Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,097,043 | G→C | 6.6% | A150G (GCC→GGC) | PP_0954 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,097,043 | 0 | G | C | 6.6% | 188.4 / 4.0 | 61 | A150G (GCC→GGC) | PP_0954 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/27); new base C (2/2); total (32/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
ACAGGCTGACATCACGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGCCCCAGCCTTTCATCTT > NC_002947/1096894‑1097188 | aCAGTCTGACATCTCGTACTACCTTCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCAATGCGCTGACGGAGTGCTGTCACATTGACACCGCGACcgg < 2:681102/150‑1 (MQ=255) gCTGACATCACGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGt > 1:1060893/1‑150 (MQ=255) gCTGACATCACGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGt < 2:1060893/150‑1 (MQ=255) aTCACGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCAc > 1:620174/1‑150 (MQ=255) aTCACGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGCCGGTCGcggt < 2:576086/150‑4 (MQ=255) tCACGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCAcc > 2:604722/1‑150 (MQ=255) tCACGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTCCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTGGCCAcc > 1:12709/1‑150 (MQ=255) cGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgg < 1:371371/150‑1 (MQ=255) cGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgg < 1:371005/150‑1 (MQ=255) gTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctggg > 2:1265116/1‑150 (MQ=255) gccggccgccCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgggtctgg > 1:49901/5‑150 (MQ=255) acCTGTCGCGCCTCGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGTCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGCCTGGATCACCATGCCGATGCGCTCACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCTCTACCGGCGGTCGTCACctgtgtctgg < 2:182437/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgggtctggg > 1:522447/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTCGGCAGCTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTCCTTCTTGGTCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgggtctgggt < 2:12709/150‑1 (MQ=255) cccTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAg > 2:602095/1‑150 (MQ=255) cTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACATGGGTCTGGGTGTTGTAGAc > 2:465792/1‑150 (MQ=255) tAGCGCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATc < 1:1265116/150‑1 (MQ=255) aGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgggtct > 2:805231/1‑132 (MQ=255) aGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgggtct < 1:805231/132‑1 (MQ=255) gCTCTTTGCCAGGTGCTGGGGTGTGAGTGTTTCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGAGTGCTCTAACGTTGAAGCGGCTGCGGGGGGCAGTCAGCGGGGGCTGGGTGTTGTAGACGATCtt > 2:1379276/1‑150 (MQ=255) tttGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCg < 2:522447/150‑1 (MQ=255) tccAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGGCTTATTCTTGGGCTGGATCACCCTGGCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGANCGGCGGNCGCCACCTGGGTNTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCt < 1:1288509/149‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGGGTTGTAGACGATCTTTTCGCCtta > 2:1288509/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCggt < 1:465792/150‑1 (MQ=255) tGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCggtg < 2:620174/150‑1 (MQ=255) tGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCggtg < 1:904270/150‑1 (MQ=255) cTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCgtctgggtctgg < 2:350132/113‑1 (MQ=255) cTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgggtctgg > 1:350132/1‑113 (MQ=255) tctggTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACCCTCGTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTc < 1:970034/147‑1 (MQ=255) gTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGGCTTGGTGATGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCgaga > 2:970034/1‑147 (MQ=255) ccATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACTGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGa < 1:1379276/150‑1 (MQ=255) ccATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGa > 1:264107/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTggtg > 1:322425/1‑148 (MQ=255) gCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgggtctgg < 1:1349893/90‑1 (MQ=255) gCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACctgggtctgg > 2:1349893/1‑90 (MQ=255) gCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACCACCTTATCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGcgg < 2:49901/150‑1 (MQ=255) cttcttcttGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGcggtc > 1:533824/1‑150 (MQ=255) ttcttcttGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGcggtcg > 2:1265107/1‑150 (MQ=255) tcttGGGCTGGATCACCCTGTCGATGCGCTGACTGGTTTTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGCATACGCCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTga < 1:1095772/150‑1 (MQ=255) tcttGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGc < 2:1115916/70‑1 (MQ=255) tcttGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGc > 1:1115916/1‑70 (MQ=255) ttGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGTGCGGTCGGTgaga < 2:322425/150‑1 (MQ=255) ccATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCt > 1:791210/1‑150 (MQ=255) ttgATGCGCAGACGGTGTGGTGATAGATTGCTACCGCGACTGGCGGTCGTCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACTAGCTTTTGTGCTTCGGTGGTATGGCCTTCGCTCTCGCCCGTGGCGTGGTCGGTTGGAATGACCATGTCCTTCTGc < 2:81763/148‑1 (MQ=255) tCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGc < 1:907021/150‑1 (MQ=255) gATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTTTAGACCAGCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGa < 1:602095/150‑1 (MQ=255) aTGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGAc > 2:1191552/1‑150 (MQ=255) aCGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTg > 1:1045295/1‑150 (MQ=255) ggTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATg < 1:604722/150‑1 (MQ=255) gtCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACg > 2:1037122/1‑150 (MQ=255) tCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGc > 2:1257397/1‑150 (MQ=255) tCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGc > 1:847250/1‑150 (MQ=255) gaacgCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGcccc > 1:1119137/5‑150 (MQ=255) aTTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGgcgc > 1:914456/1‑95 (MQ=255) aTTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGgcgc < 2:914456/95‑1 (MQ=255) aTTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGCCCCa < 2:264107/150‑1 (MQ=255) ccACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGCCCCAGCCt < 1:1037122/150‑1 (MQ=255) aCCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGCCCCAGCCttt > 2:632501/1‑150 (MQ=255) tggcgACCGCCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGt > 1:870304/3‑134 (MQ=255) tggcgACCGCCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGt < 2:870304/132‑1 (MQ=255) tggcgACCGCCGGTACACACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGCCCCAGCCTTTc > 2:1196756/3‑150 (MQ=255) aCCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTTTTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGCCCCAGCCTTTCATCtt > 2:580499/1‑150 (MQ=255) | ACAGGCTGACATCACGTACTACCTGCCGCCCCTTGTAGCTCTTTGCCAGGTGCTGGGCTTTGAGGGTTGCCATTTACTCGGCCTTCTTCTTGGGCTGGATCACCATGTCGATGCGCTGACGGGGTGTTGTCACATTGCCACCGCGACCGGCGGTCGCCACCTGGGTCTGGGTGTTGTAGACGATCTTTTCGCCTTCGGTGGTATTGCCTTCGCTCTCGACCTTGGCGCGGTCGGTGAGAATGACCAAGTCCTTCTGCGACTGGTACTGGATGGTTACGCCCCAGCCTTTCATCTT > NC_002947/1096894‑1097188 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |