < 1:913708/150‑1 (MQ=255) gtgtgtTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCtt > 2:740488/1‑128 (MQ=255) gtgtgtTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCtt < 1:740488/128‑1 (MQ=255) ttCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTcc > 2:1109637/1‑81 (MQ=255) ttCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTcc < 1:1109637/81‑1 (MQ=255) cGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGa < 1:59404/150‑1 (MQ=255) cGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGAAGTAAAAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGa > 1:1085817/1‑150 (MQ=255) ggCTCAGCCGTGATGTAAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGAcc < 2:662509/149‑1 (MQ=255) aGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGAcc < 1:705214/150‑1 (MQ=255) tgtgAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCgg < 1:502006/150‑1 (MQ=255) tgAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGATTCTCGGGCAGCCTGG‑TGGCGCGGGGGCTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGAGCTTGCACCTGCCGGCGGGGGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGc > 1:1182592/1‑150 (MQ=255) gcgcCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCg > 1:229878/1‑150 (MQ=255) gtcATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGTGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGtt > 2:1163192/3‑150 (MQ=255) gcCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGGGGTTTTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCGCGGGCTGGATGCGtt < 2:1182592/150‑1 (MQ=255) gcCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGtt > 2:978490/1‑150 (MQ=255) ttCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGTGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTg < 1:1163192/150‑1 (MQ=255) cagcaggCTGCCCGAGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGgtgt > 1:1282170/6‑150 (MQ=255) ctCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTTTACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGcc > 1:884189/1‑150 (MQ=255) cGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCAc < 2:449483/150‑1 (MQ=255) | GTTCGTCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGC‑TGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCAC > NC_002947/93859‑94154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |