| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,226,713 | T→A | 14.1% | intergenic (‑217/‑114) | gltI ← / → PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,226,713 | 0 | T | A | 14.1% | 143.1 / 11.4 | 55 | intergenic (‑217/‑114) | gltI/PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/21); new base A (5/3); total (31/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAGCGGGTGCATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGAT > NC_002947/1226565‑1226862 | gaagCGGGTGCATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGtt > 1:1024861/1‑150 (MQ=255) gCGGGTGCATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATc < 1:951929/150‑1 (MQ=255) cATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCGCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 2:1131735/150‑2 (MQ=255) ggCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATggg < 2:100929/150‑1 (MQ=255) cAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGTCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 1:1144224/139‑2 (MQ=255) cAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCa > 2:284253/1‑150 (MQ=255) cAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga > 2:1144224/1‑138 (MQ=255) gACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGaa < 2:1050667/122‑1 (MQ=255) gACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGaa > 1:1050667/1‑122 (MQ=255) gTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCtt > 2:734379/1‑150 (MQ=255) tgctgTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTAt > 1:908045/1‑150 (MQ=255) gctgTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATg < 1:976951/150‑1 (MQ=255) tgTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCa > 1:214421/1‑150 (MQ=255) tCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGt > 2:1140121/1‑150 (MQ=255) ttAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTACCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCgg > 1:1174995/1‑150 (MQ=255) cACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAggg < 1:718082/150‑1 (MQ=255) cACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAggg > 1:1011645/1‑150 (MQ=255) cACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAggg < 2:214421/150‑1 (MQ=255) cACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga > 2:48773/1‑91 (MQ=255) cACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGAGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 1:48773/92‑2 (MQ=255) aCTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGc > 2:1322126/1‑150 (MQ=255) tGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTc < 1:1230625/150‑1 (MQ=255) ggTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCa < 1:1140121/150‑1 (MQ=255) gTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAg < 2:1024861/150‑1 (MQ=255) gCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTa < 1:734379/150‑1 (MQ=255) cTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATTGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAg > 1:1373034/1‑150 (MQ=255) cTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAg > 2:173720/1‑150 (MQ=255) gTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGa > 2:796903/1‑150 (MQ=255) tGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTACCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCttt < 2:1174995/150‑1 (MQ=255) aCAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGc > 1:642696/1‑150 (MQ=255) cAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTAGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACTTAGTGAGCTTTGct > 1:1050251/1‑150 (MQ=255) aGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGctc > 1:892134/1‑150 (MQ=255) tctcGGCCTCTCACCGGGGTTCGCCAGGCGGAATACACAGCGATTGCTCGTTCGTTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTTCGGTAACTGTTCAGTGCGCGGCAAGGGCCCGTACGTCGTGAGCTTTGCTCtt > 2:435222/1‑150 (MQ=255) ctcGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCttt < 1:796903/150‑1 (MQ=255) ctcGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCttt < 2:171441/150‑1 (MQ=255) ctcGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCttt < 1:1322126/150‑1 (MQ=255) aCCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCt < 2:642696/150‑1 (MQ=255) tctctcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGga < 1:284253/150‑1 (MQ=255) tctctcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGga > 2:143377/1‑150 (MQ=255) ctctcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTg < 1:350856/89‑1 (MQ=255) ctctcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTg > 2:350856/1‑89 (MQ=255) tcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGt > 2:320305/1‑150 (MQ=255) ttCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAg > 2:687489/1‑150 (MQ=255) gCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATg > 2:958713/1‑150 (MQ=255) aCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCca > 2:1270618/1‑130 (MQ=255) aCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCca < 1:1270618/130‑1 (MQ=255) cAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGt < 2:986793/136‑1 (MQ=255) cAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGt > 1:986793/1‑136 (MQ=255) aGCGATTGCTCGTTCGGTTATCAGACCGAGCGTGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGATCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTcc > 1:1106961/1‑150 (MQ=255) ttGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAAc < 1:320305/150‑1 (MQ=255) atgcGTTCGGATAACCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGCTGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGa > 1:129082/4‑150 (MQ=255) atgcGTTCGGATAACCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGa > 2:145636/4‑150 (MQ=255) cTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGAt > 1:978193/1‑125 (MQ=255) cTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGAt < 2:978193/125‑1 (MQ=255) cGTTCGGATAACCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTc > 1:349715/1‑150 (MQ=255) gTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTcc > 2:1423986/1‑150 (MQ=255) ttATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGAt > 2:192378/1‑150 (MQ=255) | GAAGCGGGTGCATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGAT > NC_002947/1226565‑1226862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |