Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,110,374 | G→T | 7.4% | R132L (CGA→CTA) ‡ | PP_0970 → | cyanate MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,110,374 | 0 | G | T | 7.4% | 168.0 / 3.4 | 54 | R132L (CGA→CTA) ‡ | PP_0970 | cyanate MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/27); new base T (2/2); total (25/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 |
ATGCTTCGCAGGCTGGCTTGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAGCACGCTGGCACGCTGACCGGTGTATACACCATGGCGTTAT > NC_002947/1110227‑1110523 | aTGCTTCGCAGGCTGGCTTGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGaa < 1:187831/150‑1 (MQ=255) tGCTTCGCAGGCTGGCTTGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGCGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAg < 1:758141‑M2/150‑2 (MQ=255) ttCGCAGGCTGGCTTGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGGGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACATGGCCTCGTTGTACGAAgtac < 2:732262‑M2/150‑5 (MQ=255) cGCAGGCTGGCTTGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCt < 2:744473/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGGCTTGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCttt < 1:1224697/150‑1 (MQ=255) ggctggctTGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTgg < 1:1398092/150‑1 (MQ=255) gctggctTGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTggg < 1:95430/150‑1 (MQ=255) ttGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATc > 2:1213584/1‑150 (MQ=255) gCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCgg < 2:171979/150‑1 (MQ=255) cTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATTGGGGTGTTCCt > 1:229508/1‑150 (MQ=255) tGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCg < 2:951498/150‑1 (MQ=255) cGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGCGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCa < 2:758141/150‑1 (MQ=255) gTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGc < 1:1213584/150‑1 (MQ=255) ctctGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTg > 1:352997/1‑150 (MQ=255) cTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATTGCg > 1:50995/1‑150 (MQ=255) tttGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGc > 1:41431/1‑150 (MQ=255) gCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATc < 1:212358/150‑1 (MQ=255) tCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCgg > 1:1196159/1‑150 (MQ=255) tCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCgg > 1:368810/1‑150 (MQ=255) ccTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGTCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCa > 1:832895/1‑150 (MQ=255) ccTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCttt < 1:469570/98‑1 (MQ=255) ccTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCttt > 2:469570/1‑98 (MQ=255) gTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTa > 1:47704/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTAtt < 1:663177/150‑1 (MQ=255) cggcgcTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCTCTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTAccc < 2:475407/150‑1 (MQ=255) cTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTAt < 2:284644/150‑1 (MQ=255) caacgagcgGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTCGCATTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCaa < 1:653917/147‑1 (MQ=255) gagcgGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAgcgc < 2:50995/150‑1 (MQ=255) cgGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGAc < 2:368810/150‑1 (MQ=255) cgGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGACCGGCATCGGGATTAGCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGAc < 1:1316412/150‑1 (MQ=255) ggTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCggg > 2:1070060/1‑70 (MQ=255) ggTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCggg < 1:1070060/70‑1 (MQ=255) gTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCaa < 2:1177714/140‑1 (MQ=255) gTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCaa > 1:1177714/1‑140 (MQ=255) tGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCACTAGGGGTGTTCATCGGCAGACTGATGGCGGGCGCAAGCCTCGGCACTATCGGAGTATTGTTAGCCGGTACCGTCAAGcgcggcatgc > 2:593360/1‑144 (MQ=255) tGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGACTTTc < 2:832895/150‑1 (MQ=255) gATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCTACTTTcc > 1:794718/1‑150 (MQ=255) tCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACTTCgtaccacgag > 1:468843‑M2/1‑44 (MQ=255) tCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACTTCgtaccacgag < 2:468843‑M2/54‑11 (MQ=255) ttGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACTTCgtaccacgag < 2:1208812‑M2/52‑11 (MQ=255) ttGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACTTCgtaccacgag > 1:1208812‑M2/1‑42 (MQ=255) ggCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATc < 1:1067449/57‑1 (MQ=255) ggCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATc > 2:1067449/1‑57 (MQ=255) tcctccTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAgcacgctg < 2:41431/150‑1 (MQ=255) tcctccTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAgcacgctg > 2:257948/1‑150 (MQ=255) tcctcACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCg < 1:1288650/114‑1 (MQ=255) tcctcACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCg > 2:1288650/1‑114 (MQ=255) tcACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATAATCGTCTTATTGTTAAACGGTATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAgcaagctggcacgc > 2:690833/1‑150 (MQ=255) ggCCTTGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAGCACGCTGGCACGCTGACCGGTGTATac > 1:790195/1‑150 (MQ=255) ccTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAGCACGCTGGCACGCTGACCGGTGTATacac > 1:137355/1‑150 (MQ=255) cTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAGCACGCTGGCACGCTGACCGGTGTATACAcc > 2:1227627/1‑150 (MQ=255) cTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGGATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAGCACGCTGGCCCGCTGACCGGTGTATACAcc > 2:515756/1‑150 (MQ=255) tCGTGGTACGAAgtaccacgaggccaagtgccagggtgaggaggatgccaagaatcacccgctcgctgccaaagcgccgcgccagcaccggcgccaagggagcaaac > 1:193151‑M2/1‑12 (MQ=255) tCGTGGTACGAAgtaccacgaggccaagtgccagggtgaggaggatgccaagaatcacccgctcgctgccaaagcgccgcgccagcaccggcgccaagggagcaaac < 2:193151‑M2/107‑96 (MQ=255) gAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAGCACGCTGGCACGCTGACCGGTGTATACACCATGGCGTTAt < 2:137355/150‑1 (MQ=255) | ATGCTTCGCAGGCTGGCTTGCTGACCACCTTGCCGGTGCTCTGCCTGGGCCTGTTTGCTCCCTTGGCGCCGGTGCTGGCGCGGCGCTTTGGCAGCGAGCGGGTGATTCTTGGCATCCTCCTCACCCTGGCACTTGGCCTCGTGGTACGAAGTACCTTTGGGGCAATCGGGGTGTTCCTCGGCAGCCTGATGGCGGGGGCCAGCATCGGCATTATCGGCGTATTGTTACCCGGTATCGTCAAGCGCGACTTTCCACAGCACGCTGGCACGCTGACCGGTGTATACACCATGGCGTTAT > NC_002947/1110227‑1110523 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |