Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,121,449 | C→T | 9.3% | V295V (GTC→GTT) | PP_0982 → | YjgP/YjgQ family permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,121,449 | 0 | C | T | 9.3% | 111.8 / 3.2 | 43 | V295V (GTC→GTT) | PP_0982 | YjgP/YjgQ family permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/19); new base T (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 |
GCCGAGGAAGTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTC > NC_002947/1121300‑1121596 | gCCGAGGAAGTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTc > 1:1325612/1‑150 (MQ=255) gAGGAAGTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAAc < 2:633749/150‑1 (MQ=255) cgAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGATCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCg > 1:1273370/1‑147 (MQ=255) cgAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGATCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCg < 2:1273370/147‑1 (MQ=255) aGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCt < 1:62958/150‑1 (MQ=255) ttCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAgc > 1:551201/1‑150 (MQ=255) ttCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAgc > 1:506162/1‑150 (MQ=255) cTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCAGGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGcc > 1:1278/1‑150 (MQ=255) tGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAAttc > 1:515472/1‑150 (MQ=255) aTCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAAttctt > 2:1100697/1‑150 (MQ=255) gCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCt > 2:107799/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTa > 1:1285679/1‑150 (MQ=255) ttctcgAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGATGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCTCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCCATTCTTCTGTACATGCACTAcc > 2:286142/6‑150 (MQ=255) cgcgcCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCaa < 2:557973/107‑1 (MQ=255) cgcgcCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCaa > 1:557973/1‑107 (MQ=255) cgcCGAGCTGAAATGGTGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCCACCGCACCGAG‑GGCTGGCATGGGGCAACCCGCGCCAACGCCGCTCCCTCAAGATGCTGCCTGTAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCt < 1:678812/150‑1 (MQ=255) gAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGAtt < 1:489277/150‑1 (MQ=255) aGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCACCCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGa < 1:809868/147‑1 (MQ=255) aGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGa > 2:809868/1‑147 (MQ=255) tGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCg > 2:551481/1‑150 (MQ=255) gCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAgctgct < 1:266094/96‑1 (MQ=255) gCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAgctgct > 2:266094/1‑96 (MQ=255) cGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACgcggc < 2:551201/150‑1 (MQ=255) ttGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGcc < 2:593106/150‑1 (MQ=255) gCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGaa < 1:286142/150‑1 (MQ=255) ccGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAg < 2:405417/150‑1 (MQ=255) gtTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCt < 1:341577/98‑1 (MQ=255) gtTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCt > 2:341577/1‑98 (MQ=255) tcgtcgTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGa < 1:551481/150‑1 (MQ=255) cgtcgtCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGa > 1:1244784/1‑110 (MQ=255) cgtcgtCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGa < 2:1244784/110‑1 (MQ=255) gtcACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGcc > 2:1314461/1‑150 (MQ=255) cACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCt < 2:1325612/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGcc > 2:138536/1‑85 (MQ=255) ccTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGcc < 1:138536/85‑1 (MQ=255) ccTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTggg > 2:158744/1‑150 (MQ=255) ctgG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCAtg > 2:414277/1‑150 (MQ=255) tgG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCAtgt < 1:107799/150‑1 (MQ=255) cGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTcc > 1:980444/1‑150 (MQ=255) ctggcgcgGGTTGACCCGCGACAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAAt < 2:754861/76‑1 (MQ=37) ctggcgcgGGTTGACCCGCGACAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATgtgg < 2:495352/137‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGGTTGACCCGCGACAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAAt > 1:754861/1‑80 (MQ=38) cTGGCGCGGGTTGACCCGCGACAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATgtgg > 1:495352/1‑141 (MQ=255) gTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTc < 1:414277/150‑1 (MQ=255) | GCCGAGGAAGTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGG‑CGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTC > NC_002947/1121300‑1121596 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |